Tuto de Marie-Gabrielle sur Emacs/windows, Git/Gitlab, Jupyter/Windows, Magit, Rstudio/Gitlab

documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md

+1. [Installation et configuration des différents outils](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#1-installation-et-configuration-des-diff%C3%A9rents-outils)
+  1. [Installer et configurer Emacs](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#11-installer-et-configurer-emacs)
+  2. [Ajouter les chemins de R et Python dans dans la variable PATH de Windows](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#12-ajouter-les-chemins-de-r-et-python-dans-dans-la-variable-path-de-windows)
+  3. [Installer et configurer matplotlib (librairie graphique Python)](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#13-installer-et-configurer-matplotlib-librairie-graphique-python)
+2. [Utilisation d'Emacs](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#2-utilisation-demacs)
+  1. [Exécuter des commandes dos](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#21-ex%C3%A9cuter-des-commandes-dos)
+  2. [Exécuter du code R](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#22-ex%C3%A9cuter-du-code-r)
+  3. [Exécuter du code Python](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#23-ex%C3%A9cuter-du-code-python)
+  4. [Écrire dans le journal](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_emacs_windows/tuto_emacs_windows.md#24-%C3%89crire-dans-le-journal)
+
+# **1 Installation et configuration des différents outils**
+
+## 1.1 Installer et configurer Emacs
+
+- Installer [Emacs modifié pour Windows](https://vigou3.github.io/emacs-modified-windows/)
+  - version 26.1 pour Windows 64 bits
+  - version 25.2 pour Windows 32 bits
+  
+- Télécharger le fichier [rr_org_archive.tgz](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/learning-lab/mooc-rr-ressources/raw/master/module2/ressources/rr_org_archive.tgz)
+
+*NB : Avec 7z il faut décompresser l'archive deux fois : une première fois crée une archive `rr_org_archive.tar` et une deuxième fois crée un dossier `rr_org` contenant les fichiers `init.el` et `journal.org`.*
+
+- Lancer Emacs
+
+![emacs](documents/tuto_emacs_windows/images/emacs.png)
+
+- Emacs crée le répertoire `C:\Users\***\.emacs.d`
+
+*NB : Le répertoire est créé au premier lancement d'Emacs.*
+
+- Placer le fichier `init.el` dedans
+
+- Lancer Emacs
+
+![scratch](documents/tuto_emacs_windows/images/scratch.png)
+
+- Exécuter la commande suivante pour installer `htmlize`
+
+```
+M-x package-install RET htmlize RET
+```
+
+- Créer un dossier `C:\Users\***\org` dans l'explorateur Windows
+
+- Placer le fichier `journal.org` dedans
+
+---
+
+## 1.2 Ajouter les chemins de R et Python dans dans la variable PATH de Windows
+
+La façon de procéder est très bien expliquée [ici](http://sametmax.com/ajouter-un-chemin-a-la-variable-denvironnement-path-sous-windows/).
+
+---
+
+## 1.3 Installer et configurer matplotlib (librairie graphique Python)
+
+- Installer la librairie `matplotlib`
+
+ - Ouvrir une invite de commande dos
+ - Exécuter la commande suivante
+
+```
+python -m pip install -U matplotlib
+```
+
+![install_matplotlib](documents/tuto_emacs_windows/images/install_matplotlib.png)
+
+- Désactiver les plots interactifs dans matplotlib
+
+Pour ce faire, il faut d'abord savoir où se trouve le fichier de configuration de matplotlib sous Windows.
+
+Exécuter le code suivant sous Python
+
+```
+import matplotlib
+matplotlib.matplotlib_fname()
+```
+
+![matplotlib](documents/tuto_emacs_windows/images/matplotlib.png)
+
+Ouvrir le fichier `matplotlibrc` et ajouter un `#` devant la ligne qui commence par `backend`, ce qui correspond à utiliser la valeur par défaut `Agg`
+
+---
+
+## 1.4 Installer MiKTeX
+
+Télécharger et installer [MiKTeX](https://miktex.org/download) en choisissant le bon système d'exploitation. 
+Vous serez amené à installer différents packages lors du premier export pdf.
+
+---
+---
+
+# **2 Utilisation d'Emacs**
+
+## 2.1 Exécuter des commandes dos
+
+- Lancer Emacs
+
+- Créer un fichier toto.org dans l'explorateur Windows
+
+- Ouvrir le fichier toto.org dans Emacs et saisir `<b` + `tab`.
