Add a table of contents for all org files

module1/ressources/introduction_to_markdown.org

@@ -9,6 +9,24 @@
 
 Voici un aperçu rapide de la syntaxe Markdown repris d'une
 [[https://guides.github.com/features/mastering-markdown/][présentation de Github]] ainsi que de celles d'[[http://csrgxtu.github.io/2015/03/20/Writing-Mathematic-Fomulars-in-Markdown/][Archer Reilly]].
+* Table des matières                                        :TOC:
+- [[#syntaxe][Syntaxe]]
+  - [[#headers][Headers]]
+  - [[#emphasis][Emphasis]]
+  - [[#lists][Lists]]
+  - [[#images][Images]]
+  - [[#links][Links]]
+  - [[#blockquotes][Blockquotes]]
+  - [[#inline-code][Inline code]]
+- [[#écrire-des-maths][Écrire des Maths]]
+  - [[#lettres-grecques][Lettres grecques]]
+  -  [[#fonctions-et-opérateurs][Fonctions et opérateurs]]
+  - [[#exposants-et-indices][Exposants et indices]]
+  - [[#fractions-coefficients-binomiaux-racines-][Fractions, coefficients binomiaux, racines, ...]]
+  - [[#sommes-et-intégrales][Sommes et intégrales]]
+  - [[#déguisements][Déguisements]]
+- [[#autour-de-markdown][Autour de =markdown=]]
+
 * Syntaxe
 ** Headers
 #+BEGIN_EXAMPLE

module2/ressources/gitlab.org

@@ -28,6 +28,17 @@ section is illustrated in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41
 
 Please read all these instructions carefully, in particular the one on
 "Configuring your password on GitLab".
+* Table of Contents                                                     :TOC:
+- [[#installing-git][Installing Git]]
+  - [[#linux-debian-ubuntu][Linux (Debian, Ubuntu)]]
+  - [[#mac-osx-and-windows][Mac OSX and Windows]]
+- [[#configuring-git][Configuring Git]]
+  - [[#telling-git-who-you-are-name-and-email][Telling Git who you are: Name and Email]]
+  - [[#dealing-with-proxies][Dealing with proxies]]
+  - [[#getting-your-default-password-on-gitlab-and-possibly-changing-it][Getting your default password on GitLab (and possibly changing it)]]
+  - [[#remembering-your-password-locally][Remembering your password locally]]
+  - [[#optional-authenticating-through-ssh][Optional: authenticating through SSH]]
+- [[#using-git-through-the-command-line-to-synchronize-your-local-files-with-gitlab][Using Git through the command line to synchronize your local files with Gitlab]]
 
 * Installing Git
 ** Linux (Debian, Ubuntu)

module2/ressources/gitlab_fr.org

@@ -30,6 +30,18 @@ français).
 Veuillez lire attentivement toutes ces instructions, en particulier
 celle sur la "Configuration de votre mot de passe sur GitLab".
 
+* Table des matières                                           :TOC:
+- [[#installer-git][Installer Git]]
+  - [[#linux-debian-ubuntu][Linux (Debian, Ubuntu)]]
+  - [[#mac-osx-et-windows][Mac OSX et Windows]]
+- [[#configurer-git][Configurer Git]]
+  - [[#dire-à-git-qui-vous-êtes-nom-et-email][Dire à Git qui vous êtes : nom et email]]
+  - [[#gérer-les-proxy][Gérer les proxy]]
+  - [[#récupérer-votre-mot-de-passe-par-défaut-sur-gitlab-et-le-changer-éventuellement][Récupérer votre mot de passe par défaut sur GitLab (et le changer éventuellement)]]
+  - [[#enregistrer-votre-mot-de-passe-localement][Enregistrer votre mot de passe localement]]
+  - [[#optionnel-authentification-par-ssh][Optionnel : authentification par SSH]]
+- [[#utiliser-git-par-lignes-de-commandes-pour-synchroniser-vos-fichiers-locaux-avec-gitlab][Utiliser Git par lignes de commandes pour synchroniser vos fichiers locaux avec Gitlab]]
+
 * Installer Git
 ** Linux (Debian, Ubuntu)
 Nous ne fournissons ici que des instructions pour les distributions

module2/ressources/jupyter.org

@@ -6,6 +6,16 @@
 #+OPTIONS: num:nil toc:t
 #+PROPERTY: header-args :eval never-export
 
