tutos 2018

documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md

+1. [Installation et configuration des différents outils](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#1-installation-et-configuration-des-diff%C3%A9rents-outils)
+  1. [Installer et configurer Emacs](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#11-installer-et-configurer-emacs)
+  2. [Ajouter les chemins de R et Python dans dans la variable PATH de Windows](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#12-ajouter-les-chemins-de-r-et-python-dans-dans-la-variable-path-de-windows)
+  3. [Installer et configurer matplotlib (librairie graphique Python)](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#13-installer-et-configurer-matplotlib-librairie-graphique-python)
+2. [Utilisation d'Emacs](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#2-utilisation-demacs)
+  1. [Exécuter des commandes dos](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#21-ex%C3%A9cuter-des-commandes-dos)
+  2. [Exécuter du code R](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#22-ex%C3%A9cuter-du-code-r)
+  3. [Exécuter du code Python](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#23-ex%C3%A9cuter-du-code-python)
+  4. [Écrire dans le journal](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#24-%C3%89crire-dans-le-journal)
+
+# **1 Installation et configuration des différents outils**
+
+## 1.1 Installer et configurer Emacs
+
+- Installer [Emacs modifié pour Windows](https://vigou3.github.io/emacs-modified-windows/)
+  - version 26.1 pour Windows 64 bits
+  - version 25.2 pour Windows 32 bits
+  
+- Télécharger le fichier [rr_org_archive.tgz](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/learning-lab/mooc-rr-ressources/raw/master/module2/ressources/rr_org_archive.tgz)
+
+Il faut noter qu'avec 7z il faut décompresser l'archive deux fois : une première fois crée une archive `rr_org_archive.tar` et une deuxième fois crée un dossier `rr_org` contenant les fichiers `init.el` et `journal.org`.
+
+- Lancer Emacs
+
+![emacs](documents/tuto_emacs_windows/images/emacs.png)
+
+- Emacs crée le répertoire `C:\Users\***\.emacs.d`
+
+- Placer le fichier `init.el` dedans
+
+- Lancer Emacs
+
+![scratch](documents/tuto_emacs_windows/images/scratch.png)
+
+- Créer un dossier `C:\Users\***\org` dans l'explorateur Windows
+
+- Placer le fichier `journal.org` dedans
+
+---
+
+## 1.2 Ajouter les chemins de R et Python dans dans la variable PATH de Windows
+
+La façon de procéder est très bien expliquée [ici](http://sametmax.com/ajouter-un-chemin-a-la-variable-denvironnement-path-sous-windows/).
+
+---
+
+## 1.3 Installer et configurer matplotlib (librairie graphique Python)
+
+- Installer la librairie `matplotlib`
+
+ - Ouvrir une invite de commande dos
+ - Exécuter la commande suivante
+
+```
+python -m pip install -U matplotlib
+```
+
+![install_matplotlib](documents/tuto_emacs_windows/images/install_matplotlib.png)
+
+- Désactiver les plots interactifs dans matplotlib
