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Merge branch 'master' of https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/7404ea6678ce6fbf3a726e36f2bf2079/mooc-rr

journal/Research_and_Reproductibility_mooc_notes.md

@@ -170,4 +170,80 @@ pour qu'il applique le style voulu.
 
 Avec OrgMode capacité à écrire directement du Latex.
 
+#### 2.4) Prise en main des outils Jupyter, Rstudio/knitr, Emacs/Org mode
+
+##### a) Jupyter
+
+```
+%matplotlib inline
+```
+--> permet de faire en sorte qu'un graphique soit directement afficher dans le notebook
+
+```
+%lsmagic
+```
+--> permet de connaître plein de commandes très utiles
+
+**Pour exécuter des fragments de code R**
+
+D'abord chargement d'un module python permettant d'interpréter du code R
+```
+%load_ext rp2.ipython
+```
+et ensuite
+```
+%%R
+```
+D'autres langages sont possibles shell, perl (%%sh, %%perl)
+
+**Partage**
+
+--> possible en utilisant GitLab/Github\
+--> sauvegarde au formt html, facilement transférable par mail par exemple
+
+**Exporter vers un docuement pour un article**
+
+Pour l'export, on peut contrôler la vsibilité de chaque cellule via l'utilisation du plugin Hide-code\
+Si on veut un contrôle fin, il est possible:
+* d'insérer directement des commandes latex ou html (%%latex,%%html)
+* Personnaliser les feuilles de styles, les export de NBConvert via des commandes appropriées\
+jupyter nbconvert --to mypackage.MyExporter notebook.ipynb
+
+##### b) Rstudio/knitr
+
+##### c) Emacs/Org mode
+
+### 2.5) Travailler avec les autres
+
+Aides pour la préparation d'un document pour un journal ou pour une conférence\
+[help_gen_doc_journal_or_conf](https://lms.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/courseware/66bc811404b8481da5f794de54681c5e/358158d052744d239c7f43bd7bcc16b4/)
+
+### 2.6) Analyse comparée des différents outils
+
+**Pour un cours ou un tutoriel**\
+--> un notebook est parfaitement adapté, c'est un document facile à prendre en main et dynamique.
+
+**Pour un journal**\
+Org mode est très intéressant, il permet d'avoir une organisation chronologique, d'utiliser des étiquettes.\
+Les recherches sont facilitées grâce au mécanisme des étiquettes (permet de mettre des notes, des liens, du code)
+
+**Pour un cahier de Laboratoire**\
+Org mode est également intéressant.\
+L'organisation est cette fois sémantique. C'est un document dans lequel on indique les conventions d'organisation.\
+1ère section:\
+* Explication d'accès aux informations sur telle ou telle machine
+* Scripts de conversion d'un format à un autre
+* Scripts de traitement
+* Fonctions les plus courantes, communes et facilement accessibles\
+Section expériences, section analyses dans lesquelles on peut trouver une organisation plus chronologique.
+
+**Pour un article reproductible**\
+Org mode est aussi puissant et permet de regrouper :
+* les codes sources, que l'on peut mettre à jour pour mettre à jour les figures du document,
+* du code latex, qui permet de maîtriser finement l'apparence de l'article généré
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