+* Table of Contents                                                     :TOC:
+- [[#1-jupyter-tips-and-tricks][1. Jupyter tips and tricks]]
+  - [[#creating-or-importing-a-notebook][Creating or importing a notebook]]
+  - [[#running-r-and-python-in-the-same-notebook][Running R and Python in the same notebook]]
+  - [[#other-languages][Other languages]]
+- [[#2-installing-and-configuring-jupyter-on-your-computer][2. Installing and configuring Jupyter on your computer]]
+  - [[#21-installing-jupyter][2.1 Installing Jupyter]]
+  - [[#22-making-sure-jupyter-allows-you-to-use-r][2.2 Making sure Jupyter allows you to use R]]
+  - [[#23-additional-tips][2.3 Additional tips]]
+
 * 1. Jupyter tips and tricks
 The following [[https://www.dataquest.io/blog/jupyter-notebook-tips-tricks-shortcuts/][webpage]] lists several Jupyter tricks (in particular, it
 illustrates many =IPython magic= commands) that should improve your

module2/ressources/maintaining_a_journal.org

@@ -6,6 +6,13 @@
 #+OPTIONS: num:nil toc:t
 #+PROPERTY: header-args :eval never-export
 
+* Table of Contents                                                     :TOC:
+- [[#some-examples-of-labbooks-provided-for-inspiration][Some examples of LabBooks provided for inspiration]]
+- [[#how-to-report-efficiently-by-martin-quinson][How to report efficiently (by Martin Quinson)]]
+  - [[#reporting][Reporting]]
+  - [[#reporting-logistics][Reporting Logistics]]
+  - [[#reporting-document-organization][Reporting Document Organization]]
+
 * Some examples of LabBooks provided for inspiration
 Since a few years, we systematically require any or our students to
 have a laboratory notebook in org-mode. Most of the time, they start

module2/ressources/rstudio.org

@@ -5,6 +5,15 @@
 #+STARTUP: overview indent
 #+OPTIONS: num:nil toc:t
 
+* Table of Contents                                                     :TOC:
+- [[#installing-rstudio][Installing RStudio]]
+  - [[#linux-debian-ubuntu][Linux (debian, ubuntu)]]
+  - [[#mac-osx-and-windows][Mac OSX and Windows]]
+- [[#rstudio-documentation][RStudio documentation]]
+- [[#using-git-from-rstudio][Using Git from RStudio]]
+  - [[#cloning-a-repository][Cloning a repository]]
+  - [[#modifying-a-file][Modifying a file]]
+
 * Installing RStudio
 ** Linux (debian, ubuntu)
 We provide here only instructions for Debian-based distributions. Feel

module2/ressources/rstudio_fr.org

@@ -5,6 +5,15 @@
 #+STARTUP: overview indent
 #+OPTIONS: num:nil toc:t
 
+* Table des matières                                           :TOC:
+- [[#installer-rstudio][Installer RStudio]]
+  - [[#linux-debian-ubuntu][Linux (debian, ubuntu)]]
+  - [[#mac-osx-and-windows][Mac OSX and Windows]]
+- [[#documentation-rstudio][Documentation RStudio]]
+- [[#utiliser-git-avec-rstudio][Utiliser Git avec RStudio]]
+  - [[#cloner-un-dépôt][Cloner un dépôt]]
+  - [[#modifier-un-fichier][Modifier un fichier]]
+
 * Installer RStudio
 ** Linux (debian, ubuntu)
 Nous ne fournissons ici que des instructions pour les distributions

module4/ressources/resources_refs.org

@@ -6,6 +6,15 @@
 #+OPTIONS: num:nil toc:t
 #+PROPERTY: header-args :eval never-export
 
+* Table of Contents                                         :TOC:
+- [[#thoughts-on-languagesoftware-stability]["Thoughts" on language/software stability]]
+- [[#controlling-your-software-environment][Controlling your software environment]]
+- [[#preservationarchiving][Preservation/Archiving]]
+- [[#workflows][Workflows]]
+- [[#numerical-and-statistical-issues][Numerical and statistical issues]]
+- [[#publication-practices][Publication practices]]
+- [[#experimentation][Experimentation]]
+
 * "Thoughts" on language/software stability
 As we explained, the programming language used in an analysis has a
 clear influence on the reproducibility of your analysis. It is not a

module4/ressources/resources_refs_fr.org

@@ -6,6 +6,15 @@
 #+OPTIONS: num:nil toc:t
 #+PROPERTY: header-args :eval never-export
 
+* Table des matières                                                    :TOC:
+- [[#réflexions-sur-la-stabilité-des-langages-de-programmation][Réflexions sur la stabilité des langages de programmation]]
+- [[#contrôler-votre-environnement-logiciel][Contrôler votre environnement logiciel]]
+- [[#préservationarchivage][Préservation/Archivage]]
+- [[#workflows][Workflows]]
+- [[#problèmes-numériques-et-statistiques][Problèmes numériques et statistiques]]
+- [[#pratiques-de-publication][Pratiques de publication]]
+- [[#expérimentation][Expérimentation]]
+
 * Réflexions sur la stabilité des langages de programmation
 Comme nous l'avons expliqué, le langage de programmation utilisé dans
 une analyse a une influence évidente sur la reproductibilité de