@@ -108,8 +108,96 @@ Préferrer les logiciels libres (ancienne version accessible) --> meilleure chan
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## 3. Le document computationnel : principe
## 3. Le document computationnel : principe
L'objectif essentiel de ce document est de permettre la **transparence** la plus complète possible.
La science moderne = majeur partie de la science derrière un ordinateur pour l'interprétation des données.
La recherche reproducible consiste à réduire le fossé séparant l'auteur et le lecteur.
### 3.1. Objectifs méthodologiques
Avoir un outil permettant
- d'inspecter : justifier/comprendre
- de refaire : vérifier (par le lecteur si le calcul est correct)/corriger/réutiliser (refaire l'analyse le plus simplement possible)
### 3.2. La vitrine ...
= texte, ligne de calcul, figure, courbe, article classique au format html ou pdf = document final
### 3.3. l'envers du décor
document dynamique constitué de différentes parties avec lesquelles on peut interagir = zone de texte (markdown, expliquer les choix), zone de code (fragment code python par ex), zone de résultats des lignes de code = document initial
Certaines zones peuvent être rendues non-visibles dans le fichier pdf final. Possible grâce à différents outils : Jupyter, RStudio, OrgMode.
**Principe indentique des outils**:
- 1 seul document : explication, code, résultats
- session
- export
** mais différences de syntaxe, d'inter-opérabilité des langages, le contrôle/configuration pour l'export.
## 4. Prise en main avec l'outil
## 4. Prise en main avec l'outil
Faire le choix entre 3 outils différents :
4.A Prise en main de l'outil Jupyter
**4.B Prise en main de l'outil RStudio**
4.C Prise en main de l'outil OrgMode
RStudio = environnement de développement spécifique au langage R.
1. Lancement
2. Exécution des blocs
3. Production et partage du document final
Qu’est-ce qu’un environnement comme Rstudio apporte par rapport à travailler dans la console R ou bien exécuter directement des scripts R ?
- Il permet d'avoir un historique bien structuré des analyses effectuées.
- Il permet d’inspecter les données, de garder une trace de cette inspection, et d’expliquer au fur et à mesure les transformations que l’on effectue.
- Il sauvegarde les résultats intermédiaires, qu’ils soient textuels ou graphiques.
- Il vous permet de générer des documents au format HTML, PDF ou .doc(x)/.odt.
- Il permet de s’assurer que la figure obtenue est bien le résultat du calcul décrit dans le document.
Dans Rstudio, quelles sont les fonctionnalités fournies pour le langage R mais non disponibles pour le langage Python ?
- La complétion sur les noms de variables
- La non-persistance des variables et de leur état pour les codes Python
- En python, seules les sorties texte sont gérées, pas les sorties graphiques
Qu’est-ce qui permet d’être efficace dans un environnement comme Rstudio ?
- Les fonctions d’export et de réexécution du code depuis le début
- La complétion
- Apprendre les raccourcis claviers
- Lire la documentation et les pense-bêtes
## 5. Travailler avec les autres
## 5. Travailler avec les autres
## 6. Analyse comparée des différents outils
**Rpubs** = outils idéal pour partager de façon rapide mais non-pérenne tout comme Dropbox.
**Gitlab/Github** = idéal pour partager de façon rapide et PERENNE mais partage de tous l'historique! si utilisation de cet outil, il faut archiver.
Utilisation de **sites compagnons** comme HAL (article), Figshare/zenodo (figures et données).
*De quoi aurez-vous besoin pour produire un document pdf:*