+
+Pour ce faire, il faut d'abord savoir où se trouve le fichier de configuration de matplotlib sous Windows.
+
+Exécuter le code suivant sous Python
+
+```
+import matplotlib
+matplotlib.matplotlib_fname()
+```
+
+![matplotlib](documents/tuto_emacs_windows/images/matplotlib.png)
+
+Ouvrir le fichier `matplotlibrc` et ajouter un `#` devant la ligne qui commence par `backend`, ce qui correspond à utiliser la valeur par défaut `Agg`
+
+---
+---
+
+# **2 Utilisation d'Emacs**
+
+## 2.1 Exécuter des commandes dos
+
+- Lancer Emacs
+
+- Créer un fichier toto.org dans l'explorateur Windows
+
+- Ouvrir le fichier toto.org dans Emacs et saisir `<b` + `tab`.
+
+![shell](documents/tuto_emacs_windows/images/shell.png)
+
+- Le raccourci `C-g` permet de sortir d'une commande
+
+---
+
+## 2.2 Exécuter du code R
+
+- Le raccourci `<r` + `tab` permet d'exécuter une commande R
+
+![commandeR1](documents/tuto_emacs_windows/images/commandeR1.png)
+
+Emacs demande le dossier de démarrage. Garder le dossier par défaut (`Entrée`)
+
+![commandeR2](documents/tuto_emacs_windows/images/commandeR2.png)
+
+- Le raccourci `<R` + `tab` permet d'exécuter une commande graphique R
+
+(org-babel-temp-file \"figure\" \".png\") génère un nom de fichier temporaire.
+
+Il faut indiquer un nom de fichier pour que l'image soit chargée lors de la réouverture du fichier Emacs.
+
+![graphiqueR](documents/tuto_emacs_windows/images/graphiqueR.png)
+
+Remarque : Il peut être pratique de remplacer `(org-babel-temp-file \"figure\" \".png\")` par `"D:/temp/figure.png\"` dans dans le fichier `init.el` (raccourci `<R` et `<PP`).
+
+---
+
+## 2.3 Exécuter du code Python
+
+- Voir la page [Python Source Code Blocks in Org Mode](https://orgmode.org/worg/org-contrib/babel/languages/ob-doc-python.html)
+
+- Le raccourci `<p` + `tab` permet d'exécuter du code Python en mode "non-session"
+
+![python1](documents/tuto_emacs_windows/images/python1.png)
+
+- Le raccourci `<P` + `tab` permet d'exécuter du code Python en mode "session" pour conserver les valeurs d'un bloc de code à l'autre.
+
+![python2](documents/tuto_emacs_windows/images/python2.png)
+
+- Le raccourci `<PP` + `tab` permet d'exécuter un graphique Python
+
+![python4](documents/tuto_emacs_windows/images/python4.png)
+
+---
+
+## 2.4 Écrire dans le journal
+
+- Ouvrir le fichier `journal.org`
+
+- Le raccourci `C-c c` ouvre un menu demandant si on veut écrire dans la todo list ou dans le journal
+
+![ctrl_c_c](documents/tuto_emacs_windows/images/ctrl_c_c.png)
+
+- On appuie sur `j` pour écrire dans le journal. Un mini buffer est ouvert et Emacs modifie le fichier `journal.org` pour créer une entrée à la bonne date. On peut commencer à écrire dans le journal.
+
+![org_mode](documents/tuto_emacs_windows/images/org_mode.png)
+
+`C-c C-c` pour enregistrer les modifications.
+
+- La combinaison `Alt`+ `flèche gauche` ou `flèche droite` permet de décaler les puces à gauche ou à droite.
+
+- Penser à enregistrer avant de quitter !

