Merge branch 'master' of...

Merge branch 'master' of https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/d0e6f90fc91537e71d96befd9f7f0f02/mooc-rr

journal/notes_module_1.md

@@ -145,6 +145,9 @@ Voir aussi :TinyTex “Yihui Xie, auteur du remarquable package R "bookdown",
 a mis au point une version allégée de LaTeX, TinyTex 
 ("[A lightweight, cross-platform, portable, and easy-to-maintain LaTeX distribution based on TeX Live](https://yihui.name/tinytex/)").”
 
+\[Voir surtout [blog.insileco.io](https://blog.insileco.io/2023/04/02/academic-writing-with-markdown-visual-studio-code-and-zotero/#visual-studio-code)
+qui devrait m'aiguiller sur un usage local de latex, vu que j'arrivais pas à installer mactex.\]
+
 #### **Text Encoding Initiative (osef)**
 
 Question de la pérennité de l'information scientifique. (de péremption, aussi, non ?) 

journal/notes_module_2.md

@@ -249,5 +249,14 @@ Ces concurrents utilisent des formats plus lisibles.
 <tr><td>South Africa <td> 0.631
 </table>)
 
+### quelques exercices
+
+J'ai rien à analyser, là... j'ai juste fait quelques stats sémantiques sur mes
+documents textes, mais osef.
+
+Pour l'histoire de Challenger, leur calcul m'a semblé bizarre à la fin, mais
+le truc, c'est que je néglige trop les intervalles de confiance : 
+je ne saurais même pas l'afficher avec une régression logistique python...
+Bref.
 
 

journal/notes_module_3.md

+# Module 3 : TP analyse réplicable
+
+## C coi 1 analiz réplicab
+Anciennement, on se concentrait sur le résultat, avec un résumé méthodologique,
+avant de passer à la discussion.
+
+En réplicable, on remplaace ce vil résumé par l'intégralité du code, accompagné
+d'une explication détaillée des choix faits à chaque étape.
+
+C'est plus dur à faire...
+Mais c'est plus facile à refaire si les données changent, plus facile à modifier,
+plus facile à inspecter et vérifier.
+
+Note : on pourrait se dire que la valeur ajoutée est dans l'explication des 
+choix techniques... mais c'est bien l'accessibilité qui est d'abord en jeu.
+Pense à l'effort que ça t'a pris de vérifier qu'on pourrait faire tourner ton 
+expé depuis un autre ordinateur... sans même avoir de test "fiable" pour 
+s'assurer que le comportement applicatif reste le même d'une machine à l'autre.
+
+## Étude de cas : la grippe
+
+réseau Sentinelles (méd généralistes)
+tableaux de données disponibles !
+Une donnée manquante sur une semaine, dont il ne s'émeut point.
+=> ne pas supprimer la ligne à la main !!
+Du code pour tout !
+
+(Note de réplicabilité : ils tiennent à jour ! 
+le format pour récupérer les données a changé, et ils ont dû aussi
+modifier leur code.)
+
+Utilisent un format ISO des numéros de semaines, c'est dans l'esprit :geek:
+
+## import des données, Jupyter
+
+lib : pandas, matplotlib et isoweek
+
+[Pour l'instant, je suis assez déçu par ma version de jupyter lab, 
+qui est moins belle.]
+
+Il préfère que je mette le lien directement dans le code, sans faire référence
+à mon import dans mon dossier... certes.
+Le jour où je suis lu.
+
+## vérification et inspection des données
+
+On parle de "pré-traitement" des données, ici en particulier de conversion 
+(dans des formats plus catholiques), en vue de pouvoir afficher.
+"La" vérification ici, c'est la validation des écarts de semaine 
+(+l'inspection visuelle).
+
+## passer les données à la question
+
+Si on veut analyser par année, on a un pb con :
+les années ne contiennent pas un nombre entier de semaine ^^
+
+1. pour chaque année, trouver la semaine qui contient le 1er août
+2. sommer les incidences à partir de cette semaine, afin de construire notre repr° annuelle
+
+(vu qu'il y a moins d'incidence en été, ça minimise le biais)
+
+Au fait, la première question qu'on se pose, c'est : quelles sont les plus
+grandes années d'épidémie ?
+
+Bref.
+Voir leur version finale pour se galvaniser.
+(Version qui me rassure sur le "bug" de l'an 1984. 
+Ils le résolvent aussi.)
+
+Morale : il faut présenter toutes les étapes de traitement sous forme éxécutable, 
+expliquer ses choix (donc exposer du détail technique) car c'est à ce niveau 
+qu'on fait le plus d'erreurs.
+
+