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TITLE: Ressources pour la séquence 2 du module 1
AUTHOR: Christophe Pouzat
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broken-links:nil c:nil creator:nil
Notes et références sur la séquence 2 : « Un aperçu historique de la prise de notes »
=====================================================================================
Références générales
--------------------
En plus des deux livres déjà cités (en séquence 1) :
- « LA PAGE. DE L'ANTIQUITÉ À L'ÈRE DU NUMÉRIQUE » d'Anthony Grafton
(Hazan, 2012) ;
- « [TOO MUCH TO KNOW. Managing Scholarly Information before the
Modern
Age](https://yalebooks.yale.edu/book/9780300165395/too-much-know) »,
d'Ann Blair publié chez *Yale University Press* en 2011 ;
j'ai utilisé :
- « L'histoire du livre » de Frédéric Barbier ;
- le remarquable site de Jacques Poitou, [langages écritures
typographies](http://j.poitou.free.fr/pro/index.html) ;
- le site [l'aventure des écritures](http://classes.bnf.fr/ecritures/)
de la BNF ;
- le catalogue de l'exposition de la BNF « Tous les savoirs du monde :
Encyclopédies et bibliothèques de Sumer au XXIème siècle » ;
- « [Du papyrus à
l'hypertexte](http://litmedmod.ca/sites/default/files/pdf/vandendorpe-papyrusenligne_lr.pdf) »
de Christian Vandendorpe (La Découverte, 1999).
Sur les tablettes de cires
--------------------------
Voir le site de Jacques Poitou (d'où les illustrations sont empruntées)
et le livre de Frédéric Barbier, « L'histoire du livre ».
Sur le passage du rouleau (*volumen*) au codex
----------------------------------------------
Voir le livre de Frédéric Barbier, celui d'Anthony Grafton.
Le *volumen* est un livre à base de feuilles de papyrus collées les unes
aux autres et qui s'enroule sur lui-même. Il a été créé en Égypte vers
3000 av. J.-C. Le texte est rédigé en colonnes parallèles assez
étroites. C'est le support du texte par excellence durant les trente
siècles précédant notre ère, d'abord en Égypte, puis dans tout le monde
méditerranéen.
Comme l'explique Frédéric Barbier : « La forme du *volumen* impose une
pratique de lecture complexe : il faut dérouler (*explicare*) et
enrouler en même temps, ce qui interdit par exemple, de travailler
simultanément sur plusieurs rouleaux (un texte et son commentaire) ou de
prendre des notes, impose une lecture suivie et empêche la simple
consultation. »
Le *volumen* n'est clairement pas adapté à une lecture « nomade » ;
imagine-t-on Ulysse partant pour son Odyssée avec les 24 *volumen* de
l'Iliade ?
Le *volumen* est à l'origine du terme « volume » dans un « livre en
plusieurs volumes » comme dans la désignation du concept géométrique.
Le passage au codex repose sur deux innovations :
- la collection des tablettes de cires en « groupes reliés » ;
- la généralisation du parchemin (peau, généralement, de mouton
spécialement préparée) au détriment du papyrus. Cette généralisation
résulte une lutte pour l'hégémonie culturelle entre deux descendants
de généraux d'Alexandre le Grand, en effet d'après Pline l'ancien :
[Ptolémé
Épiphane](https://fr.wikipedia.org/wiki/Ptol%C3%A9m%C3%A9e_V)
d'Alexandrie cherchait à empêcher [Eumène
II](https://fr.wikipedia.org/wiki/Eum%C3%A8ne_II) d'établir une
bibliothèque à Pergame (au 2e siècle avant J.-C.) et avait interdit
l'exportation du papyrus (produit exclusivement en Égypte), ce qui
incita Eumène à chercher un substitut qui devint le parchemin.
Le remplacement du rouleau par le codex aura des conséquences majeures
sur l'organisation du livre ainsi que sur la façon de lire et il
permettra le développement ultérieur de l'imprimerie.
La principale révolution introduite par le codex est la notion de page.
Grâce à elle, le lecteur peut accéder de manière directe à un chapitre
ou à un passage du texte, alors que le rouleau impose une lecture
continue. **Les mots ne sont de plus pas séparés par des espaces**.
Comme l'écrit Collette Sirat : « Il faudra vingt siècles pour qu’on se
rende compte que l’importance primordiale du codex pour notre
civilisation a été de permettre la lecture sélective et non pas
continue, contribuant ainsi à l’élaboration de structures mentales où le
texte est dissocié de la parole et de son rythme. »
Au fil des siècles, le codex — qu'on désigne le plus souvent comme un
manuscrit — va évoluer et se donner peu à peu les attributs du livre
moderne : séparation entre les mots (VIIe siècle), début de ponctuation
(VIIIe siècle), table des matières, titre courant, marque de paragraphe
(XIe siècle), pagination, index (XIIIe siècle), etc.
Un point intéressant : le contenu de la Thora est « fixé » avant
l'apparition du codex et, aujourd'hui encore, la Thora est écrite sur
des *volumen* (dans les synagogues au moins). La religion chrétienne se
développe en même temps que le codex, adopte ce support et le répand ;
elle ne donnera jamais au *volumen* un statut « supérieur », pas plus
que ne le fera la religion musulmane.
Sur Eusèbe de Césarée
---------------------
Pour en savoir plus sur [Eusèbe de
Césarée](https://fr.wikipedia.org/wiki/Eus%C3%A8be_de_C%C3%A9sar%C3%A9e),
consultez le passionnant deuxième chapitre du livre d'Anthony Grafton.
