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## Test de copier directement un doc R Markdown
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title: "EFFET DE LA VARIETE SUR LE POIDS D’UNE COURGE"
author: "Etudiants"
date: "2020"
output:
word_document: default
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
# Objectifs du projet
L’objectif de ce projet est de déterminer si le poids des courges est corrélé avec la variété.
Dans cette étude, nous nous focaliserons sur les 4 variétés de courges suivantes : courgeron, courge delicata, courge spaghetti, et courge butternut.
Notre question d’intérêt est donc de déterminer s’il y a une relation entre le poids de la courge et sa variété.
# Introduction
La récolte des données a eu lieu en décembre 2018 dans une entreprise d’agriculture maraichère bio de Provence.
Les essais sont constitués de 4 variétés de référence sur le marché : courgeron, courge delicata, courge spaghetti, et courge butternut.
Un essai contient deux répétitions de 8 plants. Toutes les plantes sont cultivées dans les mêmes conditions climatiques, pédologiques et sanitaires.
Nous avons veillé à récolter des plants exposés au même ensoleillement.
# Matériel et méthode
## Matériel végétal
## Matériel virale et inoculations
## Expérimentations
## Méthode stat
décrire la méthode stat
$$y_{ij} = \mu + \alpha_i + \varepsilon_{ij}$$
avec $\varepsilon_{ij} \sim_{iid} \, N(0,\sigma^2)$
# Résultats bruts
* Résumé des données
```{r importation, echo=FALSE}
courge <- read.csv("courge.txt", sep="")
summary(courge)
# pour afficher le tableau des données entier:
#knitr::kable(courge)
```
* Graphique des données
```{r boxplot}
library(ggplot2)
ggplot(courge, aes(x=Varietes, y=Poids, fill=Varietes)) +
geom_boxplot() +
theme(legend.position="none")
```
# Résultats digérés
expliquer les résultats et les graphiques
```{r, eval=FALSE, echo=FALSE}
# si jamais pas normalité ou variance constante
kruskal.test(Poids~Varietes, data=courge)
# Comparaison 2 à 2 si test de kruskal significatif
#pairwise.wilcox.test(courge$Poids, courge$Varietes,
# p.adjust.method = "BH")
```
```{r}
res <- lm(Poids~Varietes, data=courge)
summary(res)
```
```{r}
anova(res)
```
```{r, eval=FALSE}
# Comparaison 2 à 2 Newman and Keuls, seulement si test anova significatif (d'où eval=FALSE dans l'option du chunck)
library(agricolae)
SNK.test(res,"Varietes", console=TRUE)
print(SNK.test(res,"Varietes", group=FALSE))
plot(SNK.test(res,"Varietes"))
```
# Validation du modèle
```{r}
par(mfrow=c(2,2))
plot(res)
```
# pour aller plus loin test d'égalité des variances
Si le graphique Scale - Location vous fait douter de la condition d'égalité des variances entre groupe, vous pouvez faire ce test pour vérifier cette condition. *Cette condition est nécessaire pour l'anova 1 facteur.*
```{r}
bartlett.test(Poids~Varietes, data=courge)
```
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