documents/tuto_git_gtlab/tuto_git_gitlab.md

+# Ressources complémentaires
+
+- [Installer Git et Gitlab](https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session01bis/courseware/66bc811404b8481da5f794de54681c5e/f6580ad8e997400faeffe9af4fd37063/)
+
+- [Définir un proxy dans Git](https://gist.github.com/evantoli/f8c23a37eb3558ab8765)
+
+- [Mémoriser son mot de passe](http://blog.lecacheur.com/2015/11/05/git-le-b-a-ba-memoriser-son-mot-de-passe/)
+
+- [Livre Pro Git](https://git-scm.com/book/fr/v2/)
+
+# Configurer Gitlab
+
+- Accéder à [Gitlab](https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session01bis/xblock/block-v1:inria+41016+session01bis+type@lti+block@05a0ce425f1741e5bee5049040f70529/handler/preview_handler)
+
+![sign_in](documents/tuto_git_gtlab/images/sign_in.png)
+
+- NB : Il faut accéder à Gitlab depuis la plateforme FUN. On obtient une erreur 405 en accédant directement à la page https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/users/sign_in.
+ 
+![erreur 405](documents/tuto_git_gtlab/images/erreur405.png)
+
+- Cliquer sur **Sign in**
+
+![projects](documents/tuto_git_gtlab/images/projects.png)
+
+La grande chaîne de caractères remplacée ici par xxx est le login qu'il faudra utiliser dans Git pour accéder à Gitlab.
+
+- Pour définir le mot de passe, il faut aller dans settings
+
+![settings](documents/tuto_git_gtlab/images/settings.png)
+
+- puis dans l'onglet Profile pour définir une adresse mail valide
+
+![profile](documents/tuto_git_gtlab/images/profile.png)
+
+Vous allez recevoir un email de confirmation et il faut cliquer sur le lien de validation.
+
+- Une fois l'adresse validée, elle apparaît comme vérifiée et adresse principale dans l'onglet Emails
+
+![mail](documents/tuto_git_gtlab/images/mail.png)
+
+- Vous pouvez alors cliquer sur « I forgot my password » dans l’onglet password
+
+![password](documents/tuto_git_gtlab/images/password.png)
+
+Vous allez recevoir un email permettant de réinitialiser le mot de passe.
+
+---
+
+# Configurer Git
+
+## Opérations de configuration à faire sur Git (parcours RStudio et OrgMode)
+
+- Enregistrer l'email et le nom de l'utilisateur
+
+```
+git config --global --user.email you@example.com
+git config --global --user.name Your Name
+```
+
+NB : Ne pas mettre de guillemets.
+
+Ces deux paramètres sont obligatoire pour pouvoir commiter sinon on obtient le message suivant
+
+![commit3](documents/tuto_git_gtlab/images/commit3.png)
+
+- Si vous êtes derrière un proxy, il faut le définir dans Git
+
+```
+git config --global http.proxy http://proxy.server.com:port
+```
+
+On peut aussi définir le proxyUsername pour n'avoir que le mot de passe à saisir
+
+```
+git config --global http.proxy http://proxyUsername@proxy.server.com:port
+```
+
+- Option pour que le login et mot de passe soient enregistrés pendant 1 heure
+
+```
+git config --global credential.helper "cache --timeout=3600"
+```
+
+## Commandes pour afficher et effacer des options de configuration (parcours RStudio et OrgMode)
+
+- Afficher les paramètres
+
+```
+git config --list
+```
+
+- Effacer les mots de passe enregistrés
+
+```
+git config --system --unset credential.helper
+```
+
+- Effacer le proxy
+
+```
+git config --global --unset http.proxy
+```
+
+- Effacer le message "git: 'credential-cache' is not a git command."
+
+```
+git config --global --unset credential.helper
+```
+
+## Opérations de transfert entre Git et Gitlab (parcours OrgMode)
+
+- Récupérer l'adresse du dépôt
+
+![adresse_depot](documents/tuto_git_gtlab/images/adresse_depot.png)
+
+- Cloner le dépôt
+
+```
+git clone https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/xxx/mooc-rr.git
+```
+
+On peut aussi définir l'identifiant pour n'avoir que le mot de passe à saisir
+
+```
+git clone https://xxx@app-learninglab.inria.fr/gitlab/xxx/mooc-rr.git
+```
+
+Un répertoire `mooc-rr` est créé sur votre ordinateur.
+
+- Se placer dans le répertoire mooc-rr
+
+```
+cd mooc-rr
+```
+
+- Lister les fichiers du répertoire
+
+```
+ls (Unix)
+dir (Windows)
+```
+
+- Synchroniser Git vers Gitlab
+
+Il faut suivre les fichiers (commande `git add`) et les commiter (commande `git commit`) en local pour pouvoir les transférer sur serveur. La commande `git status` indique le statut des fichiers.
+
+Soit un fichier `fichier.txt` à la racine du répertoire mooc-rr.
+
+```
+git status
+```
+
+![status1](documents/tuto_git_gtlab/images/status1.png)
+
+```
+git add fichier.txt
+git status
+```
+
+![status2](documents/tuto_git_gtlab/images/status2.png)
+
+```
+git commit -m "message commit"
+```
+
+![commit_git](documents/tuto_git_gtlab/images/commit_git.png)
+
+```
+git status
+```
+
+![status3](documents/tuto_git_gtlab/images/status3.png)
+
+On peut alors faire le `git push`pour transférer le fichier sur Gitlab.
+
+```
+git push
+```
+
+Demande le mot de passe
+
+- NB : Il n'est pas possible de synchroniser vers Gitlab si des modifications ont été faites sur Gitlab et n'ont pas été répercupées en local
+
+![rejected](documents/tuto_git_gtlab/images/rejected.png)
+
+- Synchroniser Gitlab vers Git
+
+```
+git pull
+```
\ No newline at end of file

