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journal/introduction/introduction.md

+# Introduction au MOOC
+
+## Les enjeux de la transparence
+
+[Janz 2018] distingue trois types de transparence
+
+- *data transparency* : de fournir l'accès aux données se lesquels se fonde l'analyse.
+- *analytic transparency* : fournir les codes informatiques et les sources sur lesquels sur fonde
+  l'analyse.
+- *production transparency* : fournir et documenter les données brutes.
+
+Pour éviter le *HARKing (Hypothesizing After The Results are Known)*, faire connaitre ses intentions
+avant de réaliser ses expérimentations (*pre-registration*, cahier de laboratoire, ...). Cela permet
+de se prémunir contre certains biais ou erreurs de méthode.
+
+/!\ Transparence /= de mise à disposition /!\
+Les données peuvent être physiquement inaccessibles, confidentielles, mais la méthodologie peut
+quand même être transparente.
+
+Outils intéressants :
+
+- CAQDAS (Computer Assisted Qualitattive Data Analysis Software)
+- Codebook. Rubriques :
+    - intitulé du code
+    - courte description des finalités du code
+    - critères d'inclusion, i.e. sur quelles données ou quel phénomène utiliser le code. Il s'agit
+      de formaliser les critères à réunir pour recourir au code
+    - critères d'exclusion, i.e. critères, cas particulier de données où le code ne doit pas être
+      utilisé
+    - exemples typiques : sélection de quelques cas qui illustrent le mieux les critères d'utilisation
+    - exemples atypiques : sélection de cas extrêmes, atypiques pour lesquels l'usage du code est
+      requis
+    - "presque, mais non" ("close, but no") : des cas où l'on serait tenté.e d'utiliser le code,
+      alors que les données ne correspondent pas
+
+## Gestion de la bibliographie
+Norme ISO690 : les éléments à mentionner obligatoirement selon le type de document cité.
+Zotero vs Mendeley ?
+
+## Outils
+Workflow
+
+- [Graphviz](https://graphviz.org/)
+
+Bibliographie
+
+- [Zotero](https://www.zotero.org/)
+- [Mendeley](https://www.mendeley.com/)
+- [JabRef](https://www.jabref.org/)
+- [BibTex](http://www.bibtex.org/)
+- [Biblatex](https://sourceforge.net/projects/biblatex-biber/)
+- [GitHub](https://github.com/)
+- [GitLab](https://gitlab.com/)
+- [Sphinx](https://www.lesphinx-developpement.fr/)
+
+
+<!-- vim: spelllang=fr
+-->

journal/module_1/cahier_de_notes_cahier_de_laboratoire.md

+# Cahier de notes, cahier de laboratoire
+
+## Cahier de notes
+### Exemple de supports
+
+- Annotation de manuscrits
+- Utilisation de Codex
+- Utilisation de fiches
+
+### Attention à l'abondance de notes
+"L'île des pingouins", Anatole France, 1908
+ La mort de Fulgence Tapir
+
+### Gestion de notes
+
+- Dater et numéroter les notes
+- "faire le ménage" en fin de séance de travail
+
+**Si l'on exige trop de la nature humaine, le système ne fonctionne pas**
+
+
+## Introduction à Markdown et Pandoc
+
+~~barrer~~
+<!-- Commentaire -->
+
+
+## Wiki (prise de note)
+DokuWiki ?
+
+## Git
+
+- GitKraken
+- SmartGit
+
+
+## Recherche d'informations dans une base de notes (fichiers texte)
+
+- [DocFetcher](https://sourceforge.net/projects/docfetcher/)
+
+
+## Modification métadonnées de fichiers JPEG
+
+- [Exiftool](https://exiftool.org/)
+
+
+<!-- vim: spelllang=fr
+-->