Update journal_de_bord.md

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**Etiquettes et logiciels d'indexation** **Etiquettes et logiciels d'indexation**
- existence de moteurs de recherche de bureau (par ex. *DocFetcher*) : peut localiser l'occurrence d'un mot dans une collection de fichiers - existence de moteurs de recherche de bureau (par ex. *DocFetcher*) : peut localiser l'occurrence d'un mot dans une collection de fichiers
- en cas d'abondance d'occurrences, l'ajout d'étiquettes / mots clés peut être utile, y compris pour des fichiers non textes - en cas d'abondance d'occurrences, l'ajout d'étiquettes / mots clés peut être utile, y compris pour des fichiers non textes
## Module 2
**Document computationnel*
Description :
- Contenu : commentaires, code, données, résultats de calculs, liens hypertextes, images etc.
- Fonctionnalités : documentation du code, inspection explication et réexécution des calculs
si l'environnement d'origine est disponible, possibilité d'utiliser plusieurs langage)
- Intérêts : traçabilité des calculs, accès à l'ensemble des calculs sous-jacents, présentation/partage des travaux
- Environnements possibles : Rstudio, Emacs/OrgMode, Jupyter
Pour le travail collaboratif :
- avantages : prise en main aisée, tout dans un seul document (!), transparence et réutilisation possible
- points d'attention : vérifier le fonctionnement sur chaque machine, les installations/mises à jour, fausses manips des collaborateurs
- pour la mise à disposition de façon pérenne : Gitlab, Github ou archive ouverte (HAL, figshare, zenodo)
**Intérêt de RStudio**
Les bonus +
- historique bien structuré, traçabilité de l'inspection des données
- sauvegarde des résultats intermédiaires
- liens entre les figures et calculs établis par le code
- permet de générer des documents au format HTML, PDF, ou .doc(x)/.odt
En cas d'utilisation du langage Python, Rstudio comporte quelques limites : non complétion sur les noms de variables ;
non-persistance des variables et de leur état pour les codes Python ; seules les sorties textes sont gérées.
Trucs et astuces :
- utiliser les fonctions d'export et de réexécution du code depuis le début
- apprendre les raccourcis claviers
- lire la documentation et les pense-bêtes
**Quid des autres environnements ?**
| Environnement | Origine | Technologie | Utilisation | Navigation | Format | Article ? |
| ------ | ------ | ------ | ------ | ------ | ------ | ------ |
| Jupyter | 2001 | Web App., Python | Facile | Limitée | JSON | Difficile |
| Rstudio/knitr | 2011-2014 | IDE, Java/R | Facile | Limitée | Rmd | Oui |
| Org-Mode | 1976/2008 | Editeur, EmacsLisp | Plus complexe | Puissante | Org | Oui|
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