correct pi writing

journal/notes_module_2.md

@@ -96,3 +96,158 @@ Dans tous les cas, exporter dans un template donné pour du pdf, c'est dur...
 
 Questions : de nouvelles erreurs ! (trop de choix et ils me disent pas cb ils attendent !)
 J'avais négligé l'aspect "commentaires" et "documentation" du code...
+
+## Starting with Jupyter
+
+On est censé indiqué quand on récupère un résultat "graphique matplotlib" 
+plutôt que texte, en commençant la cellule de code par`%matplotlib inline`.
+
+Utiliser `%lsmagic` pour découvrir plus de commandes...
+
+Il montre comment utiliser R, shell, perl... pas sûr que le reste fonctionne.
+J'aii des petites surprises à l'usage (genre "clear" qui fait pas ce que je veux).
+Pour l'affichage du code des cellules, je m'en sors...
+__\/!\\__ appuyer sur ESC (depuis mon mac) pour faire les raccourcis clavier
+(ESC+H montre les autres raccourcis).
+Pour latex, [on ne peut pas embarquer les tabulars](https://stackoverflow.com/questions/42491512/display-latex-table-tabular-in-jupyter-with-latex-cell-magic)... :/
+j'arrive pas à générer des nb aléatoires en R...
+Il vaut mieux avoir un notebook distinct (changer de kernel) qu'appeler les commandes magiques,
+sinon on pert l'autocomplétion, la colorisation, etc... mais sinon les deux sont aussi bien supportés.
+
+On peut personnaliser ses "exporters" : voir NBConvert.
+
+### tips
+
+[lien FUN-MOOC](https://lms.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/courseware/66bc811404b8481da5f794de54681c5e/f8608bfb261b4c289b35b2cd19d5baf3/1?activate_block_id=block-v1%3Ainria%2B41016%2Bself-paced%2Btype%40vertical%2Bblock%403817484c6768457f9d252954f162f851)
+
+on peut passer les variables de python vers R
+```
+%%R -i df
+plot(df)
+```
+"[De nombreux autres langages de programmation sont disponibles](https://github.com/jupyter/jupyter/wiki/Jupyter-kernels),
+et en particulier des langages non libres comme SAS, Mathematica, Matlab…"
+-> ils dvp, mais osef pour moi
+
+Pour rendre mes notebooks plus lisibles, éventuellement utiliser des extensions de jupyter ?
+Codefolding pour masquer un peu de code, Cell filter pour y ajouter des tags, avoir une table des matières,
+Gist it pour limiter l'accès, nbTranslate pour traduire... et l'indispensable zenmmode.
+voir https://github.com/kirbs-/hide_code et https://stackoverflow.com/questions/33159518/collapse-cell-in-jupyter-notebook
+
+Apparamment, pour utiliser un env conda, il faut installer nb\_conda\_kernels, 
+et lancer 'jupyter lab' depuis l'environnement, activé.
+
+Il y a des options pour le suivi de version avancée, mais là je vais laisser tomber pour le moment...
+
+### Rstudio
+
+Notre but est de créer des fichiers R-markdown, c-à-d .Rmd : 
+on peut voir facilement la console, il y a des cheatsheet intégrées, c'est beau...
+Pas de "petits numéros" façon jupyter.
+On peut nativement replier le code, et aussi le texte rapidement pour se mettre
+juste en mode "table des matières".
+
+\[<https://posit.co/download/rstudio-desktop/>
+Pour 178Mo rien que pour R, avant Rstudio... 
+non, je ne l'installe pas maintenant, je me contente du lèche-vitrine.
+Au pire : <https://rdrr.io/snippets/> ou
+<https://www.mycompiler.io/fr/online-r-compiler> peuvent faire l'affaire...
+mais comment faire pour les données :/ \]
+=> kaggle propose aussi de fire ses notebooks python, avec jusqu'à 20Go de RAM...
+mais rappelons que ce n'est que de l'intrapreunariat de google :o)
+
+Fait étrnge : on écrit dans l'en-tête le type d'output visé.
+'output: pdf_document'
+
+Pour contrôler le style... passer par la latex ?
+Then, il faut plutôt créer un fichier R Sweave.
+
+À savoir : on peut insérer du python, du bash, du SQL...
+mais pas de persistance de variable, bien sûr.
+=> passer par des fichiers...
+
+Le code python est colorisé, mais ses sorties graphiques ne sont pas gérées...
+
+TODO : je ne lis pas la fiche "installation/documentation"
