@@ -208,4 +208,52 @@ Selon le parcours que vous avez choisi, voici comment procéder pour créer votr
...
@@ -208,4 +208,52 @@ Selon le parcours que vous avez choisi, voici comment procéder pour créer votr
📘Rstudio : "Accéder à Gitlab", écrire la solution dans le fichier module2/exo4/exercice_fr.Rmd
📘Rstudio : "Accéder à Gitlab", écrire la solution dans le fichier module2/exo4/exercice_fr.Rmd
📙Org-mode/R : "Accéder à Gitlab", écrire la solution dans le fichier module2/exo4/exercice_R_fr.org
📙Org-mode/R : "Accéder à Gitlab", écrire la solution dans le fichier module2/exo4/exercice_R_fr.org
📙Org-mode/python : "Accéder à Gitlab", écrire la solution dans le fichier module2/exo4/exercice_python_fr.org
📙Org-mode/python : "Accéder à Gitlab", écrire la solution dans le fichier module2/exo4/exercice_python_fr.org
Attention : pendant toute la durée de ce MOOC il est conseillé de toujours respecter la convention de nommage et la structure des dossiers imposées par les exercices. Dans le cas contraire, certaines fonctionnalités pourraient ne plus fonctionner. Notamment l'accès direct vers les notebooks Jupyter ou la comparaison avec la solution proposée.
Attention : pendant toute la durée de ce MOOC il est conseillé de toujours respecter la convention de nommage et la structure des dossiers imposées par les exercices. Dans le cas contraire, certaines fonctionnalités pourraient ne plus fonctionner. Notamment l'accès direct vers les notebooks Jupyter ou la comparaison avec la solution proposée.
\ No newline at end of file
# 23-06-25 : Module 3
## Les sous-modules et vidéos :
Je n'ai pas eu le temps de les regarder en intégralité.
## Les exercices
### Exercice 03 (1ère partie) :
Analyse de l'incidence du syndrôme grippal avec une copie locale des données
Dans l'analyse de l'incidence du syndrôme grippal que nous avons montrée dans les vidéos, les données sont téléchargées du serveur du Réseau Sentinelles chaque fois que le document computationnel est exécuté. Ceci a deux inconvénients pratiques : il faut une connexion Internet et le temps de téléchargement peut être important. Mais il y a surtout un inconvénient méthodologique : rien ne garantit que l'URL utilisée reste toujours valable, ni que les données retournées seront toujours les mêmes. Le Réseau Sentinelles pourrait, par exemple, décider de changer le format des données, ou supprimer les données les plus anciennes.
Pour toutes ces raisons, il est préférable de faire d'abord une copie des données, puis utiliser cette copie dans le document computationnel. Pour la traçabilité, le document computationnel doit néanmoins contenir l'URL d'origine. Un lecteur peut ainsi télécharger les données de nouveau et comparer avec la version utilisée dans le calcul. Quand on publie le document computationnel, on publie également la copie des données, après avoir vérifié qu'on a bien le droit de les diffuser (ce que nous avons fait pour ce cours).
Votre tâche est de modifier le document computationnel que nous vous fournissons avec l'analyse de l'incidence du syndrôme grippal de telle façon qu'il utilise une copie locale des données. Remplacez la lecture des données de l'URL par deux étapes :
1. Si le fichier local n'existe pas, téléchargez les données et déposez-les dans le fichier local.
2. Lisez le fichier CSV local.
Pour information, les codes source présentés dans les démos sont téléchargeables dans la séquence "Supports de cours, codes source" du module.
Selon le parcours que vous avez choisi, voici comment procéder :
📗Jupyter : "Accéder au notebook", le modifier, faire un "commit" depuis Gitlab (bouton "Git commit and push" sous Jupyter) puis "Comparer avec la solution". Pour information, le fichier dans Gitlab est le suivant : module3/exo1/analyse-syndrome-grippal_fr.ipynb
📘Rstudio : "Accéder à Gitlab", modifiez le fichier module3/exo1/analyse-syndrome-grippal_fr.Rmd, faire un "commit" depuis Gitlab puis "Comparer avec la solution"
📙Org-mode : "Accéder à Gitlab", modifiez le fichier module3/exo1/analyse-syndrome-grippal_fr.org, faire un "commit" depuis Gitlab puis "Comparer avec la solution"
Le site Web du Réseau Sentinelles que nous utilisons dans ce module a subi des modifications importantes depuis le tournage de nos vidéos. L'accès aux données ne se passe plus comme nous l'avons montré.
Il faut passer par les menus "Surveillance continue" - "Base de données" - "Accès aux données"
et cliquer sur l'onglet "Télécharger", puis choisir les données au format CSV pour la France Métropolitaine.
Le format des données téléchargées a aussi légèrement changé, il faut adapter le traitement des données manquantes.
Le code que nous montrons dans les vidéos ne fonctionne plus.Une version mise à jour est disponible ici.
##### Voici le [Notebook](https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/jupyter/user/be338296bfc44819a17966a724334dd4/notebooks/work/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.ipynb)
Cochez la case quand l'action a été réalisée dans le document puis cliquer sur "Vérification finale"
1. Je télécharge les données dans un fichier local
2. Je teste que le fichier local n'existe pas avant de le télécharger
3. J'ai ajouté un commentaire pour expliquer ce que j'ai fait et pourquoi
Je n'ai coché que le premier item puisque j'ai du m'appuyer énormément sur la correction de l'exercice bien que j'ai trouvé un élément afin de m'en sortir car la colonne inc avait des valeurs non numériques rendant le reste impossible
De meme les commentaires sont ceux qui étaient présents initialement et que j'ai laissé inchangé afin de comprendre ce qui était réalisé et pourquoi ça l'était sans m'en attribuer le mérité.
