Update md2_doc_computationnel.md

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...@@ -135,3 +135,38 @@ Recherche reproductible = pouvoir aller dans les 2 sens ...@@ -135,3 +135,38 @@ Recherche reproductible = pouvoir aller dans les 2 sens
* `export results` VS `export both` * `export results` VS `export both`
* __difficulté/ avantage principal : maîtriser les raccourcis clavier !!__ * __difficulté/ avantage principal : maîtriser les raccourcis clavier !!__
## Travailler avec les autres
* produire un document publiable à partir d'un document computationnel demande env parfaitement configuré !
* convaincre co-auteurs :
* co auteurs enthousiastes => faire le service après vente (vérifier même résultat quel que soit la machine)
* co auteur veuillent s'investir juste _a minima_ : ils peuvent simplement modifier le texte en md et pas recalculer ou exporter le document final
* co auteur qui ne changent pas leurs habitudes : alors avoir 1 doc computationnel et 1 doc qui inclut les figures générées
* **tout doit être recalculable dans document computationnel**
* partager son document avec des collègues
* dropbox etc : pb de controle d'acces
* gitlab : rendre dépot public => **nettoyer l'historique avant** (par exemple stockage de documents sous copyrights etc), mieux
* de l'avoir à l'esprit dès le départ !
* archives ouvertes : HAL, Figshare/zenodo (CERN)
## Analyse comparée des différents outils
* cours ou tutoriel => notebook Jupyter
* constuire la solution au fur et à mesure
* journal => orgmode
* un seul auteur, chronologique, étiquette, liens
* contient typiquement notes de réunions, bouts de code exécutables
* recherche facile avec les étiquettes
* cahier de laboratoire => orgmode
* organisation sémantique avec conventions d'éditions du document
* sections expériences /analyses, etc
* plusieurs auteurs
* article reproductible => orgmode, difficile avec Jupyter
* possibilité de regénérer des figures, revenir aux sources
* section cachées avec les morceaux de code pour générer les figures
* export en latex possible directement
* conclusion : Jupyter plus facile à prendre en main, orgmode plus puissant, y compris pour la navigation
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