Attempt at Module 2 exo 3

module2/exo2/exercice_R_fr.org

-#+TITLE:  Votre titre
-#+AUTHOR: Votre nom
-#+DATE:   La date du jour
+#+TITLE:  Module 2 exo 2
+#+AUTHOR: Julien EMMANUEL
 #+LANGUAGE: fr
 # #+PROPERTY: header-args :eval never-export
 
@@ -11,74 +10,29 @@
 #+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
 #+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
 
-* Quelques explications
+* Exercice 2 du module 2
 
-Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
-R. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
-exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
-org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
-
-Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
-compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
-récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
-ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
-le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
-document.
-
-Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclut du code
-R de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):
-
-#+begin_src R :results output :exports both
-print("Hello world!")
-#+end_src
-
-#+RESULTS:
-: [1] "Hello world!"
-
-Voici la même chose, mais avec une session R (c'est le cas le
-plus courant, R étant vraiment un langage interactif), donc une
-persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
-~C-c C-c~).
+Exercice de stats sur des chiffres plutôt inintéressants
 
 #+begin_src R :results output :session *R* :exports both
-summary(cars)
+lst <- list(14.0, 7.6, 11.2, 12.8, 12.5, 9.9, 14.9, 9.4, 16.9, 10.2, 14.9, 18.1, 7.3, 9.8, 10.9,12.2, 9.9, 2.9, 2.8, 15.4, 15.7, 9.7, 13.1, 13.2, 12.3, 11.7, 16.0, 12.4, 17.9, 12.2, 16.2, 18.7, 8.9, 11.9, 12.1, 14.6, 12.1, 4.7, 3.9, 16.9, 16.8, 11.3, 14.4, 15.7, 14.0, 13.6, 18.0, 13.6, 19.9, 13.7, 17.0, 20.5, 9.9, 12.5, 13.2, 16.1, 13.5, 6.3, 6.4, 17.6, 19.1, 12.8, 15.5, 16.3, 15.2, 14.6, 19.1, 14.4, 21.4, 15.1, 19.6, 21.7, 11.3, 15.0, 14.3, 16.8, 14.0, 6.8, 8.2, 19.9, 20.4, 14.6, 16.4, 18.7, 16.8, 15.8, 20.4, 15.8, 22.4, 16.2, 20.3, 23.4, 12.1, 15.5, 15.4, 18.4, 15.7, 10.2, 8.9, 21.0)
+mean(unlist(lst))
+min(unlist(lst))
+max(unlist(lst))
+median(unlist(lst))
+sd(unlist(lst))
 #+end_src
 
 #+RESULTS:
-:      speed           dist       
-:  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
-:  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
-:  Median :15.0   Median : 36.00  
-:  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
-:  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
-:  Max.   :25.0   Max.   :120.00
+#+begin_example
 
-Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
-#+begin_src R :results output graphics :file "./cars.png" :exports results :width 600 :height 400 :session *R* 
-plot(cars)
-#+end_src
-
-#+RESULTS:
-[[file:./cars.png]]
+[1] 14.113
 
-Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code
-ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
-recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
-(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
-parfaitement transparentes pour être reproductibles.
+[1] 2.8
 
-Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document
-org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cars.png~. N'oubliez pas
-de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
-compréhensible sur GitLab.
+[1] 23.4
 
-Enfin, pour les prochains exercices, nous ne vous fournirons pas
-forcément de fichier de départ, ça sera à vous de le créer, par
-exemple en repartant de ce document et de le commiter vers
-gitlab. N'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
-ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
-claviers permettant de créer rapidement les blocs de code R (en
-faisant ~<r~ ou ~<R~ suivi de ~Tab~).
+[1] 14.5
 
-Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
-informations et les remplacer par votre document computationnel.
+[1] 4.334094
+#+end_example

module2/exo3/exercice_R_fr.org

-#+TITLE:  Votre titre
-#+AUTHOR: Votre nom
-#+DATE:   La date du jour
+#+TITLE:  Module 2 exo 3
+#+AUTHOR: Julien EMMANUEL
 #+LANGUAGE: fr
 # #+PROPERTY: header-args :eval never-export
 
@@ -11,74 +10,56 @@
 #+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
 #+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
 
-* Quelques explications
+* Exercice 3 du module 2
 
-Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
-R. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
-exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
-org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
+Affichage graphique des données de l'exercice précédent
 
-Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
-compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
-récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
-ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
-le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
-document.
+Si on était malin on mettrait les données dans un CSV commun plutôt
+que de les copier à chaque fois, mais bon, flemme, et puis comme ça
+les exercices sont bien indépendants (/quelle excuse pourrite/)
 
-Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclut du code
-R de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):
+** Formattage des données 
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+lst <- list(14.0, 7.6, 11.2, 12.8, 12.5, 9.9, 14.9, 9.4, 16.9, 10.2, 14.9, 18.1, 7.3, 9.8, 10.9,12.2, 9.9, 2.9, 2.8, 15.4, 15.7, 9.7, 13.1, 13.2, 12.3, 11.7, 16.0, 12.4, 17.9, 12.2, 16.2, 18.7, 8.9, 11.9, 12.1, 14.6, 12.1, 4.7, 3.9, 16.9, 16.8, 11.3, 14.4, 15.7, 14.0, 13.6, 18.0, 13.6, 19.9, 13.7, 17.0, 20.5, 9.9, 12.5, 13.2, 16.1, 13.5, 6.3, 6.4, 17.6, 19.1, 12.8, 15.5, 16.3, 15.2, 14.6, 19.1, 14.4, 21.4, 15.1, 19.6, 21.7, 11.3, 15.0, 14.3, 16.8, 14.0, 6.8, 8.2, 19.9, 20.4, 14.6, 16.4, 18.7, 16.8, 15.8, 20.4, 15.8, 22.4, 16.2, 20.3, 23.4, 12.1, 15.5, 15.4, 18.4, 15.7, 10.2, 8.9, 21.0)
+
+df <- data.frame(X=integer(), Y=double())
 
-#+begin_src R :results output :exports both
-print("Hello world!")
+# This is probably the dumbest way to do it, but I'm bad at R
+for (i in 1:length(lst)) {
+  df[nrow(df) + 1,] = c(i-1,lst[[i]])
+}
 #+end_src
 
 #+RESULTS:
-: [1] "Hello world!"
 
-Voici la même chose, mais avec une session R (c'est le cas le
-plus courant, R étant vraiment un langage interactif), donc une
-persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
-~C-c C-c~).
+** Diagramme de séquence
 
-#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
-summary(cars)
+#+begin_src R :results output graphics :file sequence.png :exports both :width 600 :height 400 :session *R* 
+library(ggplot2)
+ggplot(df, aes(x=X,y=Y)) + geom_line(color="blue") + 
+theme_bw() + 
+theme(axis.title.x = element_blank()) + 
+theme(axis.title.y = element_blank()) + 
+coord_cartesian(expand = c(0,0), xlim = c(0, 100), ylim = c(0,25)) + 
+theme(plot.margin=unit(c(1,1,1,1),"cm"))
 #+end_src
 
 #+RESULTS:
-:      speed           dist       
-:  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
-:  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
-:  Median :15.0   Median : 36.00  
-:  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
-:  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
-:  Max.   :25.0   Max.   :120.00
-
-Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
-#+begin_src R :results output graphics :file "./cars.png" :exports results :width 600 :height 400 :session *R* 
-plot(cars)
+[[file:sequence.png]]
+
+** Histogramme
+Ces paramètres d'histogrammes sont abominables, mais c'est absolument
+le seul set de paramètres que j'ai trouvé qui donne quelque chose de
+similaire à la figure demandée
+
+#+begin_src R :results output graphics :file histogram.png :exports both :width 600 :height 400 :session *R* 
+ggplot(df, aes(x=Y)) + geom_histogram(binwidth = 2.06, boundary = min(unlist(lst)), color="black", fill="blue") + 
+theme_bw() + 
+theme(axis.title.x = element_blank()) + 
+theme(axis.title.y = element_blank()) + 
+coord_cartesian(expand = c(0,0), xlim = c(0, 25), ylim = c(0,25)) + 
+theme(plot.margin=unit(c(1,1,1,1),"cm"))
 #+end_src
 
 #+RESULTS:
-[[file:./cars.png]]
-
-Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code
-ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
-recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
-(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
-parfaitement transparentes pour être reproductibles.
-
-Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document
-org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cars.png~. N'oubliez pas
-de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
-compréhensible sur GitLab.
-
-Enfin, pour les prochains exercices, nous ne vous fournirons pas
-forcément de fichier de départ, ça sera à vous de le créer, par
-exemple en repartant de ce document et de le commiter vers
-gitlab. N'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
-ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
-claviers permettant de créer rapidement les blocs de code R (en
-faisant ~<r~ ou ~<R~ suivi de ~Tab~).
-
-Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
-informations et les remplacer par votre document computationnel.
+[[file:histogram.png]]