Fin de l'exo 4 module 2 et tests

module2/exo4/Calcul_téléphone.Rmd

@@ -36,18 +36,21 @@ Tout d'abord on peut plotter les différents paramètres au cours du temps pour
 ```{r}
 barplot(df$Appels_emis, names.arg = df$ï..Date)
 ```
+
 Les dates sont mal positionnées mais c'est pas grave. Il semble que j'ai beaucoup appelé autour de la date du 17 mars.  
   
 2. Appels reçus  
 ```{r}
 barplot(df$Appels_recus, names.arg = df$ï..Date)
 ```
+
 Il semble que j'ai reçu beaucoup d'appels la veille du 17 mars puis que j'ai reçu + d'appels en général après cette période qu'avant.  
   
 3. Durée appel  
 ```{r}
 barplot(df$Duree_appel, names.arg = df$ï..Date)
 ```
+
 Là c'est très voyant. J'ai passé beaucoup de temps au téléphone après le 16 mars comparé à avant (sauf 2 fois).  
   
 4. Messages reçus  
@@ -59,6 +62,7 @@ barplot(df$Messages_recus, names.arg = df$ï..Date)
 ```{r}
 barplot(df$Messages_envoyes, names.arg = df$ï..Date)
 ```
+
 Pour les messages, la tendance est inverse aux appels : je reçois et envoie - de sms depuis le 17 mars comparé à avant.  
 J'ai eput être changé mon usage de l'un à l'autre.  
 Sauf autour du 16-17 mars où j'ai beaucoup communiqué.  
@@ -165,6 +169,222 @@ library(devtools)
 #install_github("EvenStar69/significativity.bar/significativity.bar")
 library(significativity.bar)
 ```
+Bon j'ai dû un peu changer sa fonction parce qu'elle n'est plus compatible avec ggplot 3.3.  
+J'ai changé la manière de retrouver les coordonnées y : The position of ymax in ggplot\_build(plot)\$data[[1]] changed from column 6 to 7.  
+Et j'ai changé la manière de retrouver l'échalle en y : panel_ranges in ggplot\_build(plot)\$layout does not exist anymore ... use panel\_scale\_y instead.  
+J'ai aussi dû mettre à jour R vers la version 3.6.3.  
+Voici le code modifié de sa fonction :  
+```{r}
+significativity_bar <- function(plot, groups, text = "*", text_height = 0.0275, size_bar = 1, color_bar = "black", size_text = 8, color_text = "black", font_face = 1, font_style = "serif", line_type = "solid"){
+  
+  
+  
+  if (!require("ggplot2", character.only=T, quietly=T)){ # use library ggplot
+    
+    install.packages("ggplot2")
+    
+    library(ggplot2, character.only=T)
+    
+  }
+  
+  
+  
+  if (class(plot)[1] != "gg"){
+    
+    stop("Your input plot is not a ggplot")
+    
+  }
+  
+  if (length(groups) != 2){
+    
+    stop("Please select only 2 groups between which you want the error bar")
+    
+  }
+  
+  if (!is.vector(groups)){
+    
+    stop("Please input your 2 selected groups in a vector")
+    
+  }
+  
+  if (!is.character(text)) {
+    
+    stop("Please input the text above the bar as character")
+    
+  }
+  
+  if (!is.numeric(text_height) | length(text_height) > 1){
+    
+    stop("Please input one numeric value for the text height")
+    
+  }
+  
+  if (!is.numeric(size_bar) | length(size_bar) > 1){
+    
+    stop("Please input one numeric value for the bar size")
+    
+  }
+  
+  if (!is.character(color_bar)){
+    
+    stop("Please input an existing R color, as a character, for the color of the bar")
+    
+  }
+  
+  if (!is.numeric(size_text) | length(size_text) > 1){
+    
+    stop("Please input one numeric value for the text size")
+    
+  }
+  
+  if (!is.numeric(font_face) | length(font_face) > 1){
+    
+    stop("Please input one numeric value for the font face")
+    
+  }
+  
+  if (!is.character(color_text)){
+    
+    stop("Please input an existing R color, as a character, for the color of the text")
+    
+  }
+  
+  if (!is.character(font_style)){
+    
+    stop("Please input an existing font family, as a character, for the color of the bar")
+    
+  }
+  
+  if (!is.character(line_type)){
+    
+    stop("Please input an existing line style, as a character, for the color of the bar")
+    
+  }
+  
+  
+  
+  if (text_height >=1){
+    
+    warning("text_height should be between 0 and 1, default value for * and around 0.04 for text are advised")
+    
+  }
+  
+  
+  
+  
+  
+  if (class(as.list.environment(plot$layers[[1]])$geom)[1] == "GeomPoint"){ # if the ggplot is a dotplot
+    
+    coords = ggplot_build(plot)$data[[1]] # get the coordinates of the points