Parallèle chinois
-----------------
Comme je le dis, mon inculture fait que je ne rends pas justice aux
contributions chinoises, musulmanes, précolombienne, etc. J'essaierai de
combler cette énorme lacune pour les seconde version du CLOM…
Ce que je dis sur le passage du volumen au codex accompagné d'un
développement des « outils de navigation » (index, table des matières,
etc) en Chine lors du développement de leishus vient du bouquin d'Ann
Blair (p. 31) qui cite un article de Susan Cherniack, « Book Culture and
Textual Transmission in Sung China », *Harvard Journal of Asiatic
Studies* Vol. 54, No. 1 (Jun., 1994), pp. 5-125.
Retour sur l'armoire à notes
----------------------------
Nous revenons sur le « bout de papier » ou la fiche comme support de
note. L'inconvénient est que le bout de papier ou la fiche se perdent
facilement et ne servent à rien s'ils ne sont pas **classés** en plus
d'être rangés. Problème résolu par l'armoire de Placcius. D'une certaine
façon, sa conception fait qu'on accède à son contenu par l'index.
L'avantage est que les notes peuvent être réorganisées si elles
contiennent des information sur plusieurs sujets. Elle peuvent aussi
être directement collées dans un livre lors de la composition d'un
florilège ou d'un ouvrage de synthèse.
Ce dernier procédé était très couramment employé par les humanistes et
les érudit de la renaissance et du début de la période moderne. [Conrad
Gessner](https://fr.wikipedia.org/wiki/Conrad_Gessner) (1516-1565) était
un champion de cette technique ; il obtenait même parfois ses fiches en
découpant les pages des livres. Encore une fois, ne faites pas cela avec
les livres de bibliothèques !
L'index et John Locke
---------------------
Sur l'origine de l'index, on pourra lire l'article de Jean Berger :
[Indexation, Memoire, pouvoir et representations au seuil du XIIe
siecle : La redecouverte des feuillets de tables du Liber De Honoribus,
premier cartulaire de la collegiale Saint-Julien de
Brioude](https://www.theindexer.org/files/25-2-berger.pdf), *The
Indexer*.
La méthode de John Lock est expliquée dans l'article *Indexing
commonplace books: John Locke’s method* d'Alan Walker, [The
Indexer](https://www.theindexer.org/issues/query.php?vol=22&iss=3), vol.
22, p. 114-118, 2001.
Sur [John Locke](https://fr.wikipedia.org/wiki/John_Locke) (1632-1704)
« papa du libéralisme » et actionnaire de la *Royal African Company*
principale compagnie négrière britannique, voir l'article
[Wikipedia](https://en.wikipedia.org/wiki/John_Locke#Constitution_of_Carolina)
(en anglais) et le livre « Contre-histoire du libéralisme » de Domenico
Losurdo (La Découverte / Poche, 2014, p. 34-36).
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TITLE: Ressources pour la séquence 3 du module 1
AUTHOR: Christophe Pouzat
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broken-links:nil c:nil creator:nil
Notes et références sur la séquence 3 : « Du fichier texte au langage de balisage léger »
=========================================================================================
Fichier texte et éditeur de texte
---------------------------------
Une définition plus technique (et moins circulaire !) du fichier texte
se trouve sur [la page
wikipédia](https://fr.wikipedia.org/wiki/Fichier_texte) consacrée au
sujet. Pour plus de détails sur les éditeurs de texte, voir aussi la
[page wikipédia
correspondante](https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89diteur_de_texte).
Un logiciel de « [traitement de
texte](https://fr.wikipedia.org/wiki/Traitement_de_texte) » est plus
sophistiqué qu'un simple éditeur de texte ; il permet de faire plus, ce
qui sous entend qu'il peut aussi ouvrir et manipuler des fichiers
textes.
\*Attention\* : le format « natif » des traitements de texte est
rarement un format texte. Les fichiers `doc` et `docx` de `Word` et
`odt` de `LibreOffice` *ne sont pas des fichiers textes*.
Le cas du fichier `PDF` ouvert avec un éditeur de texte
-------------------------------------------------------
Dans le cours filmé, j'utilise l'exemple du
[PDF](https://en.wikipedia.org/wiki/Portable_Document_Format) — je donne
l'adresse de la page wikipedia en anglais, bien plus complète que celle
en français — ouvert avec un éditeur de texte pour montrer que le
fichier ne peut pas être visualisé avec un tel logiciel, il faut un
logiciel de rendu dédié comme `Adobe Reader`, `Evince`, `MuPDF`,
`Aperçu`,… Vous remarquez néanmoins que le début du fichier contient du
texte (la première ligne nous apprend que le fichier utilise la version
1.3 du format `PDF`). Cette partie au format texte du fichier contient
les méta-données — qui ne sont pas montrées, en tout cas pas
directement, par les logiciels de rendu. Ces méta-données sont (en
partie) au format
[XMP](https://en.wikipedia.org/wiki/Extensible_Metadata_Platform)
(*Extensible Metadata Platform*), nous y reviendrons dans la cinquème
séquence.
Sur l'UTF-8
-----------
Une table des symboles UTF-8, avec leur code se trouve à l'adresse :
<http://www.utf8-chartable.de/>. C'est pratique pour insérer un symbole
pas très courant comme la lettre « TLO » : Ꮰ de la langue cherokee, ou
le symbole mathématique ∀, « pour tout ».
Pour ceux qui doivent souvent utiliser des lettres grecs (par exemple
pour écrire des équations), il est possible sous Linux de (re)définir
des combinaisons de touches pour générer directement les dites lettres.