+
+![shell](documents/tuto_emacs_windows/images/shell.png)
+
+- Le raccourci `C-g` permet de sortir d'une commande
+
+---
+
+## 2.2 Exécuter du code R
+
+- Le raccourci `<r` + `tab` permet d'exécuter une commande R
+
+![commandeR1](documents/tuto_emacs_windows/images/commandeR1.png)
+
+Emacs demande le dossier de démarrage. Garder le dossier par défaut (`Entrée`)
+
+![commandeR2](documents/tuto_emacs_windows/images/commandeR2.png)
+
+- Le raccourci `<R` + `tab` permet d'exécuter une commande graphique R
+
+(org-babel-temp-file \"figure\" \".png\") génère un nom de fichier temporaire.
+
+Il faut indiquer un nom de fichier pour que l'image soit chargée lors de la réouverture du fichier Emacs.
+
+![graphiqueR](documents/tuto_emacs_windows/images/graphiqueR.png)
+
+Remarque : Il peut être pratique de remplacer `(org-babel-temp-file \"figure\" \".png\")` par `"D:/temp/figure.png\"` dans dans le fichier `init.el` (raccourci `<R` et `<PP`).
+
+---
+
+## 2.3 Exécuter du code Python
+
+- Voir la page [Python Source Code Blocks in Org Mode](https://orgmode.org/worg/org-contrib/babel/languages/ob-doc-python.html)
+
+- Le raccourci `<p` + `tab` permet d'exécuter du code Python en mode "non-session"
+
+![python1](documents/tuto_emacs_windows/images/python1.png)
+
+- Le raccourci `<P` + `tab` permet d'exécuter du code Python en mode "session" pour conserver les valeurs d'un bloc de code à l'autre.
+
+![python2](documents/tuto_emacs_windows/images/python2.png)
+
+- Le raccourci `<PP` + `tab` permet d'exécuter un graphique Python
+
+![python4](documents/tuto_emacs_windows/images/python4.png)
+
+---
+
+## 2.4 Écrire dans le journal
+
+- Ouvrir le fichier `journal.org`
+
+- Le raccourci `C-c c` ouvre un menu demandant si on veut écrire dans la todo list ou dans le journal
+
+![ctrl_c_c](documents/tuto_emacs_windows/images/ctrl_c_c.png)
+
+- On appuie sur `j` pour écrire dans le journal. Un mini buffer est ouvert et Emacs modifie le fichier `journal.org` pour créer une entrée à la bonne date. On peut commencer à écrire dans le journal.
+
+![org_mode](documents/tuto_emacs_windows/images/org_mode.png)
+
+`C-c C-c` pour enregistrer les modifications.
+
+- La combinaison `Alt`+ `flèche gauche` ou `flèche droite` permet de décaler les puces à gauche ou à droite.
+
+- Penser à enregistrer avant de quitter !

documents/tuto_git_gtlab/tuto_git_gitlab.md

+# Configurer Gitlab
+
+- Accéder à [Gitlab](https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session01bis/xblock/block-v1:inria+41016+session01bis+type@lti+block@05a0ce425f1741e5bee5049040f70529/handler/preview_handler)
+
+![sign_in](documents/tuto_git_gtlab/images/sign_in.png)
+
+- NB : Il faut accéder à Gitlab depuis la plateforme FUN. On obtient une erreur 405 en accédant directement à la page https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/users/sign_in.
+ 
+![erreur 405](documents/tuto_git_gtlab/images/erreur405.png)
+
+- Cliquer sur le premier **Sign in**. L'authentification est automatique à cette étape.
+
+![projects](documents/tuto_git_gtlab/images/projects.png)
+
+La grande chaîne de caractères remplacée ici par xxx est le login qu'il faudra utiliser dans Git pour accéder à Gitlab.
+
+- Pour récupérer le mot de passe prédéfini, il faut utiliser le [Gitlab credentials retrieval
+   tool](https://app-learninglab.inria.fr/jupyterhub/services/password). On retrouve alors le login et le mot de passe.
+
+![settings](documents/tuto_git_gtlab/images/password_retrieval.png)
+
+- Il est possible de modifier le mot de passe dans `Account / Paramètres / Mot de passe`. NB : Cela empêchera d'utiliser les notebook Jupyter du MOOC.
