Commit cf586cd9 authored by Jade Bolaty's avatar Jade Bolaty

premier essai de l'exo 1 orgmode R

parent 6223adb4
#+TITLE: Votre titre #+TITLE: À propos du calcul de \pi
#+AUTHOR: Votre nom #+AUTHOR: Arnaud Legrand
#+DATE: La date du jour #+DATE: <2024-11-02 sam.>
#+LANGUAGE: fr #+LANGUAGE: fr
# #+PROPERTY: header-args :eval never-export # #+PROPERTY: header-args :eval never-export
...@@ -10,75 +10,63 @@ ...@@ -10,75 +10,63 @@
#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script> #+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script> #+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script> #+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
#+OPTIONS: num:nil
* Quelques explications * Table des matières
+ [[uno][1 En demandant à la lib maths]]
+ [[dos][2 En utilisant la méthode des aiguilles de Buffon]]
+ [[tres][3 Avec un argument "fréquentiel" de surface]]
Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code * <<uno>>1 En demandant à la lib maths
R. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera Mon ordinateur m'indique que \pi vaut /approximativement/
compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
document.
Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclut du code #+begin_src R :results output :session *R* :exports both
R de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~): pi
#+begin_src R :results output :exports both
print("Hello world!")
#+end_src #+end_src
#+RESULTS: #+RESULTS:
: [1] "Hello world!" : [1] 3.141593
* <<dos>>2 En utilisant la méthode des aiguilles de Buffon
Voici la même chose, mais avec une session R (c'est le cas le Mais calculé avec la *méthode* des [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Aiguille_de_Buffon][aiguilles de Buffon]], on obtiendrait
plus courant, R étant vraiment un langage interactif), donc une comme *approximation* :
persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
~C-c C-c~).
#+begin_src R :results output :session *R* :exports both #+begin_src R :results output :session *R* :exports both
summary(cars) set.seed(42)
N = 100000
x = runif(N)
theta = pi/2*runif(N)
2/(mean(x+sin(theta)>1))
#+end_src #+end_src
#+RESULTS: #+RESULTS:
: speed dist : [1] 3.14327
: Min. : 4.0 Min. : 2.00
: 1st Qu.:12.0 1st Qu.: 26.00 * <<tres>>3 Avec un argument "fréquentiel" de surface
: Median :15.0 Median : 36.00
: Mean :15.4 Mean : 42.98 Sinon, une méthode plus simple à comprendre et ne faisant pas
: 3rd Qu.:19.0 3rd Qu.: 56.00 intervenir d'appel à lz fonction sinus se base sur le fait que si */X ~
: Max. :25.0 Max. :120.00 U(0,1)/* et */Y ~ U(0,1)/* alors */P[X² + Y² <= 1]/* = \pi/4 (voir [[https://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_de_Monte-Carlo#D%C3%A9termination_de_la_valeur_de_%CF%80][méthode de
Monte Carlo sur Wikipedia]]). Le code suivant illustre ce fait :
Et enfin, voici un exemple de sortie graphique: #+begin_src R :results file graphics :file (org-babel-temp-file "figure" ".png") :exports both :width 600 :height 400 :session *R*
#+begin_src R :results output graphics :file "./cars.png" :exports results :width 600 :height 400 :session *R* set.seed(42)
plot(cars) N = 1000
df = data.frame(X = runif(N), Y = runif(N))
df$Accept = (df$X**2 + df$Y**2 <=1)
library(ggplot2)
ggplot(df, aes(x=X,y=Y,color=Accept)) + geom_point(alpha=.2) + coord_fixed() + theme_bw()
#+end_src #+end_src
#+RESULTS: #+RESULTS:
[[file:./cars.png]] [[file:c:/Users/Jade/AppData/Local/Temp/babel-B2M9M4/figuredgJtpV.png]]
Il est alors aisé d'obtenir une approximation (pas terrible) de \pi en
Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code comptant combien de fois, en moyenne, */X² + Y²/* est inférieur à 1 :
ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
parfaitement transparentes pour être reproductibles.
Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document #+begin_src R :results output :session *R* :exports both
org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cars.png~. N'oubliez pas 4*mean(df$Accept)
de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et #+end_src
compréhensible sur GitLab.
Enfin, pour les prochains exercices, nous ne vous fournirons pas
forcément de fichier de départ, ça sera à vous de le créer, par
exemple en repartant de ce document et de le commiter vers
gitlab. N'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
claviers permettant de créer rapidement les blocs de code R (en
faisant ~<r~ ou ~<R~ suivi de ~Tab~).
Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces #+RESULTS:
informations et les remplacer par votre document computationnel. : [1] 3.156
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