@@ -11,10 +11,10 @@ This document provides information on how to install emacs.
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@@ -11,10 +11,10 @@ This document provides information on how to install emacs.
and /A stub of replicable article/ explain how to set up
and /A stub of replicable article/ explain how to set up
emacs/org-mode for this MOOC. These are very important sections in the
emacs/org-mode for this MOOC. These are very important sections in the
context of this MOOC. *These sections are illustrated in two
context of this MOOC. *These sections are illustrated in two
out of the [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][three video tutorials of this sequence]], and* *which you
out of the [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][three video tutorials of this page]], and* *which you
really should follow carefully*. *Otherwise, you may have trouble doing
really should follow carefully*. *Otherwise, you may have trouble doing
the exercises later on*. Likewise, I strongly encourage you to watch
the exercises later on*. Likewise, I strongly encourage you to watch
the [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4]["emacs and git" video tutorial available at the same place]].
the [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4]["Use Emacs/git" video tutorial available at the same page]].
"recherche reproductible"]], et [[#un-mod%C3%A8le-darticle-r%C3%A9plicable][Un modèle d'article réplicable]]
"recherche reproductible"]], et [[#un-mod%C3%A8le-darticle-r%C3%A9plicable][Un modèle d'article réplicable]]
expliquent comment configure Emacs/Org-Mode pour ce MOOC. Ce sont donc
expliquent comment configure Emacs/Org-Mode pour ce MOOC. Ce sont donc
des sections très *importantes* qui sont *illustrées dans [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][deux des trois
des sections très *importantes* qui sont *illustrées dans [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][deux des trois
tutoriels vidéo de cette séquence]]*. *Nous vous encourageons vivement à
tutoriels vidéo de cette page]]*. *Nous vous encourageons vivement à
suivre attentivement ces sections* *et ces vidéos avant de vous lancer
suivre attentivement ces sections* *et ces vidéos avant de vous lancer
dans les exercices*. De même, nous vous encourageons vivement à
dans les exercices*. De même, nous vous encourageons vivement à
regarder la vidéo [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4]["emacs et git" disponible au même endroit]].
regarder la vidéo [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4]["utilisation Emacs/git" disponible sur la même page]].
* Table des matières :TOC:
* Table des matières :TOC:
- [[#installation-demacs][Installation d'Emacs]]
- [[#installation-demacs][Installation d'Emacs]]
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@@ -118,7 +118,7 @@ cela signifie que nous faisons référence à =C:\Users\yourname\org= (respectiv
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@@ -118,7 +118,7 @@ cela signifie que nous faisons référence à =C:\Users\yourname\org= (respectiv
=C:\Utilisateurs\votre nom\.emacs.d\=). Notez que le répertoire =C:\Users\yourname\.emacs.d\= devrait être automatiquement créé lors de la première exécution d'emacs. C'est là que la configuration d'emacs ira.
=C:\Utilisateurs\votre nom\.emacs.d\=). Notez que le répertoire =C:\Users\yourname\.emacs.d\= devrait être automatiquement créé lors de la première exécution d'emacs. C'est là que la configuration d'emacs ira.
*** Gestion des archives
*** Gestion des archives
Plus loin dans ce document, il vous sera demandé de télécharger de petites archives contenant des fichiers ([[fichier:rr_org_archive.tgz][rr_org_archive.tgz]] et [[fichier:réplicable_article.tgz][réplicable_article.tgz]]). Pour décompresser ces archives sur votre ordinateur, vous pouvez utiliser le programme =7z=. Dans ce cas, vous devrez probablement décompresser chaque fichier deux fois.... La première fois, =archive.tgz= sera décompressé dans =archive.tar= et la deuxième fois =archive.tar= créera un répertoire =archive/= comprenant tous les fichiers de l'archive originale.
Plus loin dans ce document, il vous sera demandé de télécharger de petites archives contenant des fichiers ([[file:rr_org_archive.tgz][rr_org_archive.tgz]] et [[file:réplicable_article.tgz][réplicable_article.tgz]]). Pour décompresser ces archives sur votre ordinateur, vous pouvez utiliser le programme =7z=. Dans ce cas, vous devrez probablement décompresser chaque fichier deux fois.... La première fois, =archive.tgz= sera décompressé dans =archive.tar= et la deuxième fois =archive.tar= créera un répertoire =archive/= comprenant tous les fichiers de l'archive originale.
*** Rendre R et Python disponible dans une console
*** Rendre R et Python disponible dans une console
Lors de l'exécution d'une commande, Windows recherchera l'exécutable dans les répertoires indiqués dans la variable d'environnement =PATH=. Si aucun des
Lors de l'exécution d'une commande, Windows recherchera l'exécutable dans les répertoires indiqués dans la variable d'environnement =PATH=. Si aucun des
ces répertoires ne contient la commande, Windows s'arrêtera et indiquera que
ces répertoires ne contient la commande, Windows s'arrêtera et indiquera que
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@@ -140,7 +140,7 @@ Ensuite, il vous faudra désactiver les tracés interactifs dans matplotlib (pou
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@@ -140,7 +140,7 @@ Ensuite, il vous faudra désactiver les tracés interactifs dans matplotlib (pou
import matplotlib
import matplotlib
matplotlib.matplotlib_fname()
matplotlib.matplotlib_fname()
#+end_src
#+end_src
[[fichier:emacs_orgmode_images/matplotlib.png]]
[[file:emacs_orgmode_images/matplotlib.png]]
Ouvrez le fichier =matplotlibrc=, localisez la ligne commençant par =backend= et transformez là en =backend : Agg=.
Ouvrez le fichier =matplotlibrc=, localisez la ligne commençant par =backend= et transformez là en =backend : Agg=.
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@@ -150,7 +150,7 @@ Les documents computationnels contiennent du code, et en particulier dans le cas
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@@ -150,7 +150,7 @@ Les documents computationnels contiennent du code, et en particulier dans le cas
Cette même ressource explique également comment installer LaTeX, dont vous devrez disposer si vous voulez produire des versions PDF de documents org-mode. Par exemple, si vous voulez travailler avec modèle d'article réplicable (montré dans [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][cette vidéo]]), il vous faudra installer LaTeX. Cependant, comme il s'agit d'un logiciel assez volumineux (plusieurs Go), vous pouvez préférer ne pas l'installer. Ce n'est pas indispensable.
Cette même ressource explique également comment installer LaTeX, dont vous devrez disposer si vous voulez produire des versions PDF de documents org-mode. Par exemple, si vous voulez travailler avec modèle d'article réplicable (montré dans [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][cette vidéo]]), il vous faudra installer LaTeX. Cependant, comme il s'agit d'un logiciel assez volumineux (plusieurs Go), vous pouvez préférer ne pas l'installer. Ce n'est pas indispensable.
* Une configuration Emacs adaptée à la "recherche reproductible"
* Une configuration Emacs adaptée à la "recherche reproductible"
Cette section est illustrée dans un [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2388d2317ec7b037b4][une vidéo de démonstration]] (/Mise en place en place Emacs/Orgmode/). Nous vous suggérons de la regarder avant de suivre les instructions données dans cette section.
Cette section est illustrée dans un [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][une vidéo de démonstration]] (/Mise en place en place Emacs/Orgmode/). Nous vous suggérons de la regarder avant de suivre les instructions données dans cette section.
Emacs s'installe avec une configuration par défaut très basique que
Emacs s'installe avec une configuration par défaut très basique que
chacun va donc vouloir personnaliser. Compte tenu de la flexibilité
chacun va donc vouloir personnaliser. Compte tenu de la flexibilité