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module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.ipynb

@@ -9,7 +9,7 @@
   },
   {
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-   "execution_count": null,
+   "execution_count": 2,
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    "outputs": [],
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@@ -28,10 +28,8 @@
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   {
    "cell_type": "code",
-   "execution_count": null,
-   "metadata": {
-    "collapsed": true
-   },
+   "execution_count": 3,
+   "metadata": {},
    "outputs": [],
    "source": [
     "data_url = \"http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv\""
@@ -54,8 +52,77 @@
     "| inc100_low     | Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) |\n",
     "| inc100_up      | Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) |\n",
     "| geo_insee      | Code de la zone géographique concernée (Code INSEE) http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/                            |\n",
-    "| geo_name       | Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis)                                                       |\n",
-    "\n",
+    "| geo_name       | Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis)                                                       |"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
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+   "source": [
+    "Pour des raisons de durabilité dans le temps, de performance et de reproductibilité, on préfère utiliser le fichier télécharger."
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 29,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [],
+   "source": [
+    "#data_file = r\"C:\\Users\\jeremy.duval\\Documents\\formations\\exo\\MOOC repro\\module 3\\exo 1\\incidence-PAY-3.csv\"\n",
+    "data_file = os.path.join('C:' + os.sep, 'Users', 'jeremy.duval', 'Documents', 'formations', 'exo', 'MOOC repro', 'module 3', 'exo 1', 'incidence-PAY-3.csv')"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "Vérification de l'existance du fichier local"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 32,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [
+    {
+     "name": "stdout",
+     "output_type": "stream",
+     "text": [
+      "/home/jovyan/work/module3/exo1\n"
+     ]
+    }
+   ],
+   "source": [
+    "import os\n",
+    "print(os.getcwd())"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 33,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [
+    {
+     "ename": "OSError",
+     "evalue": "File C:/Users/jeremy.duval/Documents/formations/exo/MOOC repro/module 3/exo 1/incidence-PAY-3.csv not found.",
+     "output_type": "error",
+     "traceback": [
+      "\u001b[0;31m---------------------------------------------------------------------------\u001b[0m",
+      "\u001b[0;31mOSError\u001b[0m                                   Traceback (most recent call last)",
+      "\u001b[0;32m<ipython-input-33-ce19457fba16>\u001b[0m in \u001b[0;36m<module>\u001b[0;34m\u001b[0m\n\u001b[1;32m      1\u001b[0m \u001b[0;32mif\u001b[0m \u001b[0;32mnot\u001b[0m \u001b[0mos\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mpath\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mexists\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mdata_file\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m----> 2\u001b[0;31m     \u001b[0;32mraise\u001b[0m \u001b[0mIOError\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0;34m\"File \"\u001b[0m \u001b[0;34m+\u001b[0m \u001b[0mdata_file\u001b[0m \u001b[0;34m+\u001b[0m \u001b[0;34m\" not found.\"\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m",
+      "\u001b[0;31mOSError\u001b[0m: File C:/Users/jeremy.duval/Documents/formations/exo/MOOC repro/module 3/exo 1/incidence-PAY-3.csv not found."
+     ]
+    }
+   ],
+   "source": [
+    "if not os.path.exists(data_file):\n",
+    "    raise IOError(\"File \" + data_file + \" not found.\")"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
     "La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skiprows=1`."
    ]
   },
@@ -65,7 +132,7 @@
    "metadata": {},
    "outputs": [],
    "source": [
-    "raw_data = pd.read_csv(data_url, skiprows=1)\n",
+    "raw_data = pd.read_csv(data_file, skiprows=1)\n",
     "raw_data"
    ]
   },
@@ -364,7 +431,7 @@
    "name": "python",
    "nbconvert_exporter": "python",
    "pygments_lexer": "ipython3",
-   "version": "3.6.1"
+   "version": "3.6.4"
   }
  },
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