module 2 exo -> 3

.gitignore

-*~
\ No newline at end of file

journal/Readme.md

@@ -12,3 +12,13 @@
     
 	
 - 14/11/2020 : réplication de la base en local et suivi par git.
+
+- 19.11.2020 : exercices du module2 sur la solution emacs-org + Python
+  
+  Quand on exécute un code Python, Emacs crée un buffer *Python* en arrière plan.
+  On peut y entrer et en particulier vérifier sur quel répertoire on est, par exemple pour la
+  génération de graphique. Les commandes pour vérifier le répertoire en cours et en changer sont
+  respectivement `os.getcwd()` et `os.chdir(..)`.
+  
+  
+

module1/module1_ressources_introduction_to_markdown_fr.org

@@ -21,7 +21,7 @@ Voici un aperçu rapide de la syntaxe Markdown repris d'une
   - [[#inline-code][Inline code]]
 - [[#écrire-des-maths][Écrire des Maths]]
   - [[#lettres-grecques][Lettres grecques]]
-  -  [[#fonctions-et-opérateurs][Fonctions et opérateurs]]
+  - [[#fonctions-et-opérateurs][Fonctions et opérateurs]]
   - [[#exposants-et-indices][Exposants et indices]]
   - [[#fractions-coefficients-binomiaux-racines-][Fractions, coefficients binomiaux, racines...]]
   - [[#sommes-et-intégrales][Sommes et intégrales]]
@@ -130,16 +130,19 @@ commandes courants. En fait, à peu près tout ce qui est classique
 dans le langage LaTeX peut être utilisé pourvu que vous délimitiez
 bien avec un =$=. Pour d'autres exemples plus complets jetez un coup
 d'œil à ces [[http://www.statpower.net/Content/310/R%20Stuff/SampleMarkdown.html][exemples de James H. Steiger]].
+
 ** Lettres grecques
+
  | Symbole | Commande |
  |---------+----------|
- | $\alpha$     | =$\alpha$=    |
+ | $\alpha$     | =$\alpha$=      |
  | $\beta$     | =$\beta$=      |
  | $\gamma$     | =$\gamma$=      |
  | $\Gamma$     | =$\Gamma$=      |
  | $\pi$     | =$\pi$=      |
 
 ** Fonctions et opérateurs
+
  | Symbole | Commande |
  |---------+----------|
  | $\cos$  | =$\cos$=   |

module2/exo1/toy_document_orgmode_R_fr.org

-#+TITLE:  Votre titre
-#+AUTHOR: Votre nom
-#+DATE:   La date du jour
-#+LANGUAGE: fr
-# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
-
-#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
-#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
-#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
-#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
-#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
-#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+Content-Type: text/enriched
+Text-Width: 100
+
+<x-color><param>#73d216</param># -*- coding: utf-8-unix; mode: org; mode: auto-fill; fill-column: 100; -*-</x-color>
+
+
+#+TITLE:  <x-color><param>pale turquoise</param>Premier exercice 
+</x-color>#+AUTHOR: <x-color><param>pale turquoise</param>Mathieu Pouit
+</x-color>#+DATE:   <x-color><param>pale turquoise</param>2020-11-19
+</x-color>#+LANGUAGE: fr
+<x-color><param>#73d216</param># #+PROPERTY: header-args :eval never-export</x-color>
+
+
+#+HTML_HEAD: <<link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <<link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"><</script>
+#+HTML_HEAD: <<script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"><</script>
+#+HTML_HEAD: <<script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"><</script>
+#+HTML_HEAD: <<script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"><</script>
+
 
 * Quelques explications
 
+
 Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
 R. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
 exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
 org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
 
+
 Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
 compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
 récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
@@ -25,25 +35,31 @@ ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
 le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
 document.
 
+
 Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclut du code
 R de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):
 
+
 #+begin_src R :results output :exports both
 print("Hello world!")
 #+end_src
 
+
 #+RESULTS:
 : [1] "Hello world!"
 
+
 Voici la même chose, mais avec une session R (c'est le cas le
 plus courant, R étant vraiment un langage interactif), donc une
 persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
 ~C-c C-c~).
 
+
 #+begin_src R :results output :session *R* :exports both
 summary(cars)
 #+end_src
 
+
 #+RESULTS:
 :      speed           dist       
 :  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
@@ -53,32 +69,39 @@ summary(cars)
 :  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
 :  Max.   :25.0   Max.   :120.00
 
+
 Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
 #+begin_src R :results output graphics :file "./cars.png" :exports results :width 600 :height 400 :session *R* 
 plot(cars)
 #+end_src
 
+
 #+RESULTS:
 [[file:./cars.png]]
 
+
 Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code
 ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
 recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
 (indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
 parfaitement transparentes pour être reproductibles.
 