+
+![settings](documents/tuto_git_gtlab/images/password.png)
+
+---
+
+# Configurer Git
+
+## Opérations de configuration à faire sur Git (parcours RStudio et OrgMode)
+
+- Enregistrer l'email et le nom de l'utilisateur
+
+```
+git config --global --user.email you@example.com
+git config --global --user.name Your Name
+```
+
+NB : Ne pas mettre de guillemets.
+
+Ces deux paramètres sont obligatoire pour pouvoir commiter sinon on obtient le message suivant
+
+![commit3](documents/tuto_git_gtlab/images/commit3.png)
+
+- Si vous êtes derrière un proxy, il faut le définir dans Git
+
+```
+git config --global http.proxy http://proxy.server.com:port
+```
+
+On peut aussi définir le proxyUsername pour n'avoir que le mot de passe à saisir
+
+```
+git config --global http.proxy http://proxyUsername@proxy.server.com:port
+```
+
+- Option pour que le login et mot de passe soient enregistrés pendant 1 heure
+
+```
+git config --global credential.helper "cache --timeout=3600"
+```
+
+## Commandes pour afficher et effacer des options de configuration (parcours RStudio et OrgMode)
+
+- Afficher les paramètres
+
+```
+git config --list
+```
+
+- Effacer les mots de passe enregistrés
+
+```
+git config --system --unset credential.helper
+```
+
+- Effacer le proxy
+
+```
+git config --global --unset http.proxy
+```
+
+- Effacer le message "git: 'credential-cache' is not a git command."
+
+```
+git config --global --unset credential.helper
+```
+
+## Opérations de transfert entre Git et Gitlab (parcours OrgMode)
+
+- Récupérer l'adresse du dépôt
+
+![adresse_depot](documents/tuto_git_gtlab/images/adresse_depot.png)
+
+- Cloner le dépôt
+
+```
+git clone https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/xxx/mooc-rr.git
+```
+
+On peut aussi définir l'identifiant pour n'avoir que le mot de passe à saisir
+
+```
+git clone https://xxx@app-learninglab.inria.fr/gitlab/xxx/mooc-rr.git
+```
+
+Un répertoire `mooc-rr` est créé sur votre ordinateur.
+
+- Se placer dans le répertoire mooc-rr
+
+```
+cd mooc-rr
+```
+
+- Lister les fichiers du répertoire
+
+```
+ls (Unix)
+dir (Windows)
+```
+
+- Synchroniser Git vers Gitlab
+
+Il faut suivre les fichiers (commande `git add`) et les commiter (commande `git commit`) en local pour pouvoir les transférer sur serveur. La commande `git status` indique le statut des fichiers.
+
+Soit un fichier `fichier.txt` à la racine du répertoire mooc-rr.
+
+```
+git status
+```
+
+![status1](documents/tuto_git_gtlab/images/status1.png)
+
+```
+git add fichier.txt
+git status
+```
+
+![status2](documents/tuto_git_gtlab/images/status2.png)
+
+```
+git commit -m "message commit"
+```
+
+![commit_git](documents/tuto_git_gtlab/images/commit_git.png)
+
+```
+git status
+```
+
+![status3](documents/tuto_git_gtlab/images/status3.png)
+
+On peut alors faire le `git push`pour transférer le fichier sur Gitlab.