Ces combinaisons sont définies dans le fichier `.XCompose`, le début de
mon fichier contient :
``` example
# On charge la base de donnée de Compose la plus complète en UTF-8
include "/usr/share/X11/locale/en_US.UTF-8/Compose"
# espace insécable fine
<Multi_key> <Multi_key> <Space> : " " U202F
# Lettres greques
<Multi_key> <space> <a> : "α" Greek_alpha
<Multi_key> <space> <A> : "Α" Greek_ALPHA
<Multi_key> <space> <b> : "β" Greek_beta
<Multi_key> <space> <B> : "Β" Greek_BETA
<Multi_key> <space> <g> : "γ" Greek_gamma
<Multi_key> <space> <G> : "Γ" Greek_GAMMA
<Multi_key> <space> <d> : "δ" Greek_delta
<Multi_key> <space> <D> : "Δ" Greek_DELTA
<Multi_key> <space> <e> : "ε" Greek_epsilon
<Multi_key> <space> <E> : "Ε" Greek_EPSILON
<Multi_key> <space> <z> : "ζ" Greek_zeta
<Multi_key> <space> <Z> : "Ζ" Greek_ZETA
<Multi_key> <space> <h> : "η" Greek_eta
```
J'ai en plus redéfini la « \<Multi<sub>key</sub>\> » pour qu'elle
corresponde à la touche « impression d'écran » de mon clavier. Pour
apprendre à redéfinir des touches, consultez :
<https://wiki.archlinux.org/index.php/Keyboard_configuration_in_Xorg#Configuring_compose_key>.
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title: Introduction to Markdown
date: Wed Mar 20 13:57:10 2019
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This document presents a brief overview of the Markdown syntax and
builds on a [presentation from the Github
team](https://guides.github.com/features/mastering-markdown/) and [blog
post from Archer
Reilly](http://csrgxtu.github.io/2015/03/20/Writing-Mathematic-Fomulars-in-Markdown/).
# Table of Contents <span class="tag" data-tag-name="TOC"><span class="smallcaps">TOC</span></span>
- [Syntax](#syntax)
- [Headers](#headers)
- [Emphasis](#emphasis)
- [Lists](#lists)
- [Images](#images)
- [Links](#links)
- [Blockquotes](#blockquotes)
- [Inline code](#inline-code)
- [Writing Math](#writing-math)
- [Greek Letters](#greek-letters)
- [Usual functions and operators](#usual-functions-and-operators)
- [Exponents and indices](#exponents-and-indices)
- [Fractions, binomial coefficients, square roots,
…](#fractions-binomial-coefficients-square-roots-)
- [Summations and integrals](#summations-and-integrals)
- [Outfits ☺](#outfits-smiley)
- [About `markdown`](#about-markdown)
# Syntax
## Headers
``` example
# This is an <h1> tag
## This is an <h2> tag
###### This is an <h6> tag
```
## Emphasis
``` example
*This text will be italic*
_This will also be italic_
**This text will be bold**
__This will also be bold__
_You **can** combine them_
```
## Lists
### Unordered
``` example
- Item 1
- Item 2
- Item 2a
- Item 2b
```
### Ordered
``` example
1. Item 1
2. Item 2
3. Item 3
1. Item 3a
2. Item 3b
```
## Images
``` example
![GitHub Logo](/images/logo.png)
Format: ![Alt Text](url)
```
## Links
``` example
http://github.com - automatic!
[GitHub](http://github.com)
```
## Blockquotes
``` example
As Kanye West said:
> We're living the future so
> the present is our past.
```
## Inline code
```` example
To print some text with python, you should use the `print()` function.
```
print("Hello world!")
```
````
# Writing Math
Math formulas are easy to write using Markdown, either using the
**inline** mode or the **displayed formulas** mode. With the inline
mode, formulas are inlined in the current paragraph whereas with the
displayed mode, they appear as centered and emphasized.
The formatting generally slightly differs in both cases since, to
display nicely on a single line, it is generally required to pack them a
bit more than when they are emphasized.
To write formulas using the **inline** mode, they should be surrounded
by a single `$` (as a consequence, whenever you need to use the original
dollar symbol, you should prefix it with a backslash: `\$`). To write
formulas using the **displayed** mode, they should be surrounded by a
`$$`. Here are a few examples:
``` example
This expression $\sum_{i=1}^n X_i$ is inlined.
```
This expression \(\sum_{i=1}^n X_i\) is inlined.
``` example
This expression is emphasized:
$$\sum_{i=1}^n X_i$$
```
This expression is emphasized:
\[\sum_{i=1}^n X_i\]
In the rest of this section we present a brief selection of common
symbols and commands. Actually, almost any classical LaTeX command can
used as such in Markdown, provided it is surrounded by a `$`. For more
complete examples, please have a look at these ces [examples by James H.
Steiger](http://www.statpower.net/Content/310/R%2520Stuff/SampleMarkdown.html).