+je ne regarde pas la vidéo "utiliser git avec Rstudio"
+
+
+## travailler avec les autres
+
+Complexité *caché* quand on produit un pdf avec les outils précédent
+(jupyter utilise pandoc ? mais je ne sais pas non plus comment pandoc fonctionne).
+Souvent, il faut déjà un latex correctement installé...
+(voir aussi knitr ou emacs/org-mode selon l'outil)
+
+À la limite, préférer html quand c'est possible.
+
+Tjrs besoin de cacher certaines cellules de notre document, et d'utiliser le bon **style**.
+=> il faut un environnement bien configurer, quand on se dirige vers une impression.
+
+Comment convaincre les co-auteurs ?
+(enthousiastes^1, bienveillants (mais "c bcp")^2, et fermés^3.)
+1. On doit assurer le SAV \[il fait de nous des freeware evangelists, tin\].
+-> on doit s'assurer que le document fonctionne pareil sur toutes nos machines.
+2. adopte le style de doc, mais ne gèrent pas le code 
+-> markdown maîtrisé (et jupyter sera plus facile car pas d'install à faire)
+sans install des deux autres, ne peuvent refaire les calculs et exports.
+3. Bon bah on sépare
+    * le "document computationnel" qui produit les résultats et figures
+    * le "document classique" qui les présente
+Ainsi, tout est conservé, documenté, recalculable.
+
+Pour partager du rstudio, Rpubs ça marche mais pas ultra-pérenne 
+(dropbox non plus : privé).
+Gitlabl et github sont plus sûrs, notamment pour le contrôle d'accès... 
+mais on publie aussi l'historique (il faut avoir été très clean sous tous rapports...)
+=> on peut faire le ménage dans le dépot, et archiver dans un **site compagnon**
+
+kézaco ? Runmycode, certaines options éditeurs, hal, figshare ou zenodo (supported by CERN)
+-> on met un document et ses annexes, dont code.
+
+\[de l'humour dans les quizz, ça rend la "lecture" de la réponse attendue difficile...
+=> ils ont fait deux questions où je devais tout cocher ! 5 et 4 réponses\]
+
+Pour aller plus loin : 
+- <http://blog.juliusschulz.de/blog/ultimate-ipython-notebook>
+- <http://svmiller.com/blog/2016/02/svm-r-markdown-manuscript/>
+- <https://github.com/balouf/Kleinberg/blob/master/KleinbergsGridSimulator.ipynb>
+
+## Analyse comparée des outils
+
+Pour créer un cours/tutoriel -> jupyterlab !
+Un même environnement, on peut travailler ensemble...
+
+Pour un journal de bord (longitudinal, un seul auteur)
+lui fait une organisation chronologique de toutes ses productions, 
+avec des étiquettes (ne se pose plus la question du lieu de stockage :
+le lieu, c'est la date, et la recherche ne se fait plus par lieu mais par balise).
+=> org-mode a un bon outil de filtrage pour cela.
+(Ce truc est une sorte de méta-git... j'apprécie.)
+Ensemble très hétérogène... mais il s'y retrouve !
+(Ressemble un peu à mes cahiers... ou à mon vrac.)
+
+On peut aussi utiliser org-mode à plusieurs, pour tenir un cahier de laboratoire.
+(Sépare les expériences et les analyses.)
+
+Dernier cas d'usage : créer un article reproductible...
+(Très convaincant dans son utilisation de org-mode... tout dans un même fichier !)
+Rstudio est quand même un peu pensé pour créer des artilces, mais pas jupyter-lab.
+"L'outil importe peu, ce qui compte c'est ce qu'on en fait."
+**Collecter l'info, l'organiser (rendre exploitable), mettre à disposition.**
+
+Jupyter stocke en json, orienté machine.
+Ces concurrents utilisent des formats plus lisibles.
+
+(Hey, ce tableau doit passer brut dans un bloc markdown de jupyter : 
+<table>
+<tr><td>Sweden <td> 0.250
+<tr><td>Canada <td> 0.326
+<tr><td>Switzerland <td> 0.337
+<tr><td>United States<td> 0.408
+<tr><td>Chile <td> 0.521
+<tr><td>South Africa <td> 0.631
+</table>)
+
+
+

module2/exo1/toy_notebook_fr.ipynb

@@ -19,7 +19,7 @@
    },
    "source": [
     "## En demandant à la lib maths\n",
-    "Mon ordinateur m'indique que $/pi$ vaut *approximativement*"
+    "Mon ordinateur m'indique que $\\pi$ vaut *approximativement*"
    ]
   },
   {