+
+```
+git push
+```
+
+Demande le mot de passe
+
+- NB : Il n'est pas possible de synchroniser vers Gitlab si des modifications ont été faites sur Gitlab et n'ont pas été répercupées en local
+
+![rejected](documents/tuto_git_gtlab/images/rejected.png)
+
+- Synchroniser Gitlab vers Git
+
+```
+git pull
+```
+
+# Liens utiles
+
+- [Installer Git et Gitlab](https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session01bis/courseware/66bc811404b8481da5f794de54681c5e/f6580ad8e997400faeffe9af4fd37063/)
+
+- [Définir un proxy dans Git](https://gist.github.com/evantoli/f8c23a37eb3558ab8765)
+
+- [Mémoriser son mot de passe](http://blog.lecacheur.com/2015/11/05/git-le-b-a-ba-memoriser-son-mot-de-passe/)
+
+- [Livre Pro Git](https://git-scm.com/book/fr/v2/)
\ No newline at end of file

documents/tuto_jupyter_windows/tuto_jupyter_windows.md

+1. [Installer Python](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_jupyter_windows/tuto_jupyter_windows.md#1-installer-python)
+2. [Installer le package Jupyter](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_jupyter_windows/tuto_jupyter_windows.md#2-installer-le-package-jupyter)
+3. [Installer les modules complémentaires](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_jupyter_windows/tuto_jupyter_windows.md#3-installer-les-modules-compl%C3%A9mentaires)
+4. [Lancer Jupyper](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_jupyter_windows/tuto_jupyter_windows.md#4-lancer-jupyper)
+5. [Autres langages](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_jupyter_windows/tuto_jupyter_windows.md#5-autres-langages)
+  1. [Le package R IRKernel](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_jupyter_windows/tuto_jupyter_windows.md#51-le-package-r-irkernel-permet-dex%C3%A9cuter-du-code-r-dans-un-notebook-r)
+  2. [Le package Python rpy2](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_jupyter_windows/tuto_jupyter_windows.md#52-le-package-python-rpy2-permet-dex%C3%A9cuter-du-code-r-dans-un-notebook-python)
+  3. [Le package Python SASPy](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_jupyter_windows/tuto_jupyter_windows.md#53-le-package-python-saspy-permet-dex%C3%A9cuter-du-code-sas-dans-un-notebook-python)
+  4. [Le package Python SASKernel](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/tuto_jupyter_windows/tuto_jupyter_windows.md#54-le-package-python-saskernel-permet-dex%C3%A9cuter-du-code-sas-dans-un-notebook-sas)
+
+# 1 Installer Python
+
+- Installer Python
+- Ajouter les chemins de Python et Python\Scripts dans dans la variable PATH de Windows
+
+La façon de procéder est très bien expliquée [ici](http://sametmax.com/ajouter-un-chemin-a-la-variable-denvironnement-path-sous-windows/).
+
+---
+
+# 2 Installer le package Jupyter
+
+- Méthode pour installer un package
+ - Ouvrir une invite de commande dos
+ - Exécuter la commande suivante
+
+```
+pip install jupyter
+```
+
+NB : Le raccourci `^v` ne fonctionne pas dans l'invite de commande dos. La fonction "coller" est disponible avec le bouton droit de la souris.
+
+---
+
+# 3 Installer les modules complémentaires
+
+- Ouvrir une invite de commande dos
+- Exécuter les commandes suivantes
+
+## **jupyter_contrib_nbextensions** pour replier le code à l'affichage
+
+```
+pip install jupyter_contrib_nbextensions
+```
+
+## **hide_code** pour choisir ce qui est exporté
+
+```
+pip install hide_code
+jupyter-nbextension install --py hide_code
+jupyter-nbextension  enable --py hide_code
+jupyter-serverextension enable --py hide_code
+```
+
+Choisir `Hide_code` dans le menu
+
+![menu_hide_code](documents/tuto_jupyter_windows/images/menu_hide_code.png)
+
+On obtient ceci
+
+![hide_code](documents/tuto_jupyter_windows/images/hide_code.png)
+
+Utiliser les icônes ci-dessous pour l'export
+
+![export_hide_code](documents/tuto_jupyter_windows/images/export_hide_code.png)
+
+NB : L'export semble mal fonctionner sous Windows (cf. [discussion](https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session01bis/discussion/forum/0c40378f778710ac14c97e2f0d8e7bb6c9d8d0c2/threads/5bd1685da0241eb2d5005bc7)).
+
+# 4 Lancer Jupyper
+
+- Ouvrir une invite de commande dos
+- Exécuter la commande suivante
+
+```
+jupyter notebook
+```
+
+---
+
+# 5 Autres langages
+
+Jupyper permet par défaut d'exécuter du code Python. Des packages permettent d'exécuter d'autres langages.
+
+## 5.1 Le package R [IRKernel](https://github.com/IRkernel/IRkernel) permet d'exécuter du code R dans un notebook R
+
+- Lancer R ou RStudio
+
+- Installer le package devtools
+
+```
+install.packages('devtools',dep=TRUE)
+```
+
+- Définir le proxy le cas échéant
+
+```
+library(httr)
+set_config(use_proxy(url="proxy", port=80, username="username", password="password")) 
+```
+
+- Installer IRkernel
+
+```
+devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
+IRkernel::installspec()  # to register the kernel in the current R installation
+```
+
+- On peut alors créer un notebook R
+
+![new_notebook](documents/tuto_jupyter_windows/images/new_notebook.png)
+
+![notebook_R](documents/tuto_jupyter_windows/images/notebook_R.png)
+
+On remarque l'icône du logiciel R en haut à droite.