## Greek Letters
| Symbol | Command |
| ---------- | ---------- |
| \(\alpha\) | `$\alpha$` |
| \(\beta\) | `$\beta$` |
| \(\gamma\) | `$\gamma$` |
| \(\Gamma\) | `$\Gamma$` |
| \(\pi\) | `$\pi$` |
## Usual functions and operators
| Symbol | Command |
| ----------- | ----------- |
| \(\cos\) | `$\cos$` |
| \(\sin\) | `$\sin$` |
| \(\lim\) | `$\lim$` |
| \(\exp\) | `$\exp$` |
| \(\to\) | `$\to$` |
| \(\in\) | `$\in$` |
| \(\forall\) | `$\forall$` |
| \(\exists\) | `$\exists$` |
| \(\equiv\) | `$\equiv$` |
| \(\sim\) | `$\sim$` |
| \(\approx\) | `$\approx$` |
| \(\times\) | `$\times$` |
| \(\le\) | `$\le$` |
| \(\ge\) | `$\ge$` |
## Exponents and indices
| Symbol | Command |
| ----------- | ----------- |
| \(k_{n+1}\) | `$k_{n+1}$` |
| \(n^2\) | `$n^2$` |
| \(k_n^2\) | `$k_n^2$` |
## Fractions, binomial coefficients, square roots, …
| Symbol | Command |
| ----------------------------- | ----------------------------- |
| \(\frac{4z^3}{16}\) | `$\frac{4z^3}{16}$` |
| \(\frac{n!}{k!(n-k)!}\) | `$\frac{n!}{k!(n-k)!}$` |
| \(\binom{n}{k}\) | `$\binom{n}{k}$` |
| \(\frac{\frac{x}{1}}{x - y}\) | `$\frac{\frac{x}{1}}{x - y}$` |
| \(^3/_7\) | `$^3/_7$` |
| \(\sqrt{k}\) | `$\sqrt{k}$` |
| \(\sqrt[n]{k}\) | `$\sqrt[n]{k}$` |
## Summations and integrals
| Symbol | Command |
| ---------------------------------------------- | ---------------------------------------------- |
| \(\sum_{i=1}^{10} t_i\) | `$\sum_{i=1}^{10} t_i$` |
| \(\int_0^\infty \mathrm{e}^{-x}\,\mathrm{d}x\) | `$\int_0^\infty \mathrm{e}^{-x}\,\mathrm{d}x$` |
## Outfits ☺
| Symbol | Command |
| ----------------------- | ----------------------- |
| \(\hat{a}\) | `$\hat{a}$` |
| \(\bar{a}\) | `$\bar{a}$` |
| \(\dot{a}\) | `$\dot{a}$` |
| \(\ddot{a}\) | `$\ddot{a}$` |
| \(\overrightarrow{AB}\) | `$\overrightarrow{AB}$` |
# About `markdown`
First of all, to know more about `markdown` and its extensions, you may
want to read:
- The « [Élaboration et conversion de documents avec Markdown et
Pandoc](https://enacit1.epfl.ch/markdown-pandoc/) » tutorial by
Jean-Daniel Bonjour (EPFL). A must-read in French…
- The wikipedia article on
[Markdown](https://en.wikipedia.org/wiki/Markdown#Example) provides
a good overview of the `markdown` syntax.
- Github proposes a short and efficient introduction: [Mastering
Markdown](https://guides.github.com/features/mastering-markdown/).
As we explain in the video, `github` and `gitlab` allow you to easily
edit `mardown` documents and to render them in `html`. This is quite
convenient but may be a bit cumbersome for a daily use. You may prefer
to edit these documents with a real editor and later to export them in
whichever format you may like (`html`, `pdf`, `docx`, `epub`, etc).
There are a few editors specifically designed for `markdown` (see for
example the
[Editors](https://github.com/jgm/pandoc/wiki/Pandoc-Extras#editors) page
of the `pandoc` website) but we rather advise you to use a
general-purpose editor that is capable of handling the `markdown`
syntax. A few ones were mentioned in the beginning of the video and
additional information are available in the ["Quelques éditeurs adaptés
à l'édition
Markdown"](https://enacit1.epfl.ch/markdown-pandoc/#editeurs_markdown)
section of Jean-Daniel Bonjour's tutorial.
To convert `markdown` in an "arbitrary" other format, the best solution
today is [Pandoc](http://pandoc.org/), a software developed by John
MacFarlane, a philosopher from de Berkeley, and whose [main page is on
github](https://github.com/jgm/pandoc). J.-D. Bonjour's tutorial
provides many explanations on how to install and use `pandoc` in the
[Utilisation du convertisseur
Pandoc](https://enacit1.epfl.ch/markdown-pandoc/#commande_pandoc)
section. `pandoc` is written in Haskell and may be a bit cumbersome to
install. Therefore, we provide here a few alternative solutions:
- Some websites like <http://www.markdowntopdf.com/> or
<http://markdown2pdf.com/> allow you to convert online `markdown`
files into `pdf` files without having to install anything on your
computer.
- The [CommonMark](http://commonmark.org/) project proposes a rigorous
specification of the `markdown` syntax and converters `markdown` →
`html` / `LaTeX` written in `C` and `JavaScript`
(<https://github.com/CommonMark/CommonMark>).
- You will find on the website of [John
Gruber](https://daringfireball.net/projects/markdown/), the creator
of `markdown`, a `markdown` → `html` converter written in `perl`.
- [MultiMarkdown](http://fletcherpenney.net/multimarkdown/) is another
`markdown` extension that provides its own `markdown` → `html`
converter written in `C`.
- [grip](https://github.com/joeyespo/grip) is a `python`-based server
that allows you to convert on the fly `markdown` documents and to
preview them with your favorite browser (this is quite useful to
avoid useless commits just for the sake of previewing when using
`github` ou `gitlab`).
The `pdf` conversion always relies on
[LaTeX](https://fr.wikipedia.org/wiki/LaTeX), which requires a
full-fledged and running LaTeX installation on your computer.
In the demo, we show how to generate a `docx` from a `markdown` document
with `Pandoc` and we explain that it is then possible to use a word
processor like `LibreOffice` to edit the resulting file. Obviously the
modifications will not be back-propagated to the original `markdown`
document. You may however want to use `Pandoc` again to convert your new
`docx` document to a new `markdown` document.
Another common strategy consists in doing most of the editing of an
article/report in `Markdown` and to export it into a `docx` (or `LaTeX`)
only in the end so as to prepare it for a camera-ready version with a
standard word processing environment (or a `LaTeX` editor).
