Update md2_doc_computationnel.md document computationnel

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......@@ -3,10 +3,13 @@
Constat : Vitrine (résultats) bien différent de l'envers du décor (calculs, souvent plus désorganisé)
Notes sur les outils
* Jupyter intégré au gitlab
* Jupyter intégré au gitlab => pour python, julia, R
* export basé sur pandoc
* Rstudio à installer et communiquer avec gitlab, pour R
* OrgMode : le plus puissant , nécessite emacs
* export basé sur pandac
* OrgMode : le plus puissant , nécessite emacs, un peu plus dur à apprendre=> permet de combiner différents langages
* export pleinement personnalisable (obligatoire)
* capacité à écrire directement du latex qui sera passé tel quel lors de l'export
## Exemples de travaux aux résultats controversés
* article en économie ayant conduit à des politiques d'austérité
......@@ -30,7 +33,7 @@ Notes sur les outils
1. manque de données
* sources, données
* choix non expliqués suspicieux => garder dans le cahier de lab
2. erreurs dues aux ordinateurs
2. erreurs dues aux ordinateurs => erreurs de calcul
* logiciels propriétaires boites noires point and click, ou macro excel etc...
* _mauvais utilisation des tableurs_
* __on doit avoir confiance en chaque brique__
......@@ -45,5 +48,44 @@ Notes sur les outils
* quelqu'un peut trouver une erreur
* quelqu'un peut tirer avantage à ma place
* se donner les moyens que tout soit __inspectable__
### Outils à éviter et alternatives
* outils propriétaires à éviter VS logiciels libres
* _markown, orgmode_ VS _excel,word_
* langages libres
* utiliser formats textes et non binaires => meilleure durabilité
* ne pas être soumis aux restrictions d'un seul hebergeur
* __gitlab__ VS dropbox
## Le document computationnel : principes
Science moderne :
1. données
2. analyse, visualisations => parfois retours au données
3. publication = partie émergée de l'iceberg
Recherche reproductible = pouvoir aller dans les 2 sens
### Objectifs du document
* inspecter
* refaire : vérifier, corriger, réutiliser
### Caractéristiques
* vitrine : comme un article au format pdf
* envers du décor : notebook jupyter par exemple
* éditeur interactif
* différents fragments de code avec résultats
* images/ graphes
* on peut choisir les parties à partager ou non
* __1 seul document avec explication code résultat__
* export possible
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