Update journal with notes on comparison between the three presented tools module 2, chapter 6

journal/Research_and_Reproductibility_mooc_notes.md

@@ -170,19 +170,30 @@ pour qu'il applique le style voulu.
 
 Avec OrgMode capacité à écrire directement du Latex.
 
-#### 2.4.a) Prise en main de Jupyter
+#### 2.4) Prise en main des outils Jupyter, Rstudio/knitr, Emacs/Org mode
 
-```%matplotlib inline```
---> permet de faire en sorte qu'un graphique soit directement afficher dans le notebook\
-```%lsmagic```
+##### a) Jupyter
+
+```
+%matplotlib inline
+```
+--> permet de faire en sorte qu'un graphique soit directement afficher dans le notebook
+
+```
+%lsmagic
+```
 --> permet de connaître plein de commandes très utiles
 
 **Pour exécuter des fragments de code R**
 
-D'abord chargement d'un module python permettant d'interpréter du code R\
-```%load_ext rp2.ipython```\
-et ensuite\
-```%%R```\
+D'abord chargement d'un module python permettant d'interpréter du code R
+```
+%load_ext rp2.ipython
+```
+et ensuite
+```
+%%R
+```
 D'autres langages sont possibles shell, perl (%%sh, %%perl)
 
 **Partage**
@@ -198,6 +209,41 @@ Si on veut un contrôle fin, il est possible:
 * Personnaliser les feuilles de styles, les export de NBConvert via des commandes appropriées\
 jupyter nbconvert --to mypackage.MyExporter notebook.ipynb
 
+##### b) Rstudio/knitr
+
+##### c) Emacs/Org mode
+
+### 2.5) Travailler avec les autres
+
+Aides pour la préparation d'un document pour un journal ou pour une conférence\
+[help_gen_doc_journal_or_conf](https://lms.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/courseware/66bc811404b8481da5f794de54681c5e/358158d052744d239c7f43bd7bcc16b4/)
+
+### 2.6) Analyse comparée des différents outils
+
+**Pour un cours ou un tutoriel**\
+--> un notebook est parfaitement adapté, c'est un document facile à prendre en main et dynamique.
+
+**Pour un journal**\
+Org mode est très intéressant, il permet d'avoir une organisation chronologique, d'utiliser des étiquettes.\
+Les recherches sont facilitées grâce au mécanisme des étiquettes (permet de mettre des notes, des liens, du code)
+
+**Pour un cahier de Laboratoire**\
+Org mode est également intéressant.\
+L'organisation est cette fois sémantique. C'est un document dans lequel on indique les conventions d'organisation.\
+1ère section:\
+* Explication d'accès aux informations sur telle ou telle machine
+* Scripts de conversion d'un format à un autre
+* Scripts de traitement
+* Fonctions les plus courantes, communes et facilement accessibles\
+Section expériences, section analyses dans lesquelles on peut trouver une organisation plus chronologique.
+
+**Pour un article reproductible**\
+Org mode est aussi puissant et permet de regrouper :
+* les codes sources, que l'on peut mettre à jour pour mettre à jour les figures du document,
+* du code latex, qui permet de maîtriser finement l'apparence de l'article généré
+
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