documents/tuto_jupyter_windows/SASPy3.md

+
+*Import in Python*
+
+
+```python
+import pandas as pd
+data_url = "https://forge.scilab.org/index.php/p/rdataset/source/file/master/csv/datasets/cars.csv"
+df_python = pd.read_csv(data_url)
+df_python.drop(df_python.columns[[0]], axis=1, inplace=True)
+```
+
+*Summary in SAS*
+
+
+```python
+import saspy
+session_sas = saspy.SASsession(cfgname='winlocal')
+```
+
+    SAS Connection established. Subprocess id is 6920
+    
+    
+
+
+```python
+session_sas
+```
+
+
+
+
+    Access Method         = IOM
+    SAS Config name       = winlocal
+    WORK Path             = /
+    SAS Version           = 9.04.01M1P12042013
+    SASPy Version         = 2.2.7
+    Teach me SAS          = False
+    Batch                 = False
+    Results               = Pandas
+    SAS Session Encoding  = WLATIN1
+    Python Encoding value = windows-1252
+
+
+
+
+```python
+df_sas = session_sas.df2sd(df_python)
+df_sas.describe()
+```
+
+
+    ---------------------------------------------------------------------------
+
+    UnicodeDecodeError                        Traceback (most recent call last)
+
+    <ipython-input-4-efc5eac237bd> in <module>()
+          1 df_sas = session_sas.df2sd(df_python)
+    ----> 2 df_sas.describe()
+    
+
+    f:\program files\python\python37-32\lib\site-packages\saspy\sasbase.py in describe(self)
+       1508         :return:
+       1509         """
+    -> 1510         return self.means()
+       1511 
+       1512     def means(self):
+    
+
+    f:\program files\python\python37-32\lib\site-packages\saspy\sasbase.py in means(self)
+       1527             code = "proc means data=%s.%s %s stackodsoutput n nmiss median mean std min p25 p50 p75 max; ods output Summary=work._summary; run;" % (
+       1528                 self.libref, self.table, self._dsopts())
+    -> 1529             return self._returnPD(code, '_summary')
+       1530         else:
+       1531             if self.HTML:
+    
+
+    f:\program files\python\python37-32\lib\site-packages\saspy\sasbase.py in _returnPD(self, code, tablename, **kwargs)
+       1107         if 'libref' in kwargs:
+       1108             libref = kwargs['libref']
+    -> 1109         ll = self.sas._io.submit(code)
+       1110         check, errorMsg = self._checkLogForError(ll['LOG'])
+       1111         if not check:
+    
+
+    f:\program files\python\python37-32\lib\site-packages\saspy\sasioiom.py in submit(self, code, results, prompt)
+        875              self.stdin[0].send(odsclose+logcodei.encode()+b'tom says EOL='+logcodeo+b'\n')
+        876 
+    --> 877       lstf = lstf.decode()
+        878       logf = logf.decode()
+        879 
+    
+
+    UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xe8 in position 31798: invalid continuation byte
+

documents/tuto_jupyter_windows/SASPy4.md

+
+***Import in Python***
+
+
+```python
+import pandas as pd
+data_url = "https://forge.scilab.org/index.php/p/rdataset/source/file/master/csv/datasets/cars.csv"
+df_python = pd.read_csv(data_url)
+df_python.drop(df_python.columns[[0]], axis=1, inplace=True)
+```
+
+***Describe in SAS***
+
+
+```python
+import saspy
+session_sas = saspy.SASsession(cfgname='winlocal')
+```
+
+    SAS Connection established. Subprocess id is 6784
+    
+    
+
+
+```python
+session_sas
+```
+
+
+
+
+    Access Method         = IOM
+    SAS Config name       = winlocal
+    WORK Path             = /
+    SAS Version           = 9.04.01M1P12042013
+    SASPy Version         = 2.2.6
+    Teach me SAS          = False
+    Batch                 = False
+    Results               = Pandas
+    SAS Session Encoding  = WLATIN1
+    Python Encoding value = windows-1252
+
+
+
+
+```python
+df_sas = session_sas.df2sd(df_python)
+df_sas.describe()
+```
+
+
+
+
+<div>
+<style scoped>
+    .dataframe tbody tr th:only-of-type {
+        vertical-align: middle;
+    }
+
+    .dataframe tbody tr th {
+        vertical-align: top;
+    }
+
+    .dataframe thead th {
+        text-align: right;
+    }
+</style>
+<table border="1" class="dataframe">
+  <thead>
+    <tr style="text-align: right;">
+      <th></th>
+      <th>Variable</th>
+      <th>N</th>
+      <th>NMiss</th>
+      <th>Median</th>
+      <th>Mean</th>
+      <th>StdDev</th>
+      <th>Min</th>
+      <th>P25</th>
+      <th>P50</th>
+      <th>P75</th>
+      <th>Max</th>
+    </tr>
+  </thead>
+  <tbody>
+    <tr>
+      <th>0</th>
+      <td>speed</td>
+      <td>50</td>
+      <td>0</td>
+      <td>15</td>
+      <td>15.40</td>
+      <td>5.287644</td>
+      <td>4</td>
+      <td>12</td>
+      <td>15</td>
+      <td>19</td>
+      <td>25</td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <th>1</th>
+      <td>dist</td>
+      <td>50</td>
+      <td>0</td>
+      <td>36</td>
+      <td>42.98</td>
+      <td>25.769377</td>
+      <td>2</td>
+      <td>26</td>
+      <td>36</td>
+      <td>56</td>
+      <td>120</td>
+    </tr>
+  </tbody>
+</table>
+</div>
+
+

