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journal/Research_and_Reproductibility_mooc_notes.md

@@ -16,12 +16,14 @@
 - Reproductibilité indirecte ou hypothétique
   - relatif aux recherches et activités scientifiques qui ont en commun d'être impossibles à standardiser complètement
 - Reproductibilité par expertise (expériences non-standard et objets de recherche rares
-  - « l'expertise reproductible se définit comme la compréhension qu'un expérimentateur qualifié travaillant avec des méthodes similaires sur les mêmes matériaux à ce moment et cet endroit précis produirait des résultats similaires »
+  - « l'expertise reproductible se définit comme la compréhension qu'un expérimentateur qualifié travaillant avec des\
+  méthodes similaires sur les mêmes matériaux à ce moment et cet endroit précis produirait des résultats similaires »
 - Observation Reproductible: Études de Cas Non-expérimentales
   - domaine des sciences de l’observation (ex. sociologie, radiologie)
   - expertise est clé dans l’observation « reproductible »
 - Recherche Non-Reproductible: Observation Participante
-  - activités scientifiques où "l'idée même de reproductibilité est écartée au profit de la subjectivité, et d'une dépendance inévitable du contexte pour les résultats de recherche"
+  - activités scientifiques où "l'idée même de reproductibilité est écartée au profit de la subjectivité, et d'une\
+  dépendance inévitable du contexte pour les résultats de recherche"
 
 
 **Les étiquettes et outils d’indexation :**
@@ -57,25 +59,22 @@ choix non expliqués --> choix suspicieux
 
 **Logiciel "point&clic"**
 
-Les logiciels "point&clic" qui sont faciles d'utilisation mais dont le détail\
-des calculs, des paramètres etc ne sont pas accessibles, où se qui se passe\
-derrière est caché. Ces logiciels dont l'usage premier peut être détourné,\
-ce qui crée de potentiels postes d'erreurs.\
+Les logiciels "point&clic" qui sont faciles d'utilisation mais dont le détail des calculs, des paramètres etc\
+ne sont pas accessibles, où se qui se passe derrière est caché. Ces logiciels dont l'usage premier peut être détourné,\
+ce qui crée de potentiels postes d'erreurs.
 
 **Tableurs, erreurs de programmation et de manipulation des données**
 
-Un exemple typique sont les tableurs excel et en particulier ceux, \
-utilisant des macros. De plus, pour certaines valeurs, le comportement\
-par défaut du logiciel peut les interprêter de mauvaise manière.\
+Un exemple typique sont les tableurs excel et en particulier ceux, utilisant des macros. De plus, pour certaines valeurs,\
+le comportement par défaut du logiciel peut les interprêter de mauvaise manière.\
 Par exemple:
 - le nom commun d'un gêne MARCH1 interprêtée comme une date,
 - un identifiant de gêne interpêter comme un chiffre
 
 **Pile logicielle complexe**
 
-logiciels propriétaires ("boîte noire") dont on ne maîtrise pas le contenu et \
-qui applique aveuglément des procédures de calcul et de transformation de \
-données.
+logiciels propriétaires ("boîte noire") dont on ne maîtrise pas le contenu et qui applique aveuglément des procédures de calcul\
+et de transformation de données.
 
 **Bugs de programmation**
 
@@ -85,13 +84,11 @@ Erreurs peuvent venir de programmes "maison"
 
 1. Pas de Backup
 
-Stockage ne coûte plus rien, mais cela n'empêche que la sauvegarde des données \
-est souvent mal assurée.
+Stockage ne coûte plus rien, mais cela n'empêche que la sauvegarde des données est souvent mal assurée.
 
 2. Pas d'historique
 
-En l'absence de mécanismes de gestion version,  il est courant de remplacer par\
-inadvertance d'anciennes données par de nouvelles.\
+En l'absence de mécanismes de gestion version,  il est courant de remplacer par inadvertance d'anciennes données par de nouvelles.\
 --> plus d'accès aux anciennes observations.
 
 3. Pas de contrôle qualité
@@ -102,11 +99,9 @@ Bonnes pratiques de revue de code, l'intégration continue rarement appliquées
 4. Dimension culturelle et sociale
 
 Un article est une version simplifié et intelligible des résultats : "publicité"\
-Une description haut-niveau est essentielle (permet de prendre du recul) mais \
-elle est devenue la norme alors que le niveau de technicité de la recherche \
-actuelle est bien trop élevé pour qu'il soit possible de donner dans un doc \
-de 8 à 10 pages toutes les informations permettant de refaire les expériences \
-et analyses.
+Une description haut-niveau est essentielle (permet de prendre du recul) mais elle est devenue la norme alors que le niveau\
+de technicité de la recherche actuelle est bien trop élevé pour qu'il soit possible de donner dans un doc de 8 à 10 pages\
+toutes les informations permettant de refaire les expériences et analyses.
 
   * Description du protocole expérimental souvent assez succinte,
   * Données généralement trop nombreuses pour être données in extinso.\
@@ -121,27 +116,22 @@ Idées reçues
 
 * Faiblesses deviendraient évidentes
 
-Si je donne accès à tout --> résultats n'apparaîtront pas aussi parfaits que ce \
-qu'ils étaient prétendus être. Risque d'être considéré comme un peu sale, \
-pas assez rigoureux, que l'on dise que les résultats présentés ont été sélectionnés \
-mais c'est la réalité et ce n'est pas un cas isolé.\
-Dans un domaine où la réputation est essentielle --> plus d'intérêt à le montrer.\
+Si je donne accès à tout --> résultats n'apparaîtront pas aussi parfaits que ce qu'ils étaient prétendus être. Risque d'être considéré\
+comme un peu sale, pas assez rigoureux, que l'on dise que les résultats présentés ont été sélectionnés mais c'est la réalité \
+et ce n'est pas un cas isolé. Dans un domaine où la réputation est essentielle --> plus d'intérêt à le montrer.\
 Le cacher finira par paraître suspicieux et pourra nuire à la réputation.
 
 * Quelqu'un pourrait trouver une erreur
 
-Si je révèle tout, quelqu'un peut potentiellement trouver une erreur.
---> tout le monde fait des erreurs mêmes des chercheurs de renom.\
+Si je révèle tout, quelqu'un peut potentiellement trouver une erreur. --> tout le monde fait des erreurs mêmes des chercheurs de renom.\
 Mieux vaut trouver une erreur afin de rendre les travaux correctes.
 
 * Quelqu'un pourrait en tirer un avantage à ma place
 
-Si je rends public mes données ou mon code, un risque est qu'un autre chercheur\
-utilise mes données ou mon code pour écrire plusieurs articles alors que j'en \
-aurais publier qu'un. --> si réutilisation, citation de votre travail est obligatoire\
+Si je rends public mes données ou mon code, un risque est qu'un autre chercheur utilise mes données ou mon code pour écrire plusieurs\
+articles alors que j'en aurais publier qu'un. --> si réutilisation, citation de votre travail est obligatoire.
 
-Article les plus cités : présentation de contributions méthodologique ou\
-logiciels devenus essentiels dans un domaine.\
+Article les plus cités : présentation de contributions méthodologique ou logiciels devenus essentiels dans un domaine.\
 --> il ne faut pas négliger l'intérêt de donner l'accès à sa communauté.\
 GitHub (à mi-chemin entre plateforme de dév et réseau social) --> sorte de \
 carte de visite pour un développeur.
@@ -150,3 +140,34 @@ Travaux avec une dimension éthique.\
 Données potentiellement sensibles --> définitions des personnes habilitées\
 à avoir accès à ces données et utilisation de techniques cryptographiques.
 
+### 2.3) Le document computationnel
+
+Un tel document (comble le fossé entre l'auteur et le lecteur)\
+permet de garder une trace afin :\
+* __d'inspecter__ :
+  * justifier pourquoi tel ou tel code est utilisé (auteur)
+  * comprendre ce qui a été fait (lecteur)
+* __de refaire__ : permet de refaire les calculs et les analyses le plus simplement possible
+  * 1er point : permet au lecteur de vérifier que les calculs sont corrects
+  * 2ème point : permet de corriger des erreurs s'il y en a
+  * 3ème point : permet à d'autres de réutiliser les travaux dans un autre contexte
+
+3 outils possibles:
+* Jupyter
+* Rstudio/knitR
+* Org mode 
+
+1 seul document pour explications, code et résultats.
+Possibilité d'export.
+
+Jupyter --> plusieurs langages mais pas dans un même notebook (en fait c'est faisable mais compliqué) 
+Rstudio --> dédié au langage R, possibilité de faire du python mais pas très ergonomique
+Org mode --> on peut faire cohabité différents langages mais la courbe d'apprentissage est plus élevé que pour les deux autres outils.
+
+Jupyter et Rstudio s'appuient sur le markdown et donc sur Pandoc et le style par défaut est très bien\
+si l'on veut générer du html. Mais si besoin de générer un pdf avec un style particulier, pas forcément évident de configure Pandoc\
+pour qu'il applique le style voulu.
+
+Avec OrgMode capacité à écrire directement du Latex.
+
+