<!-- Notes du FUN-MOOCS Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente -->
<!-- Mars-Avril 2020-->
# Module 0: Posons le décors
**HARKing** = Hypothesizing After the Results are Known.
La pre-registration intervient en amont du travail d'analyse. Un.e chercheur.euse va ainsi formaliser ses hypothèses de recherche, ses données, son study design et son plan d'analyse
Un **codebook** peut répondre au besoin de *suivi des évolutions* puisqu'il s'agit d'un document permettant d'une part, de recenser tous les codes appliqués, d'autre part, de consigner ses choix et de suivre leur évolution.
**Notebooks:**
- Gestionnaire d’éditeurs [Markdown](https://rmarkdown.rstudio.com/) lié à R,
- Converstisseur vers latex et autres [Pandoc](https://pandoc.org/).
**Analyse exploratoire par notebooks**
- Jupyter.
Zotero (ou bibTex/JabRef) pour le **partage de bibliographies**.
outils de **TMS** (Tasks Management System) comme Trello.
on dessine le **workflow** sous Graphviz.
CASCAD, une plateforme de certification de la reproductibilité
# Module 1: Cahier de notes, cahier de laboratoire
## 2. Aperçu historique de la prise de notes
**Méthode de Locke**
Sommaire: Utiliser la première lettre puis la première voyelle qui suit la première lettre.
## 3. Du fichier texte au langage de balisage léger
### Langage de balisage léger
Exemples:
-**Markdown** (logiciel Remarkable par exemple)
- Wikitexte
- AsciiDoc
- RestructuredText (communauté Python)
Il existe des possibilités de conversion verx .pdf, .docx, .html donc le langage importe peu
On peut aussi insérer des équtations latex, dans le texte $u(t)=K(y_{ref}(t)-y(t))$ ou à la ligne
$$ \sum_{i=0}^T=\delta_i$$
## 4. Pérénité et evolutivité des notes avec le gestion de version
Ne pas avoir peur des conflits, surtout si on utilise un éditeur/gitlab (i.e. pas direct en ligne de code).
Clé pour éviter les conflits dans un travail à plusieurs: faire des petits commits, avec des modifications isolées des différents endroits du code. Faire `git status` (éventuellement `git diff`) pour voir ce qu'on a modifier, et faire plusieurs `git add` puis `git commit` pour structurer les changements. Éviter `git commit -a` qui commit all sauf quand on bosse tout.e seul.e.
**Plateforme**s en ligne d'hébergement de git:
- GitHub est un logiciel propriétaire, gratuit pour les étudiants et académiques, payant pour les autres
- GitLAb est un locigiel libre, des versions institutionnelles (par exemple INRIA)
- framagit
**Interfaces graphiques** liées au langage de programation:
- JupyterLab-git
- Rstudio
ou plus complexes:
- GitHub Desktop
- GitKraken
- SmartGit
## 5. Les étiquettes et les logiciels d'indexation pour s'y retrouver
On peut ajouter des étiquettes ou mots-clés, à ajouter manuellement dans les textes, par exemple en commentaires `<!-- :mot-clé-entre-deux-points: -->`, éventuellement à mettre aussi dans les proriétés des images en utilisant **ExifTool**.
Utiliser ensuite un moteur de recherche de bureau comme **DocFetcher** pour chercher ":un-mot-clé:". On peut aussi utiliser `grep`, [lien](https://doc.ubuntu-fr.org/tutoriel/console_commandes_de_base#grep) de la documentation.
[Lien](https://snapcraft.io/docfetcher) d'installation pour Linux 64bits