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# Table des matières
1. [Notes et références sur la séquence 2 : « Un aperçu historique de la prise de notes »](#org382d650)
1. [Références générales](#orgd6af51b)
2. [Sur les tablettes de cires](#org51b3800)
3. [Sur le passage du rouleau (*volumen*) au codex](#orga427d5c)
4. [Sur Eusèbe de Césarée](#org37570fe)
5. [Parallèle chinois](#orgaaa2791)
6. [Retour sur l'armoire à notes](#orga5c9112)
7. [L'index et John Locke](#orgae153c1)
<a id="org382d650"></a>
# Notes et références sur la séquence 2 : « Un aperçu historique de la prise de notes »
<a id="orgd6af51b"></a>
## Références générales
En plus des deux livres déjà cités (en séquence 1) :
- « LA PAGE. DE L'ANTIQUITÉ À L'ÈRE DU NUMÉRIQUE » d'Anthony Grafton (Hazan, 2012) ;
- « [TOO MUCH TO KNOW. Managing Scholarly Information before the Modern Age](https://yalebooks.yale.edu/book/9780300165395/too-much-know) », d'Ann Blair publié chez *Yale University Press* en 2011 ;
j'ai utilisé :
- « L'histoire du livre » de Frédéric Barbier ;
- le remarquable site de Jacques Poitou, [langages écritures typographies](http://j.poitou.free.fr/pro/index.html) ;
- le site [l'aventure des écritures](http://classes.bnf.fr/ecritures/) de la BNF ;
- le catalogue de l'exposition de la BNF « Tous les savoirs du monde : Encyclopédies et bibliothèques de Sumer au XXIème siècle » ;
- « [Du papyrus à l'hypertexte](http://litmedmod.ca/sites/default/files/pdf/vandendorpe-papyrusenligne_lr.pdf) » de Christian Vandendorpe (La Découverte, 1999).
<a id="org51b3800"></a>
## Sur les tablettes de cires
Voir le site de Jacques Poitou (d'où les illustrations sont empruntées) et le livre de Frédéric Barbier, « L'histoire du livre ».
<a id="orga427d5c"></a>
## Sur le passage du rouleau (*volumen*) au codex
Voir le livre de Frédéric Barbier, celui d'Anthony Grafton.
Le *volumen* est un livre à base de feuilles de papyrus collées les unes aux autres et qui s'enroule sur lui-même. Il a été créé en Égypte vers 3000 av. J.-C. Le texte est rédigé en colonnes parallèles assez étroites. C'est le support du texte par excellence durant les trente siècles précédant notre ère, d'abord en Égypte, puis dans tout le monde méditerranéen.
Comme l'explique Frédéric Barbier : « La forme du *volumen* impose une pratique de lecture complexe : il faut dérouler (*explicare*) et enrouler en même temps, ce qui interdit par exemple, de travailler simultanément sur plusieurs rouleaux (un texte et son commentaire) ou de prendre des notes, impose une lecture suivie et empêche la simple consultation. »
Le *volumen* n'est clairement pas adapté à une lecture « nomade » ; imagine-t-on Ulysse partant pour son Odyssée avec les 24 *volumen* de l'Iliade ?
Le *volumen* est à l'origine du terme « volume » dans un « livre en plusieurs volumes » comme dans la désignation du concept géométrique.
Le passage au codex repose sur deux innovations :
- la collection des tablettes de cires en « groupes reliés » ;
- la généralisation du parchemin (peau, généralement, de mouton spécialement préparée) au détriment du papyrus. Cette généralisation résulte une lutte pour l'hégémonie culturelle entre deux descendants de généraux d'Alexandre le Grand, en effet d'après Pline l'ancien : [Ptolémé Épiphane](https://fr.wikipedia.org/wiki/Ptol%C3%A9m%C3%A9e_V) d'Alexandrie cherchait à empêcher [Eumène II](https://fr.wikipedia.org/wiki/Eum%C3%A8ne_II) d'établir une bibliothèque à Pergame (au 2e siècle avant J.-C.) et avait interdit l'exportation du papyrus (produit exclusivement en Égypte), ce qui incita Eumène à chercher un substitut qui devint le parchemin.
Le remplacement du rouleau par le codex aura des conséquences majeures sur l'organisation du livre ainsi que sur la façon de lire et il permettra le développement ultérieur de l'imprimerie.
La principale révolution introduite par le codex est la notion de page. Grâce à elle, le lecteur peut accéder de manière directe à un chapitre ou à un passage du texte, alors que le rouleau impose une lecture continue. **Les mots ne sont de plus pas séparés par des espaces**. Comme l'écrit Collette Sirat : « Il faudra vingt siècles pour qu’on se rende compte que l’importance primordiale du codex pour notre civilisation a été de permettre la lecture sélective et non pas continue, contribuant ainsi à l’élaboration de structures mentales où le texte est dissocié de la parole et de son rythme. »
Au fil des siècles, le codex — qu'on désigne le plus souvent comme un manuscrit — va évoluer et se donner peu à peu les attributs du livre moderne : séparation entre les mots (VIIe siècle), début de ponctuation (VIIIe siècle), table des matières, titre courant, marque de paragraphe (XIe siècle), pagination, index (XIIIe siècle), etc.
Un point intéressant : le contenu de la Thora est « fixé » avant l'apparition du codex et, aujourd'hui encore, la Thora est écrite sur des *volumen* (dans les synagogues au moins). La religion chrétienne se développe en même temps que le codex, adopte ce support et le répand ; elle ne donnera jamais au *volumen* un statut « supérieur », pas plus que ne le fera la religion musulmane.
<a id="org37570fe"></a>
## Sur Eusèbe de Césarée
Pour en savoir plus sur [Eusèbe de Césarée](https://fr.wikipedia.org/wiki/Eus%C3%A8be_de_C%C3%A9sar%C3%A9e), consultez le passionnant deuxième chapitre du livre d'Anthony Grafton.
