Update analyse-syndrome-grippal.Rmd

module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd

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-title: "Analyse de l'incidence du syndrôme grippal"
-author: "Konrad Hinsen"
+title: "Analyse incidence grippal modifié"
+author: "Hugo Benard"
+date: "21/01/2021"
 output:
   pdf_document:
     toc: true
@@ -14,6 +15,8 @@ header-includes:
 - \usepackage[upright]{fourier}
 - \hypersetup{colorlinks=true,pagebackref=true}
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+---
+
 
 ```{r setup, include=FALSE}
 knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
@@ -21,30 +24,11 @@ knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
 
 ## Préparation des données
 
-Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/). Nous les récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet, qui commence en 1984 et se termine avec une semaine récente. L'URL est:
-```{r}
-data_url = "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv"
-```
-
-Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json):
-
-| Nom de colonne | Libellé de colonne                                                                                                                |
-|----------------+-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------|
-| `week`       | Semaine calendaire (ISO 8601)                                                                                                     |
-| `indicator`  | Code de l'indicateur de surveillance                                                                                              |
-| `inc`        | Estimation de l'incidence de consultations en nombre de cas                                                                       |
-| `inc_low`    | Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du nombre de cas de consultation                                                     |
-| `inc_up`     | Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du nombre de cas de consultation                                                     |
-| `inc100`     | Estimation du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants)                                   |
-| `inc100_low` | Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) |
-| `inc100_up`  | Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) |
-| `geo_insee`  | Code de la zone géographique concernée (Code INSEE) http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/                            |
-| `geo_name`   | Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis)                                                       |
 
-La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skip=1`.
-### Téléchargement
 ```{r}
-data = read.csv(data_url, skip=1)
+setwd("C:/Users/Hugo/Documents/Ecole/Césure/MOOC/Recherche reproductible/Fichier R") 
+data <- read.csv(file="incidence-PAY-3.csv", ";",sep="\t", header=T,skip=1)
+#avec les bons séparateurs et en enlevant la première ligne
 ```
 
 Regardons ce que nous avons obtenu: