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4948e2be863f29db6b9ee51fc8f40394
mooc-rr
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160875bb
Commit
160875bb
authored
Oct 18, 2020
by
4948e2be863f29db6b9ee51fc8f40394
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journal/md2_doc_computationnel.md
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160875bb
...
@@ -135,3 +135,38 @@ Recherche reproductible = pouvoir aller dans les 2 sens
...
@@ -135,3 +135,38 @@ Recherche reproductible = pouvoir aller dans les 2 sens
*
`export results`
VS
`export both`
*
`export results`
VS
`export both`
*
__difficulté/ avantage principal : maîtriser les raccourcis clavier !!__
*
__difficulté/ avantage principal : maîtriser les raccourcis clavier !!__
## Travailler avec les autres
*
produire un document publiable à partir d'un document computationnel demande env parfaitement configuré !
*
convaincre co-auteurs :
*
co auteurs enthousiastes => faire le service après vente (vérifier même résultat quel que soit la machine)
*
co auteur veuillent s'investir juste _a minima_ : ils peuvent simplement modifier le texte en md et pas recalculer ou exporter le document final
*
co auteur qui ne changent pas leurs habitudes : alors avoir 1 doc computationnel et 1 doc qui inclut les figures générées
*
**tout doit être recalculable dans document computationnel**
*
partager son document avec des collègues
*
dropbox etc : pb de controle d'acces
*
gitlab : rendre dépot public =>
**nettoyer l'historique avant**
(par exemple stockage de documents sous copyrights etc), mieux
*
de l'avoir à l'esprit dès le départ !
*
archives ouvertes : HAL, Figshare/zenodo (CERN)
## Analyse comparée des différents outils
*
cours ou tutoriel => notebook Jupyter
*
constuire la solution au fur et à mesure
*
journal => orgmode
*
un seul auteur, chronologique, étiquette, liens
*
contient typiquement notes de réunions, bouts de code exécutables
*
recherche facile avec les étiquettes
*
cahier de laboratoire => orgmode
*
organisation sémantique avec conventions d'éditions du document
*
sections expériences /analyses, etc
*
plusieurs auteurs
*
article reproductible => orgmode, difficile avec Jupyter
*
possibilité de regénérer des figures, revenir aux sources
*
section cachées avec les morceaux de code pour générer les figures
*
export en latex possible directement
*
conclusion : Jupyter plus facile à prendre en main, orgmode plus puissant, y compris pour la navigation
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