documents/tuto_jupyter_windows/notebook_python.ipynb

+{
+ "cells": [
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "# Notebook Python"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": null,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [],
+   "source": []
+  }
+ ],
+ "metadata": {
+  "kernelspec": {
+   "display_name": "Python 3",
+   "language": "python",
+   "name": "python3"
+  },
+  "language_info": {
+   "codemirror_mode": {
+    "name": "ipython",
+    "version": 3
+   },
+   "file_extension": ".py",
+   "mimetype": "text/x-python",
+   "name": "python",
+   "nbconvert_exporter": "python",
+   "pygments_lexer": "ipython3",
+   "version": "3.7.0"
+  }
+ },
+ "nbformat": 4,
+ "nbformat_minor": 2
+}

documents/tuto_jupyter_windows/tuto_jupyter_windows.md

+# 1 Installer Python
+
+- Installer Python
+
+- Ajouter les chemins de Python et Python\Scripts dans dans la variable PATH de Windows
+
+La façon de procéder est très bien expliquée [ici](http://sametmax.com/ajouter-un-chemin-a-la-variable-denvironnement-path-sous-windows/).
+
+---
+
+# 2 Installer le package Jupyter
+
+- Méthode pour installer un package
+ - Ouvrir une invite de commande dos
+ - Exécuter la commande suivante
+
+```
+pip install jupyter
+```
+
+NB : Le raccourci `^v` ne fonctionne pas dans l'invite de commande dos. La fonction "coller" est disponible avec le bouton droit de la souris.
+
+---
+
+# 3 Lancer Jupyper
+
+- Ouvrir une invite de commande dos
+
+- Exécuter la commande suivante
+
+```
+jupyter notebook
+```
+
+---
+
+# 4 Autres langages
+
+Jupyper permet par défaut d'exécuter du code Python. Des packages permettent d'exécuter d'autres langages.
+
+## 4.1 Le package R [IRKernel](https://github.com/IRkernel/IRkernel) permet d'exécuter du code R dans un notebook R
+
+- Lancer R ou RStudio
+
+- Installer le package devtools
+
+```
+install.packages('devtools',dep=TRUE)
+```
+
+- Définir le proxy le cas échéant
+
+```
+library(httr)
+set_config(use_proxy(url="proxy", port=80, username="username", password="password")) 
+```
+
+- Installer IRkernel
+
+```
+devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
+IRkernel::installspec()  # to register the kernel in the current R installation
+```
+
+- On peut alors créer un notebook R
+
+![new_notebook](documents/tuto_jupyter_windows/images/new_notebook.png)
+
+![notebook_R](documents/tuto_jupyter_windows/images/notebook_R.png)
+
+On remarque l'icône du logiciel R en haut à droite.
+
+- [Exemple de notebook R](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/notebooks_jupyter/notebook_R/notebook_R.ipynb)
+
+- Lien utile : http://r.789695.n4.nabble.com/Problem-with-IRkernel-Installation-Solved-Instructions-on-how-to-Solve-it-td4727912.html
+
+---
+
+## 4.2 Le package Python **rpy2** permet d'exécuter du code R dans un notebook Python
+
+- Le package `rpy2` s'installe difficilement par méthode standard.
+
+- Télécharger le fichier binaire qui correspond au système d'exploitation [ici](https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2)
