Module 2, séquences 0 à 3

journal/Readme.md

 # Journal de bord du Mooc / Mooc's logbook
 
-## Partie 1 : Cahier de notes, cahier de laboratoire
+## Module 1 : Cahier de notes, cahier de laboratoire
 
 1. Nous utilisons tous des cahiers de notes (2024/03/04)
 2. Un aperçu historique de la prise de notes (2024/03/05)
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         - format sugeré pour les étiquettes :
             - `:label 1:`
             - `:label 1:label 2:label 3:`
-        - penser à enregistrer les sources (i.e., les URLs) des fichiers téléchargés sur Internet dans des commentaires ou des métadonnées
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+        - penser à enregistrer les sources (i.e., les URLs) des fichiers téléchargés sur Internet dans des commentaires ou des métadonnées
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+## Module 2 : La vitrine et l'envers du décor : le document computationnel
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+1. Exemples récents d'études assez discutés (2024/03/14)
+    - Économie : politiques d'austérité
+        - Reinhart et Rogoff
+    - Les IRM fonctionnelles
+        - le saumon mort
+    - Les fausses structures de protéines
+        - Geoffrey Chang, 5 retractions d'articles
+2. Pourquoi est-ce difficile ? (2024/03/18)
+    - 3 problèmes principaux
+        - manque d'information, problème d'accès aux données
+        - erreurs de calcul
+        - manque de rigueur scientifique et technique
+    - Les documents computationnels nous aident à résoudre ces problèmes
+        - la manque de rigueur reste toujours un défi...
+    - Pourquoi on s'oppose à tout rendre public ?
+3. Le document computationnel : principe (2024/03/18)
+    - La science moderne est souvent un processus iterative qu'implique :
+        - la collecte des données
+        - l'analyse des données, avec :
+            - analyse statistique
+            - géneration des visualisations
+            - discussion des hypotèses et des conclusions avec d'autres scientifiques
+        - si on arrive a des bons résultats, on écrit des articles pour les présenter
+        - si on n'y arrive pas, on revient à l'analyse ou même à la collecte des données
+    - Le document computationnel nous permet de garder trace de ce que nous avons fait pour
+        - l'inspecter -> justifier/comprendre
+        - le refaire -> vérifier/corriger/réutiliser (les résultats, le code, les méthodes statistiques, ...)
+    - Un document computationnel contient
+        - du texte, souvent avec un language de balisage léger
+        - des extraits de code
+        - des résultats produits par le code -> chiffres, figures, etc.
+    - Un document computationnel nous permet de retraiter automatiquement nos données et d'exporter le document en format PDF ou HTML
+        - nous pouvons choisir quels extraits de code apparaîtront dans le document exporté
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