<a id="orgaaa2791"></a>
## Parallèle chinois
Comme je le dis, mon inculture fait que je ne rends pas justice aux contributions chinoises, musulmanes, précolombienne, etc. J'essaierai de combler cette énorme lacune pour les seconde version du CLOM&#x2026;
Ce que je dis sur le passage du volumen au codex accompagné d'un développement des « outils de navigation » (index, table des matières, etc) en Chine lors du développement de leishus vient du bouquin d'Ann Blair (p. 31) qui cite un article de Susan Cherniack, « Book Culture and Textual Transmission in Sung China », *Harvard Journal of Asiatic Studies* Vol. 54, No. 1 (Jun., 1994), pp. 5-125.
<a id="orga5c9112"></a>
## Retour sur l'armoire à notes
Nous revenons sur le « bout de papier » ou la fiche comme support de note. L'inconvénient est que le bout de papier ou la fiche se perdent facilement et ne servent à rien s'ils ne sont pas **classés** en plus d'être rangés. Problème résolu par l'armoire de Placcius. D'une certaine façon, sa conception fait qu'on accède à son contenu par l'index.
L'avantage est que les notes peuvent être réorganisées si elles contiennent des information sur plusieurs sujets. Elle peuvent aussi être directement collées dans un livre lors de la composition d'un florilège ou d'un ouvrage de synthèse.
Ce dernier procédé était très couramment employé par les humanistes et les érudit de la renaissance et du début de la période moderne. [Conrad Gessner](https://fr.wikipedia.org/wiki/Conrad_Gessner) (1516-1565) était un champion de cette technique ; il obtenait même parfois ses fiches en découpant les pages des livres. Encore une fois, ne faites pas cela avec les livres de bibliothèques !
<a id="orgae153c1"></a>
## L'index et John Locke
Sur l'origine de l'index, on pourra lire l'article de Jean Berger : [Indexation, Memoire, pouvoir et representations au seuil du XIIe siecle : La redecouverte des feuillets de tables du Liber De Honoribus, premier cartulaire de la collegiale Saint-Julien de Brioude](https://www.theindexer.org/files/25-2-berger.pdf), *The Indexer*.
La méthode de John Lock est expliquée dans l'article *Indexing commonplace books: John Locke’s method* d'Alan Walker, [The Indexer](https://www.theindexer.org/issues/query.php?vol=22&iss=3), vol. 22, p. 114-118, 2001.
Sur [John Locke](https://fr.wikipedia.org/wiki/John_Locke) (1632-1704) « papa du libéralisme » et actionnaire de la *Royal African Company* principale compagnie négrière britannique, voir l'article [Wikipedia](https://en.wikipedia.org/wiki/John_Locke#Constitution_of_Carolina) (en anglais) et le livre « Contre-histoire du libéralisme » de Domenico Losurdo (La Découverte / Poche, 2014, p. 34-36).
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# Table des matières
1. [Notes et références sur la séquence 3 : « Du fichier texte au langage de balisage léger »](#orge633e7c)
1. [Fichier texte et éditeur de texte](#org8baa6c7)
2. [Le cas du fichier `PDF` ouvert avec un éditeur de texte](#org66a1b0c)
3. [Sur l'UTF-8](#org366381c)
<a id="orge633e7c"></a>
# Notes et références sur la séquence 3 : « Du fichier texte au langage de balisage léger »
<a id="org8baa6c7"></a>
## Fichier texte et éditeur de texte
Une définition plus technique (et moins circulaire !) du fichier texte se trouve sur [la page wikipédia](https://fr.wikipedia.org/wiki/Fichier_texte) consacrée au sujet. Pour plus de détails sur les éditeurs de texte, voir aussi la [page wikipédia correspondante](https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89diteur_de_texte).
Un logiciel de « [traitement de texte](https://fr.wikipedia.org/wiki/Traitement_de_texte) » est plus sophistiqué qu'un simple éditeur de texte ; il permet de faire plus, ce qui sous entend qu'il peut aussi ouvrir et manipuler des fichiers textes.
\*Attention\* : le format « natif » des traitements de texte est rarement un format texte. Les fichiers `doc` et `docx` de `Word` et `odt` de `LibreOffice` *ne sont pas des fichiers textes*.
<a id="org66a1b0c"></a>
## Le cas du fichier `PDF` ouvert avec un éditeur de texte
Dans le cours filmé, j'utilise l'exemple du [PDF](https://en.wikipedia.org/wiki/Portable_Document_Format) — je donne l'adresse de la page wikipedia en anglais, bien plus complète que celle en français — ouvert avec un éditeur de texte pour montrer que le fichier ne peut pas être visualisé avec un tel logiciel, il faut un logiciel de rendu dédié comme `Adobe Reader`, `Evince`, `MuPDF`, `Aperçu`,&#x2026; Vous remarquez néanmoins que le début du fichier contient du texte (la première ligne nous apprend que le fichier utilise la version 1.3 du format `PDF`). Cette partie au format texte du fichier contient les méta-données — qui ne sont pas montrées, en tout cas pas directement, par les logiciels de rendu. Ces méta-données sont (en partie) au format [XMP](https://en.wikipedia.org/wiki/Extensible_Metadata_Platform) (*Extensible Metadata Platform*), nous y reviendrons dans la cinquème séquence.
<a id="org366381c"></a>
## Sur l'UTF-8
Une table des symboles UTF-8, avec leur code se trouve à l'adresse : <http://www.utf8-chartable.de/>. C'est pratique pour insérer un symbole pas très courant comme la lettre « TLO » : Ꮰ de la langue cherokee, ou le symbole mathématique ∀, « pour tout ».