+
 Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document
 org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cars.png~. N'oubliez pas
 de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
 compréhensible sur GitLab.
 
+
 Enfin, pour les prochains exercices, nous ne vous fournirons pas
 forcément de fichier de départ, ça sera à vous de le créer, par
 exemple en repartant de ce document et de le commiter vers
 gitlab. N'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
 ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
 claviers permettant de créer rapidement les blocs de code R (en
-faisant ~<r~ ou ~<R~ suivi de ~Tab~).
+faisant ~<<r~ ou ~<<R~ suivi de ~Tab~).
+
 
 Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
 informations et les remplacer par votre document computationnel.
+

module2/exo2/exercice_python_fr.org

-#+TITLE:  Votre titre
-#+AUTHOR: Votre nom
-#+DATE:   La date du jour
+# -*- coding: utf-8-unix; mode: org; mode: auto-fill; fill-column: 100; -*-
+
+#+TITLE:  Module 2 Exercice 2 : première lignes de Python sous Emacs
+#+AUTHOR: Mathieu Pouit
+#+DATE:   19.11.2020
 #+LANGUAGE: fr
 # #+PROPERTY: header-args :eval never-export
 
@@ -28,7 +30,7 @@ document.
 Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code
 python de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):
 
-#+begin_src python :results output :exports both
+#+begin_src python :results output :exports both :python python3
 print("Hello world!")
 #+end_src
 
@@ -38,7 +40,7 @@ print("Hello world!")
 Voici la même chose, mais avec une session python, donc une
 persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
 ~C-c C-c~).
-#+begin_src python :results output :session :exports both
+#+begin_src python :results output :session :exports both :python python3
 import numpy
 x=numpy.linspace(-15,15)
 print(x)
@@ -59,7 +61,7 @@ print(x)
 #+end_example
 
 Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
-#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./cosxsx.png" :exports results
+#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./cosxsx.png" :exports results :python python3
 import matplotlib.pyplot as plt
 
 plt.figure(figsize=(10,5))
@@ -91,3 +93,34 @@ faisant ~<p~, ~<P~ ou ~<PP~ suivi de ~Tab~).
 
 Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
 informations et les remplacer par votre document computationnel.
+
+
+* Mon exercice en Python
+
+#+begin_src python :results output :exports both :python python3 :session
+import numpy as np
+data = np.array([14.0, 7.6, 11.2, 12.8, 12.5, 9.9, 14.9, 9.4, 16.9, 10.2, 14.9, 18.1, 7.3, 9.8,
+                   10.9,12.2, 9.9, 2.9, 2.8, 15.4, 15.7, 9.7, 13.1, 13.2, 12.3, 11.7, 16.0, 12.4, 17.9, 12.2, 16.2,
+                   18.7, 8.9, 11.9, 12.1, 14.6, 12.1, 4.7, 3.9, 16.9, 16.8, 11.3, 14.4, 15.7, 14.0, 13.6, 18.0, 13.6,
+                   19.9, 13.7, 17.0, 20.5, 9.9, 12.5, 13.2, 16.1, 13.5, 6.3, 6.4, 17.6, 19.1, 12.8, 15.5, 16.3, 15.2,
+                   14.6, 19.1, 14.4, 21.4, 15.1, 19.6, 21.7, 11.3, 15.0, 14.3, 16.8, 14.0, 6.8, 8.2, 19.9, 20.4,
+                   14.6, 16.4, 18.7, 16.8, 15.8, 20.4, 15.8, 22.4, 16.2, 20.3, 23.4, 12.1, 15.5, 15.4, 18.4, 15.7,
+                   10.2, 8.9, 21.0])
+
+print('la moyenne est : %5.3f' % np.mean(data))
+print('le minimum est : %3.1f' % np.min(data))
+print('le maximum est : %3.1f' % np.max(data))
+print('la médiane est : %5.3f' % np.median(data))
+print('l\'écart type est : %5.3f' % np.std(data, ddof=1))
+ 
+
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: la moyenne est : 14.113
+: le minimum est : 2.8
+: le maximum est : 23.4
+: la médiane est : 14.500
+: l'écart type est : 4.334
+
+

module2/exo3/exercice_python_fr.org

-#+TITLE:  Votre titre
-#+AUTHOR: Votre nom
-#+DATE:   La date du jour
+# -*- coding: utf-8-unix; mode: org; mode: auto-fill; fill-column: 100; -*-
+
+#+TITLE:  Module 2 Exercice 3 : premier graphique avec Python
+#+AUTHOR: Mathieu Pouit
+#+DATE:   19.11.2020
 #+LANGUAGE: fr
 # #+PROPERTY: header-args :eval never-export
 
@@ -91,3 +93,65 @@ faisant ~<p~, ~<P~ ou ~<PP~ suivi de ~Tab~).
 
 Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
 informations et les remplacer par votre document computationnel.
+
+
+* mon exercice de génération de courbe
+
+  #+begin_src shell :results output :exports both
+  pwd
+  #+end_src
+
+  #+RESULTS:
+  : /home/mathieu/Qsync/informatique/rechercheReproductible/mooc-rr/module2/exo3
+
+
+#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./sequencePlot.png" :exports results :python python3
+import numpy as np
+import matplotlib.pyplot as plt
+
+data = np.array([14.0, 7.6, 11.2, 12.8, 12.5, 9.9, 14.9, 9.4, 16.9, 10.2, 14.9, 18.1, 7.3, 9.8,
+                   10.9,12.2, 9.9, 2.9, 2.8, 15.4, 15.7, 9.7, 13.1, 13.2, 12.3, 11.7, 16.0, 12.4, 17.9, 12.2, 16.2,
+                   18.7, 8.9, 11.9, 12.1, 14.6, 12.1, 4.7, 3.9, 16.9, 16.8, 11.3, 14.4, 15.7, 14.0, 13.6, 18.0, 13.6,
+                   19.9, 13.7, 17.0, 20.5, 9.9, 12.5, 13.2, 16.1, 13.5, 6.3, 6.4, 17.6, 19.1, 12.8, 15.5, 16.3, 15.2,
+                   14.6, 19.1, 14.4, 21.4, 15.1, 19.6, 21.7, 11.3, 15.0, 14.3, 16.8, 14.0, 6.8, 8.2, 19.9, 20.4,
+                   14.6, 16.4, 18.7, 16.8, 15.8, 20.4, 15.8, 22.4, 16.2, 20.3, 23.4, 12.1, 15.5, 15.4, 18.4, 15.7,
+                   10.2, 8.9, 21.0])
+
+fig=plt.figure(figsize=(3,2))
+
+plt.plot(data)
+
+plt.savefig(matplot_lib_filename)
+print(matplot_lib_filename)
+
+fig.tight_layout()
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./sequencePlot.png]]
+
+
+#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./histogram.png" :exports results :python python3
+import numpy as np
+import matplotlib.pyplot as plt
+
+data = np.array([14.0, 7.6, 11.2, 12.8, 12.5, 9.9, 14.9, 9.4, 16.9, 10.2, 14.9, 18.1, 7.3, 9.8,
+                   10.9,12.2, 9.9, 2.9, 2.8, 15.4, 15.7, 9.7, 13.1, 13.2, 12.3, 11.7, 16.0, 12.4, 17.9, 12.2, 16.2,
+                   18.7, 8.9, 11.9, 12.1, 14.6, 12.1, 4.7, 3.9, 16.9, 16.8, 11.3, 14.4, 15.7, 14.0, 13.6, 18.0, 13.6,
+                   19.9, 13.7, 17.0, 20.5, 9.9, 12.5, 13.2, 16.1, 13.5, 6.3, 6.4, 17.6, 19.1, 12.8, 15.5, 16.3, 15.2,
+                   14.6, 19.1, 14.4, 21.4, 15.1, 19.6, 21.7, 11.3, 15.0, 14.3, 16.8, 14.0, 6.8, 8.2, 19.9, 20.4,
+                   14.6, 16.4, 18.7, 16.8, 15.8, 20.4, 15.8, 22.4, 16.2, 20.3, 23.4, 12.1, 15.5, 15.4, 18.4, 15.7,
+                   10.2, 8.9, 21.0])
+
+fig=plt.figure(figsize=(3,2))
+
+plt.hist(data)
+
+plt.savefig(matplot_lib_filename)
+print(matplot_lib_filename)
+
+fig.tight_layout()
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./histogram.png]]

module2/exo4/exercice_python_fr.org

-#+TITLE:  Votre titre
-#+AUTHOR: Votre nom
+# -*- coding: utf-8-unix; mode: org; mode: auto-fill; fill-column: 100; -*-
+
+#+TITLE:  Module 2 Exercice 4
+#+AUTHOR: Mathieu Pouit
 #+DATE:   La date du jour
 #+LANGUAGE: fr
 # #+PROPERTY: header-args :eval never-export