Ajouter section 2.1 --> 2.3.1 : prise en main de jupyter

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@@ -159,3 +159,64 @@ Pour visualiser les métadonnées d’un fichier : `exiftool image.jpeg`
 Pour visualiser page par page : `exiftool image.jpeg | less`    
 Ajouter un mot clé (par exemple l’url de provenance de l’image) : `exiftool -comment=’’ :etiquette :’’ image.jpeg`    
 Ajout d’une note : exiftool -comment=’’ :etiquette :’’ image.jpeg`
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+## 2 - Module 2 : document computationel
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+### 2.1 Les besoins de tracabilité
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+Obj : améliorer la tracabilité d'un calcul    
+3 environnements : Jupyter, R studio, OrgMode    
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+Difficulté de reproduction des résultats :
+- Données non disponibles
+- Description du traitement de données ==> choix qui sont faits
+- Erreurs générés dans les logiciels (utilisation de la souris, copier-coller, utilisation de tableur ...)
+- utilisation d'une pile de logiciels dont des propriétaires
+- manque de rigueur et organisation
+- article = version simplifiée de la procédure. Les informations peuvent être tracées avec les bons outils.
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+Tout rendre public ?
+- mise en évidences des faiblesses ==> vrai pour toutes les recherches
+- trouver des erreurs ==> possible et alors ?
+- d'autres pourraient en tirer des avantages ==> montrer ses travaux est une façon de prouver son travail
+- données sensibles ==> des solutions existent
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+Bonnes pratiques :
+- logiciels et langages libres
+- utiliser du format texte
+- répliquer ses données sur des plateformes ouvertes et sûres
+- attention aux outils intuitifs.
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+Nouveau paradigme : ouverture des données
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+### 2.2 Principe du doc computationel
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+Obj : permettre la tranparence entre auteur et lecteur    
+- Inspecter: justifier/comprendre
+- refaire : vérifier/corriger/réutiliser
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+Principe : 1 seul document    
+Exple : Notebook = texte (format md) + fragments de code python + résultats obtenus.    
+Export dans un doc final ou certaines parties vont être mis au format texte.    
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+### 2.3 - Prise en main des outils
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+#### 2.3.1 Jupyter
+Création d'un nouveau notebook (en double-cliquant sur `Untitled1`)    
+Par défaut les nouvelles cellules sont du code, mais on peut passer en markdown    
+Insertion nouvelle cellule : `insert cell`    
+Ajouter du code, l'exécuter    
+Sauvegarder le document    
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+Ajouter `%matplotlib inline` pour ajouter un graphique en ligne    
+Voir les commandes avec `lsmagic`    
+Pour ajouter du code R `%%R`    
+Pour ajouter du latex : `%%latex`
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+Tous les résultats son stockés dans mon document. Pour partager avec d'autre, il suffit de commiter dans github    
+Sinon export html    
+Pour un article : contrôler la visibilté des cellules :view/celle toolbar/hide code` puis cocher les cases correspondantes