+
+- Ouvrir une invite de commande dos
+
+- Se placer dans le dossier de télécharment
+
+- Exécuter la commande suivante
+
+```
+python -m pip install rpy2‑2.9.4‑cp37‑cp37m‑win_amd64.whl # adapter le nom du fichier
+```
+
+- Lancer Jupiter et créer un notebook Python
+
+- Exécuter la commande suivante
+
+```
+%load_ext rpy2.ipython
+```
+
+- Installer le package `tzlocal` à l'aide de la commande `pip`
+
+- [Exemple de notebook Python/R](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/notebooks_jupyter/notebook_Python_R/notebook_Python_R.ipynb)
+
+- Lien utile : https://stackoverflow.com/questions/14882477/rpy2-install-on-windows-7
+
+NB : Je n'ai pas eu besoin de définir les variables d'environnement R_HOME et R_USER.
+
+---
+
+## 4.3 Le package Python [SASKernel](https://sassoftware.github.io/sas_kernel/) permet d'exécuter du code SAS dans un notebook SAS
+
+- Installer le package `sas_kernel` à l'aide de la commande `pip`
+
+- Modifier le fichier C:\Program Files\Python\Python37\Lib\site-packages\saspy\sascfg_sav.py pour l'adapter à votre système
+
+Dans les deux images ci-dessous, la fenêtre de gauche correspond au fichier initial et celle de droite au fichier modifié.
+
+![sascfg1](documents/tuto_jupyter_windows/images/sascfg1.png)
+
+![sascfg2](documents/tuto_jupyter_windows/images/sascfg2.png)
+
+- On peut alors créer un notebook SAS
+
+![new_notebook](documents/tuto_jupyter_windows/images/new_notebook.png)
+
+![notebook_SAS](documents/tuto_jupyter_windows/images/notebook_SAS.png)
+
+On remarque l'icône du logiciel SAS en haut à droite.
+
+- [Exemple de notebook SAS](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/notebooks_jupyter/notebook_SAS/notebook_SAS.ipynb)
+
+- NB : L'export Jupyter vers pdf ne fonctionne pas pour les sorties HTML et donc SAS. Il est possible de faire l'export depuis pandoc.
+
+ - Exporter le document au format HTML
+ - Exécuter la commande suivante
+
+```
+pandoc --variable=geometry:a4paper --variable=geometry:margin=1in notebook_sas.html -o  notebook_sas.pdf
+```
+
+mais ça ne marche pas pour tous les tableaux et on perd la coloration syntaxique.
+
+- Lien utile : https://sassoftware.github.io/sas_kernel/install.html
+
+---
+
+## 4.4 Le package Python [SASPy](https://sassoftware.github.io/saspy/) permet d'exécuter du code SAS dans un notebook Python
+
+- Installer le package `saspy` à l'aide de la commande `pip`
+
+- [Exemple de notebook Python/SAS] (https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/notebooks_jupyter/notebook_Python_SAS/notebook_Python_SAS.ipynb)
+
+- NB : L'export Jupyter vers pdf ne fonctionne pas pour les sorties HTML et donc SAS. Il est possible de faire l'export depuis pandoc.
+
+ - Exporter le document au format HTML
+ - Exécuter la commande suivante
+
+```
+pandoc --variable=geometry:a4paper --variable=geometry:margin=1in notebook_sas.html -o  notebook_sas.pdf
+```
+
+mais ça ne marche pas pour tous les tableaux et on perd la coloration syntaxique.