Pour ceux qui doivent souvent utiliser des lettres grecs (par exemple pour écrire des équations), il est possible sous Linux de (re)définir des combinaisons de touches pour générer directement les dites lettres. Ces combinaisons sont définies dans le fichier `.XCompose`, le début de mon fichier contient :
# On charge la base de donnée de Compose la plus complète en UTF-8
include "/usr/share/X11/locale/en_US.UTF-8/Compose"
# espace insécable fine
<Multi_key> <Multi_key> <Space> : " " U202F
# Lettres greques
<Multi_key> <space> <a> : "α" Greek_alpha
<Multi_key> <space> <A> : "Α" Greek_ALPHA
<Multi_key> <space> <b> : "β" Greek_beta
<Multi_key> <space> <B> : "Β" Greek_BETA
<Multi_key> <space> <g> : "γ" Greek_gamma
<Multi_key> <space> <G> : "Γ" Greek_GAMMA
<Multi_key> <space> <d> : "δ" Greek_delta
<Multi_key> <space> <D> : "Δ" Greek_DELTA
<Multi_key> <space> <e> : "ε" Greek_epsilon
<Multi_key> <space> <E> : "Ε" Greek_EPSILON
<Multi_key> <space> <z> : "ζ" Greek_zeta
<Multi_key> <space> <Z> : "Ζ" Greek_ZETA
<Multi_key> <space> <h> : "η" Greek_eta
J'ai en plus redéfini la « <Multi<sub>key</sub>> » pour qu'elle corresponde à la touche « impression d'écran » de mon clavier. Pour apprendre à redéfinir des touches, consultez : <https://wiki.archlinux.org/index.php/Keyboard_configuration_in_Xorg#Configuring_compose_key>.
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# Table of Contents
1. [Séquence 1](#org89df9e0)
2. [Séquence 2](#org45e2627)
3. [Séquence 3](#org7d9ab98)
4. [Séquence 4](#org6f03fc8)
5. [Sèquence 5](#org95c7511)
<a id="org89df9e0"></a>
# Séquence 1
- Quelques exemples, célèbres et moins célèbres, de prise de notes.
- Some famous and less famous examples of note-taking.
<a id="org45e2627"></a>
# Séquence 2
- Une courte histoire de la navigation dans le livre et les notes.
- A brief history of navigation within the book and notes.
<a id="org7d9ab98"></a>
# Séquence 3
- L'intérêt des fichiers textes et des langages de balisage légers.
- Why should we use text fromats and ligthweight markup languages?
<a id="org6f03fc8"></a>
# Séquence 4
- Comment archiver des notes tout en les faisant évoluer ? L'intérêt des logiciels de gestion de version.
- How to archive notes while letting them evolve? The case for version control systems.
<a id="org95c7511"></a>
# Sèquence 5
- S'y retrouver dans ses notes avec des mots-clés et un moteur de recherche de bureau.
- Finding one's way in a large notes collection with key-words and desktop search software.
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title: Document Examples
author: Arnaud Legrand
date: Wed Mar 20 13:03:17 2019
---
# Table of Contents <span class="tag" data-tag-name="TOC"><span class="smallcaps">TOC</span></span>
- [Examples from the Video](#examples-from-the-video)
- [Other examples](#other-examples)
# Examples from the Video
In the MOOC video, I quickly demo how org-mode can be used in various
contexts. Here are the (sometimes trimmed) corresponding org-files.
These documents depend on many other external data files and are not
meant to lead to reproducible documents but it will give you an idea of
how it can be organized:
1. [journal.org](journal.org): an excerpt (I've only left a few code
samples and links to some resources on R, Stats, …) from my own
journal. This is a personal document where everything (meeting
notes, hacking, random thoughts, …) goes by default. Entries are
created with the `C-c c` shortcut.
2. [labbook<sub>single</sub>.org](labbook_single.org): this is an
excerpt from the laboratory notebook [Tom
Cornebize](https://cornebize.net/) wrote during his Master thesis
internship under my supervision. This a personal labbook. I consider
this notebook to be excellent and was the ideal level of details for
us to communicate without any ambiguity and for him to move forward
with confidence.
3. [paper.org](paper.org): this is an ongoing paper based on the
previous labbook of Tom Cornebize. As such it is not reproducible as
there are hardcoded paths and uncleaned dependencies but writing it
from the labbook was super easy as we just had to cut and paste the
parts we needed. What may be interesting is the organization and the
org tricks to export to the right LaTeX style. As you may notice, in
the end of the document, there is a commented section with emacs
commands that are automatically executed when opening the file. It
is an effective way to depend less on the `.emacs/init.el` which is
generally customized by everyone.
4. [labbook<sub>several</sub>.org](labbook_several.org): this is a
labbook for a specific project shared by several persons. As a
consequence it starts with information about installation, common
scripts, has section with notes about all our meetings, a section
with information about experiments and an other one about analysis.
Entries could have been labeled by who wrote them but there were
only a few of us and this information was available in git so we did
not bother. In such labbook, it is common to find annotations
indicating that such experiment was `:FLAWED:` as it had some
issues.
5. [technical<sub>report</sub>.org](technical_report.org): this is a
short technical document I wrote after a colleague sent me a PDF
describing an experiment he was conducting and asked me about how
reproducible I felt it was. It turned out I had to cut and paste the
C code from the PDF, then remove all the line numbers and fix
syntax, etc. Obviously I got quite different performance results but
writing everything in org-mode made it very easy to generate both
HTML and PDF and to explicitly explain how the measurements were
done.
