Add notes on prise en main Jupyter

journal/Research_and_Reproductibility_mooc_notes.md

@@ -170,4 +170,34 @@ pour qu'il applique le style voulu.
 
 Avec OrgMode capacité à écrire directement du Latex.
 
+#### 2.4.a) Prise en main de Jupyter
+
+```%matplotlib inline```
+--> permet de faire en sorte qu'un graphique soit directement afficher dans le notebook\
+```%lsmagic```
+--> permet de connaître plein de commandes très utiles
+
+**Pour exécuter des fragments de code R**
+
+D'abord chargement d'un module python permettant d'interpréter du code R\
+```%load_ext rp2.ipython```\
+et ensuite\
+```%%R```\
+D'autres langages sont possibles shell, perl (%%sh, %%perl)
+
+**Partage**
+
+--> possible en utilisant GitLab/Github\
+--> sauvegarde au formt html, facilement transférable par mail par exemple
+
+**Exporter vers un docuement pour un article**
+
+Pour l'export, on peut contrôler la vsibilité de chaque cellule via l'utilisation du plugin Hide-code\
+Si on veut un contrôle fin, il est possible:
+* d'insérer directement des commandes latex ou html (%%latex,%%html)
+* Personnaliser les feuilles de styles, les export de NBConvert via des commandes appropriées\
+jupyter nbconvert --to mypackage.MyExporter notebook.ipynb
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