documents/tuto_jupyter_windows/tuto_jupyter_windows_v2.md

+---
+title: "Tuto Jupyter Windows"
+---
+
+https://gitlab.inria.fr/learninglab/mooc-rr/mooc-rr-ressources/blob/master/module2/ressources/jupyter_fr.org
+
+[FUN : Jupyter : trucs et astuces, Installation et configuration](https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/courseware/66bc811404b8481da5f794de54681c5e/f8608bfb261b4c289b35b2cd19d5baf3/3?activate_block_id=block-v1%3Ainria%2B41016%2Bsession02%2Btype%40vertical%2Bblock%404ab5bb42ca1e45c8b0f349751b96d405#installation-et-configuration-de-jupyter-sur-votre-ordinateur)
+
+# 1 Installer Python
+
+- Installer Python
+
+- Ajouter les chemins de Python et Python\\Scripts dans la variable PATH de Windows
+
+La façon de procéder est très bien expliquée [ici](http://sametmax.com/ajouter-un-chemin-a-la-variable-denvironnement-path-sous-windows/).
+
+---
+
+# 2 Installer le package Jupyter
+
+- Méthode pour installer un package
+ - Ouvrir une invite de commande dos
+ - Exécuter la commande suivante
+
+```
+pip install jupyter
+```
+
+NB : Le raccourci `^v` ne fonctionne pas dans l'invite de commande dos. La fonction "coller" est disponible avec le bouton droit de la souris.
+
+---
+
+# 3 Lancer Jupyper
+
+- Ouvrir une invite de commande dos
+
+- Exécuter la commande suivante
+
+```
+jupyter notebook
+```
+
+---
+
+# 4 Autres langages
+
+Jupyper permet par défaut d'exécuter du code Python. Des packages permettent d'exécuter d'autres langages.
+
+## 4.1 Le package R [IRkernel](https://irkernel.github.io/installation/) permet d'exécuter du code R dans un notebook R
+
+- Lancer R ou RStudio
+
+- Installer le package IRkernel
+
+```
+install.packages("IRkernel",dep=TRUE)
+IRkernel::installspec()  # to register the kernel in the current R installation
+```
+
+```
+> packageVersion("IRkernel")
+[1] ‘1.1’
+```
+
+---
+
+Anciennement :
+
+- Installer le package devtools
+
+```
+install.packages('devtools',dep=TRUE)
+```
+
+- Définir le proxy le cas échéant
+
+```
+library(httr)
+set_config(use_proxy(url="proxy", port=80, username="username", password="password")) 
+```
+
+- Installer IRkernel
+
+```
+devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
+IRkernel::installspec()  # to register the kernel in the current R installation
+```
+
+- Lien utile : http://r.789695.n4.nabble.com/Problem-with-IRkernel-Installation-Solved-Instructions-on-how-to-Solve-it-td4727912.html
+
+## 4.2 Le package Python **rpy2** permet d'exécuter du code R dans un notebook Python
+
+- Le package `rpy2` s'installe difficilement par méthode standard.
+
+- Télécharger le fichier binaire qui correspond au système d'exploitation [ici](https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2)
+
+- Ouvrir une invite de commande dos
+
+- Se placer dans le dossier de télécharment
+
+- Exécuter la commande suivante
+
+```
+python -m pip install rpy2‑2.9.4‑cp37‑cp37m‑win_amd64.whl # adapter le nom du fichier
+```
+
+- Lancer Jupiter et créer un notebook Python
+
+- Exécuter la commande suivante
+
+```
+%load_ext rpy2.ipython
+```
+
+- S'il y a un message d'erreur `ModuleNotFoundError`, le nom du module manquant est indiqué à la fin du [message](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/5a2d28a2b1c0491ffa6b9665e384d769e27e1296/documents/tuto_jupyter_windows/tzlocal_not_found.html)
+
+- Installer le module manquant avec la commande pip. (Le module tzlocal peut être installé directement. Il n'est pas nécessaire de le télécharger.)
+
+- Lien utile : https://stackoverflow.com/questions/14882477/rpy2-install-on-windows-7
+
+NB : Je n'ai pas eu besoin de définir les variables d'environnement R_HOME et R_USER.
+
+## 4.3 Le package Python [SASKernel](https://sassoftware.github.io/sas_kernel/) permet d'exécuter du code SAS dans un notebook SAS
+
+- Installer le package `sas_kernel` à l'aide de la commande `pip`
+
+- Modifier le fichier C:\\Program Files\\Python\\Python37\\Lib\\site-packages\\saspy\\sascfg_sav.py pour l'adapter à votre système
+
+Dans les deux images ci-dessous, la fenêtre de gauche correspond au fichier initial et celle de droite au fichier modifié.
+
+![sascfg1](D:/inserm/mooc/recherche_reproductible/mooc-rr/documents/tuto_jupyter_windows/images/sascfg1.png)
+
+![sascfg2](D:/inserm/mooc/recherche_reproductible/mooc-rr/documents/tuto_jupyter_windows/images/sascfg2.png)
+
+- Installer le package `pandas` à l'aide de la commande `pip`
+
+- Ajouter le chemin C:\\Program Files\\SASHOME\\SASFoundation\\9.4\\core\\sasext dans la variable PATH de Windows
+
+- Lien utile : https://sassoftware.github.io/sas_kernel/install.html
+
+---
+
+- Problèmes rencontrés
+
+```
+Pandas module not available.
+```
+
+--> Installer le package `pandas` à l'aide de la commande `pip`
+
+```
+Attempted to run program C:\\Program Files\\SASHome\\SASPrivateJavaRuntimeEnvironment\\9.4\\jrin\\java
+```
+
+--> Vérifier que tous les antislashs sont doublés
+
+```
+Be sure the path to sspiauth.dll is in your System PATH
+```
+
+--> Ajouter le chemin C:\\Program Files\\SASHOME\\SASFoundation\\9.4\\core\\sasext dans la variable PATH de Windows
+
+---
+
+## 4.4 Le package Python [SASPy](https://sassoftware.github.io/saspy/) permet d'exécuter du code SAS dans un notebook Python
+
+- Installer le package `saspy` à l'aide de la commande `pip`