+    
+    xcoords = c()
+    
+    ycoords = c()
+    
+    for (i in groups){ # get the x coordinates of all coordinates in a vector, for the 2 selected groups
+      
+      xcoord_temp = unique(coords$x)[i]
+      
+      xcoords = append(xcoords, xcoord_temp)
+      
+    }
+    
+    for (i in c(1,2)){
+      
+      ycoord_temp = max(coords[coords$x == xcoords[i],]$y) # get the y coordinate of the upper point of each group
+      
+      ycoords = append(ycoords, ycoord_temp)
+      
+    }
+    
+    
+    
+    y_range = ggplot_build(plot)$layout$panel_scales_y[[1]]$limits # get the total height of the y scale
+    # panel_ranges in ggplot_build(plot)$layout does not exist anymore ... use panel_scale_y instead
+    
+    y_sum = sum(abs(y_range)) 
+    
+    y_scale = (7.5/100)*y_sum # starting position of the vertical bar (determined % of the total y scale)
+    
+    bar_height = y_scale + ((5/100)*y_sum) # final position of the vertical bar (determined % of the total y scale in addition to y_scale)
+    
+    
+    
+    ycoord_top = max(ycoords) # the bar should take the heighest of the two groups as a reference
+    
+    coord_bar = data.frame(x = c(xcoords[1], xcoords[1], xcoords[2], xcoords[2]), y = c(ycoord_top + y_scale, ycoord_top + bar_height, ycoord_top + bar_height, ycoord_top + y_scale)) # final coordinates of the bar
+    
+    
+    
+    star_x = mean(xcoords) # x coordinate of the text above the bar (in the middle of the two groups)
+    
+    star_y = ycoord_top + bar_height + ((2.75/100)*y_sum) # y coordinate of the text above the bar (above the bar by a determined factor)
+    
+    coord_star = c(star_x, star_y) # x,y coordinates of the text above the bar
+    
+    
+    
+    plot = plot + geom_path(data = coord_bar, aes(x=x, y=y), size = size_bar, color = color_bar, linetype = line_type) + annotate("text", x = star_x, y = star_y, label = text, size = size_text, color = color_text, fontface = font_face, family = font_style) # create the new ggplot
+    
+    print(plot)
+    
+    
+    
+  } else if (class(as.list.environment(plot$layers[[1]])$geom)[1] == "GeomBar") { # if the ggplot is a dotplot
+    
+    coords = ggplot_build(plot)$data[[1]]
+    
+    xcoords = c()  
+    
+    ycoords = c()
+    
+    for (i in groups){ # get the x and y coordinates of the two groups                                      
+      
+      xcoord_temp = mean(c(coords[i,]$xmin, coords[i,]$xmax))
+      
+      xcoords = append(xcoords, xcoord_temp)
+      
+      ycoord_temp = coords[i,7] # The position of ymax in ggplot_build(plot)$data[[1]] changed from column 6 to 7
+      
+      ycoords = append(ycoords, ycoord_temp)
+      
+    }
+    
+    
+    
+    y_range = ggplot_build(plot)$layout$panel_scales_y[[1]]$limits # get the total height of the y scale
+    
+    y_sum = sum(abs(y_range))
+    
+    y_scale = (7.5/100)*y_sum  # starting position of the vertical bar (determined % of the total y scale)
+    
+    bar_height = y_scale + ((5/100)*y_sum) # final position of the vertical bar (determined % of the total y scale in addition to y_scale)
+    
+    
+    
+    ycoord_top = max(ycoords) # the bar should take the heighest of the two groups as a reference
+    
+    coord_bar = data.frame(x = c(xcoords[1], xcoords[1], xcoords[2], xcoords[2]), y = c(ycoord_top + y_scale, ycoord_top + bar_height, ycoord_top + bar_height, ycoord_top + y_scale)) #  final coordinates of the bar
+    
+    
+    
+    star_x = mean(xcoords) # x coordinate of the text above the bar (in the middle of the two groups)
+    
+    star_y = ycoord_top + bar_height + (text_height*y_sum) # y coordinate of the text above the bar (above the bar by a determined factor)
+    
+    coord_star = c(star_x, star_y) # x,y coordinates of the text above the bar
+    
+    
+    
+    plot = plot + geom_path(data = coord_bar, aes(x=x, y=y), size = size_bar, color = color_bar, linetype = line_type) + annotate("text", x = star_x, y = star_y, label = text, size = size_text, color = color_text, fontface = font_face, family = font_style) # create the new ggplot
+    
+    print(plot)
+    
+  }
+  
+}
+```
+
 
