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# Le 24 août 2020
## Module 2
Article intéressant pour savoir comment gérer un projet et rédiger un cahier de laboratoire : [S'outiller et s'organiser pour mieux travailler](https://bioinfo-fr.net/soutiller-et-sorganiser-pour-mieux-travailler)
Outils/Thèmes abordés (non exhaustif) :
* Bien organiser ses projets : reflexion sur la structure générale des dossiers (cf. Samuel Lampa, 2015), conda
* Logiciel de gestion de versions (Git), Zenodo et figshare (abordé pendant le cours)
* Héberger le projet (GitLab, GitHub)
* Automatisation des tâches et intégration continue (Travis CI), génération automatique de la documentation (sphinx)
***Tenir un cahier de laboratoire** (markdown, export PDF avec pandoc, Jupyter)
Deux possibilités dans mon cas :
1. Org mode : puissant mais prise en main un peu longue. Avis pro sur [Org mode](https://urfistinfo.hypotheses.org/3360), formation possible à URFIST de Bordeaux
2. Jupyter : convivial et facile a prendre en main. Impossible d'éditer sous forme de publication.
Je vais faire le tutoriel avec Jupyter,faute de temps suffisant pour apprendre avec Org mode (installation, convention d'éciture, ...). Cela viendra par la suite.
