Commit 8853633c authored by Herve Pabiou's avatar Herve Pabiou

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#+TITLE: Titre du document #+TITLE: À propos du calcul de \pi
#+AUTHOR: Hervé Pabiou #+AUTHOR: Hervé Pabiou
#ssh://git@app-learninglab.inria.fr:9418/b1e6a591a9c4a5d8c5d000eab4bce134/mooc-rr.git+DATE: La date du jour #ssh://git@app-learninglab.inria.fr:9418/b1e6a591a9c4a5d8c5d000eab4bce134/mooc-rr.git+DATE: La date du jour
#+LANGUAGE: fr #+LANGUAGE: fr
# #+PROPERTY: header-args :eval never-export # #+PROPERTY: header-args :eval never-export
#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
* Quelques explications * En demandant à la lib maths
Mon ordianteur m'indique que pi vaut /approximativement/
Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
R. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
document.
Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclut du code #+begin_src python :results output :exports results
R de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~): print("pi")
#+end_src
#+RESULTS:
: pi
#+begin_src R :results output :exports both #+begin_src python :results output :exports results
print("Hello world!") import numpy as np
print("{:6f}".format(np.pi))
#+end_src #+end_src
#+RESULTS: #+RESULTS:
: [1] "Hello world!" : 3.141593
Voici la même chose, mais avec une session R (c'est le cas le * En utilisant la méthode des aiguilles de Buffon
plus courant, R étant vraiment un langage interactif), donc une
persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
~C-c C-c~).
#+begin_src R :results output :session *R* :exports both Mais calculé avec la *méthode* des
summary(cars) [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Aiguille_de_Buffon][aiguilles de Buffon]], on
obtiendrait comme *approximation* :
#+begin_src python :results output :exports both
from numpy.random import uniform
from numpy import pi, mean, sin, array
N = 100000
x = array([uniform(0,1) for i in range(N)])
theta = (pi/2)*x
print(2/(mean(x+sin(theta)>1)))
#+end_src #+end_src
#+RESULTS: #+RESULTS:
: speed dist : 3.3638320775026913
: Min. : 4.0 Min. : 2.00
: 1st Qu.:12.0 1st Qu.: 26.00 * Avec un argument "fréquentiel" de surface
: Median :15.0 Median : 36.00 Sinon, une méthode plus simple à comprendre et ne faisant pas
: Mean :15.4 Mean : 42.98 intervenir d'appel à la fonction sinus se base sur le fait que si
: 3rd Qu.:19.0 3rd Qu.: 56.00 /X \sim U(0,1)/ et /Y \sim U(0,1)/ alors /P[X² + Y²\le1]=\pi/4/ (voir [[https://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_de_Monte-Carlo#D%C3%A9termination_de_la_valeur_de_%CF%80][méthode de Monte Carlo sur Wikipedia]]).
: Max. :25.0 Max. :120.00 Le code suivant illustre ce fait :
Et enfin, voici un exemple de sortie graphique: #+begin_src python :results output :session :exports both
#+begin_src R :results output graphics :file "./cars.png" :exports results :width 600 :height 400 :session *R* import matplotlib.pyplot as plt
plot(cars) from numpy.random import uniform
from numpy import mean
N = 1000
x = [uniform(0,1) for i in range(1000)]
y = [uniform(0,1) for i in range(1000)]
Xb = []
Yb = []
Xr = []
Yr = []
for i, xx in enumerate(x):
if (xx**2+y[i]**2) <=1:
Xb.append(xx)
Yb.append(y[i])
else:
Xr.append(xx)
Yr.append(y[i])
#+end_src #+end_src
#+RESULTS: #+RESULTS:
[[file:./cars.png]]
#+begin_src python :results file :session :var matplot_lib_filename=(org-babel-temp-file "figure" ".png") :exports results
Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code plt.figure(figsize=(10,5))
ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous plt.scatter(Xb, Yb, s=4, c='b')
recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre plt.scatter(Xr, Yr, s=4, c='r')
(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient plt.tight_layout()
parfaitement transparentes pour être reproductibles.
plt.savefig(matplot_lib_filename)
Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document matplot_lib_filename
org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cars.png~. N'oubliez pas #+end_src
de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
compréhensible sur GitLab. #+RESULTS:
[[file:/tmp/babel-8KkAW1/figureYbtATH.png]]
Enfin, pour les prochains exercices, nous ne vous fournirons pas
forcément de fichier de départ, ça sera à vous de le créer, par
exemple en repartant de ce document et de le commiter vers Il est alors aisé d'obtenir une approximation (pas terrible) de π
gitlab. N'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de en comptant combien de fois, en moyenne, X²+Y² est inférieur à 1 :
ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis #+begin_src python :results output :session :exports both
claviers permettant de créer rapidement les blocs de code R (en 4*len(Xb)/len(x)
faisant ~<r~ ou ~<R~ suivi de ~Tab~). print(4*len(Xb)/len(x))
#+end_src
Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
informations et les remplacer par votre document computationnel. #+RESULTS:
: 3.16
#+TITLE: Votre titre #+TITLE: À propos du calcul de \pi
#+AUTHOR: Votre nom #+AUTHOR: Hervé Pabiou
#+DATE: La date du jour #+ssh://git@app-learninglab.inria.fr:9418/b1e6a591a9c4a5d8c5d000eab4bce134/mooc-rr.git+DATE: La date du jour
#+LANGUAGE: fr #+LANGUAGE: fr
# #+PROPERTY: header-args :eval never-export # #+PROPERTY: header-args :eval never-export
#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
* Quelques explications * En demandant à la lib maths
Mon ordianteur m'indique que pi vaut /approximativement/
Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
python. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
document.
Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code
python de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):
#+begin_src python :results output :exports both #+begin_src python :results output :exports both
print("Hello world!") from math import *
pi
#+end_src #+end_src
#+RESULTS: #+RESULTS:
: Hello world!
Voici la même chose, mais avec une session python, donc une
persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
~C-c C-c~).
#+begin_src python :results output :session :exports both #+begin_src python :results output :session :exports both
import numpy from numpy import pi
x=numpy.linspace(-15,15) print(pi)
print(x) #+end_src
#+RESULTS:
: 3.141592653589793
* En utilisant la méthode des aiguilles de Buffon
Mais calculé avec la *méthode* des
[[https://fr.wikipedia.org/wiki/Aiguille_de_Buffon][aiguilles de Buffon]], on
obtiendrait comme *approximation* :
#+begin_src python :results output :exports both
import numpy as np
np.random.seed(seed=42)
N = 10000
x = np.random.uniform(size=N, low=0, high=1)
theta = np.random.uniform(size=N, low=0, high=pi/2)
2/(sum((x+np.sin(theta))>1)/N)
#+end_src
#+RESULTS:
#+begin_src python :results output :exports both
print(2/(sum((x+np.sin(theta))>1)/N))
#+end_src #+end_src
#+RESULTS: #+RESULTS:
#+begin_example
[-15. -14.3877551 -13.7755102 -13.16326531 -12.55102041 * Avec un argument "fréquentiel" de surface
-11.93877551 -11.32653061 -10.71428571 -10.10204082 -9.48979592 Sinon, une méthode plus simple à comprendre et ne faisant pas
-8.87755102 -8.26530612 -7.65306122 -7.04081633 -6.42857143 intervenir d'appel à la fonction sinus se base sur le fait que si
-5.81632653 -5.20408163 -4.59183673 -3.97959184 -3.36734694 /X \sim U(0,1)/ et /Y \sim U(0,1)/ alors /P[X² + Y²\le1]=\pi/4/ (voir [[https://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_de_Monte-Carlo#D%C3%A9termination_de_la_valeur_de_%CF%80][méthode de Monte Carlo sur Wikipedia]]).
-2.75510204 -2.14285714 -1.53061224 -0.91836735 -0.30612245 Le code suivant illustre ce fait :
0.30612245 0.91836735 1.53061224 2.14285714 2.75510204
3.36734694 3.97959184 4.59183673 5.20408163 5.81632653 #+begin_src python :results file :session :var matplot_lib_filename=(org-babel-temp-file "figure" ".png") :exports both
6.42857143 7.04081633 7.65306122 8.26530612 8.87755102
9.48979592 10.10204082 10.71428571 11.32653061 11.93877551
12.55102041 13.16326531 13.7755102 14.3877551 15. ]
#+end_example
Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./cosxsx.png" :exports results
import matplotlib.pyplot as plt import matplotlib.pyplot as plt
plt.figure(figsize=(10,5)) np.random.seed(seed=42)
plt.plot(x,numpy.cos(x)/x) N = 1000
plt.tight_layout() x = np.random.uniform(size=N, low=0, high=1)
y = np.random.uniform(size=N, low=0, high=1)
accept = (x*x+y*y) <= 1
reject = np.logical_not(accept)
fig, ax = plt.subplots(1)
ax.scatter(x[accept], y[accept], c='b', alpha=0.2, edgecolor=None)
ax.scatter(x[reject], y[reject], c='r', alpha=0.2, edgecolor=None)
ax.set_aspect('equal')
plt.savefig(matplot_lib_filename) plt.savefig(matplot_lib_filename)
print(matplot_lib_filename) matplot_lib_filename
#+end_src
#+RESULTS:
[[file:/tmp/babel-8KkAW1/figureavCZKO.png]]
Il est alors aisé d'obtenir une approximation (pas terrible) de π
en comptant combien de fois, en moyenne, X²+Y² est inférieur à 1 :
#+begin_src python :results output :session :exports both
4*np.mean(accept)
print(4*np.mean(accept))
#+end_src #+end_src
#+RESULTS: #+RESULTS:
[[file:./cosxsx.png]] : 3.112
Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code
ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
parfaitement transparentes pour être reproductibles.
Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document
org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cosxsx.png~. N'oubliez pas
de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
compréhensible sur GitLab.
Enfin, n'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
claviers permettant de créer rapidement les blocs de code python (en
faisant ~<p~, ~<P~ ou ~<PP~ suivi de ~Tab~).
Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
informations et les remplacer par votre document computationnel.
...@@ -2,6 +2,7 @@ ...@@ -2,6 +2,7 @@
#+author: Hervé PABIOU #+author: Hervé PABIOU
#+date: 2022-12-07 #+date: 2022-12-07
* Mon fichier Org-Mode * Mon fichier Org-Mode
** Mise en forme de base ** Mise en forme de base
...@@ -17,9 +18,3 @@ ...@@ -17,9 +18,3 @@
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No preview for this file type
% Created 2022-12-07 mer. 17:11
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\author{Hervé PABIOU}
\date{2022-12-07}
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\maketitle
\tableofcontents
\section{Mon fichier Org-Mode}
\label{sec:orgf997746}
\subsection{Mise en forme de base}
\label{sec:org0c2ba0a}
\begin{itemize}
\item \texttt{* title}
\item \texttt{** subtitle}
\item \texttt{/italique/}
\item \texttt{*gras*}
\item \texttt{\_underline\_}
\item \texttt{=code=}
\item \texttt{\textasciitilde{}verbatim\textasciitilde{}}
\item \texttt{+strike-through+}
\item \texttt{- list}
\item \texttt{1 enumerate}
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