 ```{r}
 gg<- ggplot(c, aes(x = c..aa....ap.., y = as.numeric(m_duree_appel)))+
@@ -172,6 +392,7 @@ gg<- ggplot(c, aes(x = c..aa....ap.., y = as.numeric(m_duree_appel)))+
     geom_errorbar(ymin = m_duree_appel-sd_duree_appel, ymax = m_duree_appel+sd_duree_appel)+ 
     ylim(-500,5000)+
     labs(title="Duree appel")
+significativity_bar(gg, groups = c(1,2))
 ```
 
 
@@ -193,4 +414,7 @@ En moyenne c'est assez équilibré : je réponds autant de fois qu'on m'envoie u
 ## Conclusion
 
 __J'ai passé pas mal de temps à faire ça mais ça m'a permis de bien prendre en main l'outil.  
-Je conçois que mon étude est assez sale et que les manières de plotter ne sont vraiment pas optimisées mais ce n'était pas vraiment le but de l'exercice.__
+Je conçois que mon étude est assez sale et que les manières de plotter ne sont vraiment pas optimisées mais ce n'était pas vraiment le but de l'exercice.__  
+  
+__Après avoir compilé, je n'ai pas pû le faire en pdf (des erreurs de polices qui ne passent pas avec LaTeX on dirait ...).  
+Aussi, j'ai remarqué qu'il fallait laissé un retour chariot après la visualisation du plot sinon le texte se met à côté dans le rendu.__

module2/exo4/Calcul_téléphone.log

-This is pdfTeX, Version 3.14159265-2.6-1.40.18 (MiKTeX 2.9.6500 64-bit) (preloaded format=pdflatex 2018.1.29)  7 APR 2020 21:22
+This is pdfTeX, Version 3.14159265-2.6-1.40.18 (MiKTeX 2.9.6500 64-bit) (preloaded format=pdflatex 2018.1.29)  8 APR 2020 12:31
 entering extended mode
 **./Calcul_téléphone.tex
 (Calcul_téléphone.tex

module2/exo4/test notebook.Rmd

+---
+title: "R Notebook"
+output: html_notebook
+---
+
+This is an [R Markdown](http://rmarkdown.rstudio.com) Notebook. When you execute code within the notebook, the results appear beneath the code. 
+
+Try executing this chunk by clicking the *Run* button within the chunk or by placing your cursor inside it and pressing *Ctrl+Shift+Enter*. 
+
+```{r}
+plot(cars)
+```
+
+Add a new chunk by clicking the *Insert Chunk* button on the toolbar or by pressing *Ctrl+Alt+I*.
+
+When you save the notebook, an HTML file containing the code and output will be saved alongside it (click the *Preview* button or press *Ctrl+Shift+K* to preview the HTML file).
+
+The preview shows you a rendered HTML copy of the contents of the editor. Consequently, unlike *Knit*, *Preview* does not run any R code chunks. Instead, the output of the chunk when it was last run in the editor is displayed.

module2/exo4/test.Rmd

+---
+title: "test"
+author: "Marc"
+date: "08/04/2020"
+output:
+  pdf_document: default
+  html_document: default
+---
+
+```{r setup, include=FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+```
+
+J'ai changé la manière de retrouver les coordonnées y : The position of ymax in ggplot\_build(plot)\$data[[1]] changed from column 6 to 7.  
+Et j'ai changé la manière de retrouver l'échalle en y : panel_ranges in ggplot\_build(plot)\$layout does not exist anymore ... use panel\_scale\_y instead.  
+J'ai aussi dû mettre à jour R vers la version 3.6.3.  
+Voici le code modifié de sa fonction : 
\ No newline at end of file