# Other examples
Here are a few links to other kind of examples:
- Slides: all my slides for a series of lectures is available here:
<https://github.com/alegrand/SMPE>. Here is a [typical
source](https://raw.githubusercontent.com/alegrand/SMPE/master/lectures/lecture_central_limit_theorem.org)
and the [resulting
PDF](https://raw.githubusercontent.com/alegrand/SMPE/master/lectures/lecture_central_limit_theorem.pdf)
- Lucas Schnorr, a colleague, maintains:
- a set of templates for various computer science
journals/conferences:
[IEEE](https://github.com/schnorr/ieeeorg),
[Wiley](https://github.com/schnorr/wileyorg),
[ACM](https://github.com/schnorr/acmorg),
[LNCS](https://github.com/schnorr/llncsorg)
- his lecture on programming languages for undergrads:
<https://github.com/schnorr/mlp/tree/master/conteudo>
- John Kitchin is an expert org-mode user and he maintains a very
interesting [blog with many interesting
tips](http://kitchingroup.cheme.cmu.edu/blog/). You may want to
check this [seminar he gave at
SciPy](https://www.youtube.com/watch?v=IsSMs-4GlT8&list=FLQp2VLAOlvq142YN3JO3y8w&app=desktop).
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title: Computational Documents
date: Wed Mar 20 13:19:19 2019
---
This document gathers most references mentioned in the videos. This is a
rather crude
list.
# Table of Contents <span class="tag" data-tag-name="TOC"><span class="smallcaps">TOC</span></span>
- [M2-S0: Computational Documents](#m2-s0-computational-documents)
- [M2-S1: A few Recent Controversial
Studies](#m2-s1-a-few-recent-controversial-studies)
- [Economy: Austerity in Fiscal
Policy](#economy-austerity-in-fiscal-policy)
- [Functional MRI](#functional-mri)
- [Incorrect Protein Structures](#incorrect-protein-structures)
- [Other domains](#other-domains)
- [M2-S2: Why is This so Difficult?](#m2-s2-why-is-this-so-difficult)
- [Mistakes](#mistakes)
- [Going Public?](#going-public)
- [M2-S3: Computational Documents:
Principles](#m2-s3-computational-documents-principles)
- [M2-S5: Collaborating](#m2-s5-collaborating)
- [Preparing a Document for a Journal or a
Conference](#preparing-a-document-for-a-journal-or-a-conference)
- [M2-S6: Comparative Study](#m2-s6-comparative-study)
- [Exemples of Org-Mode
documents](#exemples-of-org-mode-documents)
# M2-S0: Computational Documents
# M2-S1: A few Recent Controversial Studies
## Economy: Austerity in Fiscal Policy
- [Reinhart et
Rogoff](https://en.wikipedia.org/wiki/Growth_in_a_Time_of_Debt):
*Growth in a Time of Debt*
- Herndon, Ash et Pollin
- Wray: combining data across centuries, exchange rate regimes,
## Functional MRI
- 2010: [Bennett et al. and the dead
salmon](https://www.researchgate.net/publication/255651552_Neural_correlates_of_interspecies_perspective_taking_in_the_post-mortem_Atlantic_Salmon_an_argument_for_multiple_comparisons_correction)
☺
- 2016: [Eklund, Nichols, and
Knutsson](http://www.pnas.org/content/113/28/7900.abstract). [A bug
in fmri software could invalidate 15 years of brain
research](http://www.sciencealert.com/a-bug-in-fmri-software-could-invalidate-decades-of-brain-research-scientists-discover)
(*40 000 articles*)
- 2016: But it's [more subtle than it looks
like](https://www.cogneurosociety.org/debunking-the-myth-that-fmri-studies-are-invalid/).
[Nichols](http://blogs.warwick.ac.uk/nichols/entry/bibliometrics_of_cluster/).
*≈ 3 600 impacted studies*
## Incorrect Protein Structures
[A "buggy
software"](https://people.ligo-wa.caltech.edu/~michael.landry/calibration/S5/getsignright.pdf).
## Other domains
- [Oncology](http://www.nature.com/nrd/journal/v10/n9/full/nrd3439-c1.html?foxtrotcallback=true):
"*half of published studies, even in prestigious journals, can't be
reproduced in industrial
labs*"
- [Psychology](http://theconversation.com/we-found-only-one-third-of-published-psychology-research-is-reliable-now-what-46596):
"*attempting to reproduce 100 previously published findings*, *only
one-third of published psychology research was found to be
reliable*"
# M2-S2: Why is This so Difficult?
## Mistakes
- [Computers broke
science](http://theconversation.com/how-computers-broke-science-and-what-we-can-do-to-fix-it-49938)
- [Programming and data manipulation mistakes in
Genomics](https://qz.com/768334/years-of-genomics-research-is-riddled-with-errors-thanks-to-a-bunch-of-botched-excel-spreadsheets/)
## Going Public?
- Someone may [benefit from my hard
work](http://www.nature.com/news/the-top-100-papers-1.16224)
# M2-S3: Computational Documents: Principles
# M2-S5: Collaborating
## Preparing a Document for a Journal or a Conference
Requirements for producing a **pdf**:
- Internally, *pandoc*, *knitr* or *emacs/org-mode*
- *LaTeX* should be installed
- <http://blog.juliusschulz.de/blog/ultimate-ipython-notebook>
- <https://github.com/kirbs-/hide_code> is a
must-have
- <http://svmiller.com/blog/2016/02/svm-r-markdown-manuscript/>
- <https://github.com/balouf/Kleinberg/blob/master/KleinbergsGridSimulator.ipynb>
# M2-S6: Comparative Study
## [Exemples of Org-Mode documents](../ressources/orgmode_examples/README.org)
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module4/ressources/resources_refs.md deleted 100644 → 0
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