module 2 (à refaire avec emacs)

journal/module_2/document_computationnel.md

+# La vitrine et l'envers du décor : le document computationnel
+
+Choix de l'outil : **Jupyter** (et Emacs/Org mode)
+
+
+## Difficultés rencontrées lors d'une tentative de reproduction
+
+- Manque d'informations (sources et données)
+- Non explication des choix (protocoles expérimentaux, données conservées/conservées, méthodologie
+  statistique, ...)
+- Erreurs induites par les ordinateurs
+    - outils à interface graphique pouvant cachant le fonctionnement interne
+    - tableurs
+    - outils complexes (boites noires) mal maîtrisés
+    - bogue dans les programmes "maison"
+- Manque de rigueur et d'organisation
+    - non sauvegarde des données
+    - pas de gestion de version (historique)
+    - pas de manque de contrôle qualité
+- Dimension culturelle et sociale
+    - un article n'est qu'une version simplifiée
+
+## Idées reçues sur le "tout public"
+
+- Les faiblesses deviendront évidentes
+    - ne pas pouvoir tricher ne devrait pas être un argument
+- Quelqu'un peut trouver une erreur
+    - tout le monde en fait
+    - la correction des résultats est plus importante
+    - tirer avantage à ma place (tirer avantage = des citations, montrer ce qu'on fait c'est se
+      rendre visible)
+    - les données sensibles n'ont pas besoin d'être partagées à "tout le monde" et/ou de façon
+      "claire"
+
+## Outils, formats, services
+
+**Préférer le libre / open source**
+
+- formats de fichiers : markdown, orgmode, CVS, HDF5, ... (rester simple)
+- langage/outils de programmation : scilab, R, Python, ...
+- plateforme de stockage : gitlab/github, framadrop, ...
+- ne pas tomber dans le piège des outils *trop* intuitifs (tableurs, interfaces
+  graphiques/interactives, ...)
+
+
+## Principes
+- Permettre une transparence la plus complète possible
+- Une publication est la partie visible de l'iceberg.
+- Avoir un seul document (explications, code, résultats)
+- Inspection et ré-execution
+
+
+<!-- vim: spelllang=fr
+-->

journal/module_2/prise_en_main.md

+# Prise en main de Jupyter et OrgMode
+
+## Jupyter
+
+- Passer en markdown            -> m
+- Passer en code                -> y
+- Executer                      -> CTRL-Enter
+- Executer et passer à la suite -> ALT-Enter
+
+
+## OrgMode
+Voir `tuto.org`

journal/module_2/travailler_avec_les_autres.md

+# Travailler avec les autres
+
+
+<!-- vim: spelllang=fr
+-->

journal/module_2/tuto.org

+#+TITLE Prise en main de OrgMode
+
+* Exécution de code
+  #+begin_src python :result output :export both
+  print("a")
+  #+end_src
+
+L'ajout de snippet automatique ne fonctionne pas.
+
+L'exécution ne fonctionne pas : "org-babel-execute-src-block: No org-babel-execute function for python!".
+
+#+begin_src shell :sesson *shell* :result output :export both
+ls /tmp/
+#+end_src
+
+Ne fonctionne pas "out of the box". Mais relativement intéressant pour faire de la prise de note.
+À pousser.