exercice syndrome grippal

module3/exo3/syndrome grippal.Rmd

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+title: "analyse de l'incidence du syndrome grippal"
+output: html_document
+---
+
+```{r setup, include=FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+
+
+options(OutDec=",")
+options(width=150)
+```
+
+
+# Préparation de données
+Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/). Nous les récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet, qui commence en 1984 et se termine avec une semaine récente. L'URL est:
+```{r}
+#url = "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv"
+```
+La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skip=1`.
+# Télechargement
+```{r}
+data = read.csv(trimws("http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv"), skip=1)
+head(data)
+tail(data)
+```
+# Vérification
+# Y-a-t-il des données manquantes dans la base de données ?
+
+```{r}
+na_records = apply(data, 1, function(x) any(is.na(x)))
+data[na_records,]
+
+```
+# Comment R interprète nos données ?
+
+```{r}
+class(data$week)
+class(data$inc)
+```
+# Conversions
+```{r}
+library(parsedate)
+convert_week = function(date) {
+	ws = paste(date)
+	iso = paste0(substring(ws,1,4), "-W", substring(ws,5,6))
+	as.character(parse_iso_8601(iso))
+}
+```
+```{r}
+
+data$date = as.Date(sapply(data$week, convert_week))
+```
+```{r}
+class(data$date)
+```
+
+# Nous trions des données dans le sens chronologique
+```{r}
+data = data[order(data$date),]
+```
+
+### Inspection
+A quoi ressemblent nos données ?
+```{r}
+plot(data$date, data$inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire")
+
+```
+Zoom sur les dernières années
+```{r}
+with(tail(data, 200), plot(date, inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire"))
+```
+
+
+
+
+# L'incidence annuelle
+Calcul
+```{r}
+annee = 1986
+pic_annuel = function(annee) {
+      debut = paste0(annee-1,"-08-01")
+      fin = paste0(annee,"-08-01")
+      semaines = data$date > debut & data$date <= fin
+      sum(data$inc[semaines], na.rm=TRUE)
+}
+```
+Nous incluons l'année 1985 mais pas l'année 2020 qui n'est pas compète
+```{r}
+annees = 1985:2019
+```
+Nous calculons le pic annuel pour chaque année
+```{r}
+inc_annuelle = data.frame(annee = annees,
+                          incidence = sapply(annees, pic_annuel))
+head(inc_annuelle)
+
+```
+# Insoection
+graphique
+```{r}
+plot(inc_annuelle, type="p", xlab="Année", ylab="Incidence annuelle")
+```
+