+
+- [Exemple de notebook R](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/notebooks_jupyter/notebook_R/notebook_R.ipynb)
+
+- Lien utile : http://r.789695.n4.nabble.com/Problem-with-IRkernel-Installation-Solved-Instructions-on-how-to-Solve-it-td4727912.html
+
+---
+
+## 5.2 Le package Python **rpy2** permet d'exécuter du code R dans un notebook Python
+
+- Le package `rpy2` s'installe difficilement par méthode standard.
+
+- Télécharger le fichier binaire qui correspond au système d'exploitation [ici](https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2)
+
+- Ouvrir une invite de commande dos
+
+- Se placer dans le dossier de téléchargement
+
+- Exécuter la commande suivante
+
+```
+python -m pip install rpy2‑2.9.4‑cp37‑cp37m‑win_amd64.whl # adapter le nom du fichier
+```
+
+- Lancer Jupiter et créer un notebook Python
+
+- Exécuter la commande suivante
+
+```
+%load_ext rpy2.ipython
+```
+
+- Installer le package `tzlocal` à l'aide de la commande `pip`
+
+- [Exemple de notebook Python/R](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/notebooks_jupyter/notebook_Python_R/notebook_Python_R.ipynb)
+
+- Lien utile : https://stackoverflow.com/questions/14882477/rpy2-install-on-windows-7
+
+NB : Je n'ai pas eu besoin de définir les variables d'environnement R_HOME et R_USER.
+
+---
+
+## 5.3 Le package Python [SASPy](https://sassoftware.github.io/saspy/) permet d'exécuter du code SAS dans un notebook Python
+
+- Installer le package `saspy` à l'aide de la commande `pip`
+
+- Modifier le fichier C:\Program Files\Python\Python37\Lib\site-packages\saspy\sascfg_sav.py pour l'adapter à votre système
+
+Dans les deux images ci-dessous, la fenêtre de gauche correspond au fichier initial et celle de droite au fichier modifié.
+
+![sascfg1](documents/tuto_jupyter_windows/images/sascfg1.png)
+
+![sascfg2](documents/tuto_jupyter_windows/images/sascfg2.png)
+
+- [Exemple de notebook Python/SAS] (https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/notebooks_jupyter/notebook_Python_SAS/notebook_Python_SAS.ipynb)
+
+- NB : L'export Jupyter vers pdf ne fonctionne pas pour les sorties HTML et donc SAS. Il est possible de faire l'export depuis pandoc.
+
+ - Exporter le document au format HTML
+ - Exécuter la commande suivante
+
+```
+pandoc --variable=geometry:a4paper --variable=geometry:margin=1in notebook_sas.html -o  notebook_sas.pdf
+```
+
+mais ça ne marche pas pour tous les tableaux et on perd la coloration syntaxique.
+
+---
+
+## 5.4 Le package Python [SASKernel](https://sassoftware.github.io/sas_kernel/) permet d'exécuter du code SAS dans un notebook SAS
+
+- Le package `sas_kernel` est basé sur le package `saspy`. Installer `saspy` en suivant les instructions de la section 4.3 si ce n'est déjà fait.
+
+- Installer le package `sas_kernel` à l'aide de la commande `pip`
+
+- On peut alors créer un notebook SAS
+
+![new_notebook](documents/tuto_jupyter_windows/images/new_notebook.png)
+
+![notebook_SAS](documents/tuto_jupyter_windows/images/notebook_SAS.png)
+
+On remarque l'icône du logiciel SAS en haut à droite.
+
+- [Exemple de notebook SAS](https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/85bc36e0a8096c618fbd5993d1cca191/mooc-rr/blob/master/documents/notebooks_jupyter/notebook_SAS/notebook_SAS.ipynb)
+
+- NB : L'export Jupyter vers pdf ne fonctionne pas pour les sorties HTML et donc SAS. Il est possible de faire l'export depuis pandoc.