documents/tuto_magit/tuto_magit.md

+# 1 Installer Magit
+
+Plusieurs méthodes sont proposées [ici] (https://magit.vc/manual/magit/Installing-from-an-Elpa-Archive.html).
+
+Celle-ci a été testée sur Windows :
+
+- Ajouter le code suivant dans le fichier `.emacs.d/init.el`
+
+```
+(require 'package)
+(add-to-list 'package-archives
+             '("melpa" . "http://melpa.org/packages/") t)
+```
+
+- Lancer Emacs et exécuter les commandes suivantes
+
+```
+M-x package-refresh-contents RET
+M-x package-install RET magit RET
+```
+
+NB :  `M-` correspond à la touche `<Alt>`, `RET` à la touche `<Entrée>`
+
+# 2 Lancer Magit
+
+- Ouvrir un fichier et exécuter le racourci `C-x g`
+
+- Magit demande le chemin du répertoire Git
+
+- Indiquer le chemin du répertoire mooc-rr
+
+![git1](documents/tuto_magit/images/git1.png)
\ No newline at end of file

documents/tuto_rstudio_gitlab/tuto_rstudio_gitlab.md

+# Dans Git
+
+- Enregistrer l'email et le nom de l'utilisateur
+
+```
+git config --global --user.email you@example.com
+git config --global --user.name Your Name
+```
+
+NB : Ne pas mettre de guillemets.
+
+Ces deux paramètres sont obligatoire pour pouvoir commiter sinon on obtient le message suivant
+
+![commit3](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/commit3.png)
+
+- Si vous êtes derrière un proxy, il faut le définir dans Git
+
+```
+git config --global http.proxy http://proxy.server.com:port
+```
+
+On peut aussi définir le proxyUsername pour n'avoir que le mot de passe à saisir
+
+```
+git config --global http.proxy http://proxyUsername@proxy.server.com:port
+```
+
+- Option pour que le login et mot de passe soient enregistrés pendant 1 heure
+
+```
+git config --global credential.helper "cache --timeout=3600"
+```
+
+# Dans RStudio
+
+- File / New Project / Version Control
+
+![new_project](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/new_project.png)
+
+![git](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/git.png)
+
+- Récupérer l'adresse du dépôt
+
+![adresse_depot](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/adresse_depot.png)
+
+- Indiquer l'adresse du dépôt dans le champ "Repository URL"
+- Il est possible de faire précéder l'adresse du dépôt par `xxx@`, xxx étant l'identifiant Gitlab, pour ne pas avoir à le renseigner par la suite
+
+![clone](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/clone.png)
+
+- Si vous êtes derrière un proxy, il faut le définir dans Git
+- Git demande le mot de passe du proxy
+
+![password_proxy](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/password_proxy.png)
+
+- Git se connecte à Gitlab et récupère l'ensemble des données
+
+- RStudio redémarre pour se placer dans un mode lié à Git
+
+![rstudio](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/rstudio.png)
+
+- Module2 / exo1 / toy_document.Rmd
+
+- Modifier le fichier
+
+- Sauvegarder
+
+- Aller dans Git pour effectuer le commit
+
+![commit](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/commit.png)
+
+![commit2](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/commit2.png)
+
+- Sélectionner les lignes à commiter puis cliquer sur "commit"
+
+![commit5](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/commit5.png)
+
+Les modifications sont pour l'instant uniquement sur la machine. Elles n'ont pas été propagées sur Gitlab.
+
+- Cliquer sur "push" pour les propager sur Gitlab
+
+![push](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/push.png)
+
+![push2](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/push2.png)
+
+![push3](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/push3.png)
+
+- NB : Il n'est pas possible de synchroniser vers Gitlab si des modifications ont été faites sur Gitlab et n'ont pas été répercupées en local
+
+![push4](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/push4.png)
+
+- Cliquer sur "pull" pour synchroniser Gitlab vers Git
\ No newline at end of file

mooc-rr-2020.Rproj

+Version: 1.0
+
+RestoreWorkspace: Default
+SaveWorkspace: Default
+AlwaysSaveHistory: Default
+
+EnableCodeIndexing: Yes
+UseSpacesForTab: Yes
+NumSpacesForTab: 2
+Encoding: UTF-8
+
+RnwWeave: Sweave
+LaTeX: pdfLaTeX