Nous ne fournissons ici que des instructions pour les distributions
basées sur Debian. N’hésitez pas à contribuer à ce document en
fournissant des informations à jour sur les autres distributions
(RedHat, Fedora, par exemple).
Aujourd'hui, les versions stables des distributions les plus courantes
fournissent des versions assez récentes de R :
- Debian (stretch) est livré avec [[https://packages.debian.org/stretch/r-base][R 3.3.3-1]], [[https://packages.debian.org/stretch/r-cran-knitr][knitr 1.15.1]], et [[https://packages.debian.org/stretch/r-cran-ggplot2][ggplot 2.2.1]]
- Ubuntu (bionic 18.04) est livré avec [[https://packages.ubuntu.com/bionic/r-base][R 3.4.4]], [[https://packages.ubuntu.com/bionic/r-cran-knitr][knitr 1.17]], et [[https://packages.ubuntu.com/bionic/r-cran-ggplot2][ggplot 2.2.1]]
- Ubuntu (artful 17.04) est livré avec [[https://packages.ubuntu.com/artful/r-base][R 3.4.2]], [[https://packages.ubuntu.com/artful/r-cran-knitr][knitr 1.15]], et [[https://packages.ubuntu.com/artful/r-cran-ggplot2][ggplot 2.2.1]]
Si votre distribution est plus ancienne, c'est peut-être l'occasion de
la mettre à jour...
*** Installer R
Pour commencer, vous devez installer le langage R et quelques packages
- [[https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/rmarkdown-2.0.pdf][R Markdown]] (here is also a [[https://rmarkdown.rstudio.com/][nice step-by-step presentation of Rmarkdown]]),
- The [[https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-reference.pdf][R Markdown Reference guide]],
- [[https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/data-visualization-2.1.pdf][Data visualization with ggplot2]],
- [[https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/data-transformation.pdf][Data transformation with dplyr]]
Voici aussi les versions françaises de certains documents mais elles
- [[https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/translations/french/ggplot2-french-cheatsheet.pdf][Visualisation de données avec ggplot2]]
- [[https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/translations/french/data-wrangling-french.pdf][Transformation de données avec dplyr]]
- [[https://www.fun-mooc.fr/c4x/UPSUD/42001S02/asset/RMarkdown.pdf][Un court document sur R Markdown]]
* Utiliser Git avec RStudio
La première chose à faire est de configurer Git sur votre
ordinateur. Pour ce faire, vous pouvez suivre la vidéo
[[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session01bis/courseware/66bc811404b8481da5f794de54681c5e/2419fd0fb6a0484988ca9d65497dcaaf/1?activate_block_id=block-v1%3Ainria%2B41016%2Bsession01bis%2Btype%40vertical%2Bblock%407508aece244548349424dfd61ee3ba85][configurer Git pour Gitlab]] (en français) et le document
[[https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/learning-lab/mooc-rr-ressources/blob/master/module2/ressources/gitlab_fr.org][Git et Gitlab]] correspondant (en français).
Vous pourrez alors utiliser Git avec RStudio. Pour ce faire, vous
pouvez suivre la vidéo [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session01bis/jump_to_id/d132a854b0464ad29085cedaded23136][RStudio - Gitlab]] (en français) dont les étapes
sont reprises ci-dessous.
/(Nous vous signalons aussi cette/ [[https://www.youtube.com/embed/uHYcDQDbMY8][vidéo]] /(en anglais) ainsi que le/ [[https://swcarpentry.github.io/git-novice/14-supplemental-rstudio/index.html][tuto
pas à pas]] /(en anglais) de Software Carpentry.)/
** Cloner un dépôt
Ouvrir RStudio et procéder comme suit :
- Créer un nouveau projet sous contrôle de version : =File / New
Project / Version Control=
#+BEGIN_CENTER
[[file:rstudio_images/new_project.png]]
[[file:rstudio_images/git.png]]
#+END_CENTER
- Récupérer l'URL du dépôt Gitlab
#+BEGIN_CENTER
[[file:rstudio_images/adresse_depot.png]]
#+END_CENTER
- Indiquez cette URL dans le champ "Repository URL" /(vous voudrez/
/peut-être préfixer cette URL avec =xxx@= où =xxx= est votre identifiant/
/Gitlab pour éviter d'avoir à le ressaisir ultérieurement)/.
#+BEGIN_CENTER
[[file:rstudio_images/clone.png]]
#+END_CENTER
- Si vous êtes derrière un proxy, il faut le définir dans Git (voir le
paragraphe "Gérer les proxy" de la page sur [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session01bis/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][Git et Gitlab]]).
- Git se connecte à Gitlab et récupère une copie complète du dépôt.
- RStudio redémarre dans un mode lié à Git :
#+BEGIN_CENTER
[[file:rstudio_images/rstudio.png]]
#+END_CENTER
- Le gestionnaire de fichiers à droite vous permet de parcourir le
dépôt sous contrôle de version.
** Modifier un fichier
- Ouvrir le fichier =Module2/exo1/toy_document.Rmd= et le modifier.
- Enregistrer.
- Aller dans le menu Git pour effectuer le commit.
#+BEGIN_CENTER
[[file:rstudio_images/commit.png]]
[[file:rstudio_images/commit2.png]]
#+END_CENTER
- Sélectionner les lignes à commiter puis cliquer sur =commit=.
#+BEGIN_CENTER
[[file:rstudio_images/commit5.png]]
#+END_CENTER
Les modifications ont été commitées uniquement sur la machine. Elles
n'ont pas été propagées sur Gitlab.
- Cliquer sur =push= pour les propager sur Gitlab.
#+BEGIN_CENTER
[[file:rstudio_images/push.png]]
[[file:rstudio_images/push2.png]]
[[file:rstudio_images/push3.png]]
#+END_CENTER
*NB :* Vous ne pouvez pas propager vos modifications sur GitLab si
des modifications ont été faites sur GitLab entre-temps.
#+BEGIN_CENTER
[[file:rstudio_images/push4.png]]
#+END_CENTER
- Il faut d’abord récupérer ces modifications distantes sur votre