+
+ - Exporter le document au format HTML
+ - Exécuter la commande suivante
+
+```
+pandoc --variable=geometry:a4paper --variable=geometry:margin=1in notebook_sas.html -o  notebook_sas.pdf
+```
+
+mais ça ne marche pas pour tous les tableaux et on perd la coloration syntaxique.
+
+- Lien utile : https://sassoftware.github.io/sas_kernel/install.html

documents/tuto_magit/tuto_magit.md

+# 1 Installer Magit
+
+Plusieurs méthodes sont proposées [ici] (https://magit.vc/manual/magit/Installing-from-an-Elpa-Archive.html).
+
+Celle-ci a été testée sur Windows :
+
+- Ajouter le code suivant dans le fichier `.emacs.d/init.el`
+
+```
+(require 'package)
+(add-to-list 'package-archives
+             '("melpa" . "http://melpa.org/packages/") t)
+```
+
+- Lancer Emacs et exécuter les commandes suivantes
+
+```
+M-x package-refresh-contents RET
+M-x package-install RET magit RET
+```
+
+NB :  `M-` correspond à la touche `<Alt>`, `RET` à la touche `<Entrée>`
+
+# 2 Lancer Magit
+
+- Ouvrir un fichier et exécuter le racourci `C-x g`
+
+- Magit demande le chemin du répertoire Git
+
+- Indiquer le chemin du répertoire mooc-rr
+
+![git1](documents/tuto_magit/images/git1.png)
\ No newline at end of file

documents/tuto_rstudio_gitlab/tuto_rstudio_gitlab.md

+# Dans Git
+
+- Enregistrer l'email et le nom de l'utilisateur
+
+```
+git config --global --user.email you@example.com
+git config --global --user.name Your Name
+```
+
+NB : Ne pas mettre de guillemets.
+
+Ces deux paramètres sont obligatoire pour pouvoir commiter sinon on obtient le message suivant
+
+![commit3](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/commit3.png)
+
+- Si vous êtes derrière un proxy, il faut le définir dans Git
+
+```
+git config --global http.proxy http://proxy.server.com:port
+```
+
+On peut aussi définir le proxyUsername pour n'avoir que le mot de passe à saisir
+
+```
+git config --global http.proxy http://proxyUsername@proxy.server.com:port
+```
+
+- Option pour que le login et mot de passe soient enregistrés pendant 1 heure
+
+```
+git config --global credential.helper "cache --timeout=3600"
+```
+
+# Dans RStudio
+
+- File / New Project / Version Control
+
+![new_project](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/new_project.png)
+
+![git](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/git.png)
+
+- Récupérer l'adresse du dépôt
+
+![adresse_depot](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/adresse_depot.png)
+
+- Indiquer l'adresse du dépôt dans le champ "Repository URL"
+- Il est possible de faire précéder l'adresse du dépôt par `xxx@`, xxx étant l'identifiant Gitlab, pour ne pas avoir à le renseigner par la suite
+
+![clone](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/clone.png)
+
+- Si vous êtes derrière un proxy, il faut le définir dans Git
+- Git demande le mot de passe du proxy
+
+![password_proxy](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/password_proxy.png)
+
+- Git se connecte à Gitlab et récupère l'ensemble des données
+
+- RStudio redémarre pour se placer dans un mode lié à Git
+
+![rstudio](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/rstudio.png)
+
+- Module2 / exo1 / toy_document.Rmd
+
+- Modifier le fichier
+
+- Sauvegarder
+
+- Aller dans Git pour effectuer le commit
+
+![commit](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/commit.png)
+
+![commit2](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/commit2.png)
+
+- Sélectionner les lignes à commiter puis cliquer sur "commit"
+
+![commit5](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/commit5.png)
+
+Les modifications sont pour l'instant uniquement sur la machine. Elles n'ont pas été propagées sur Gitlab.
+
+- Cliquer sur "push" pour les propager sur Gitlab
+
+![push](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/push.png)
+
+![push2](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/push2.png)
+
+![push3](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/push3.png)
+
+- NB : Il n'est pas possible de synchroniser vers Gitlab si des modifications ont été faites sur Gitlab et n'ont pas été répercupées en local
+
+![push4](documents/tuto_rstudio_gitlab/images/push4.png)
+
+- Cliquer sur "pull" pour synchroniser Gitlab vers Git
\ No newline at end of file