module 2 done

.gitignore

+*.html
+*.png
+*~

journal/Entry_01.md

+# Entrée du 10/04/2020
+
+<!-- :transparence: :librisme: :orgmode: -->
+
+## Données climatiques
+
+- Lieu: Grenoble (France)
+- Temps: Ensoleillé ([source](https://www.meteo-grenoble.com/))
+    - Températures (°C):
+        - Matin: 6
+        - Après-midi: 26
+        - Soir: 21
+    - Humidité (%): 0
+    - Vent (km/h): 5 (direction variable)
+- Indice de Qualité de l'Air ([source](https://aqicn.org/city/france/rhonealpes/isere/grenoble-grands-boulevards/))
+    - Grands Boulevards: NaN 
+    - Caserne De Bonne: 51
+
+## Travail effectué
+
+- Quiz 06 (100%)
+- Quiz 07 (100%)
+- Quiz 08 (67%)
+- Quiz 09 (100%)
+- QuizP 03 (67%)
+- Quiz 10 (67%)
+- Quiz 11 (67%)
+- Exercices 02 (93%)
+
+## Points abordés
+
+- Exemples d'études contreversées pour manque de rigueur et/ou de transparence
+    - non diffusion des données et/ou des méthodes de calcul (non transparence)
+    - problèmes dans les outils ou méthodes utilisés (manque de rigueur)
+    - erreurs de programmation (manque de rigueur)
+- Sources possibles de non reproductibilité:
+    - Utilisation de logiciels et formats propriétaires
+    - Non accès au données, ni à la méthodologie utilisées
+- Intérêts d'un document computationnel:
+    - **Inspecter** les données et la (ou les) méthodes utilisées
+    - **Refaire** les expériences, les inspecter, les corriger et les réutiliser dans d'autres contextes
+- Principe d'un document computationnel:
+    - Permet à la fois de décrire la méthodologie utilisée (markdown) et d'executer cette méthodologie (fragments de code)
+    - Un coté programmation/script executable, un autre coté rendu d'un document final
+- Logiciels "mature" pour écrire des documents computationnels
+    - JupyteR (markdown / python, R, julia)
+    - Rstudio/Rmarkdown (markdown / R, python)
+    - Emacs/orgmode (org-mode / tout un tas de langages)
+- Le choix de l'outil dépend principalement des besoins, en terme de reproductibilité l'important est:
+    - collecter l'information
+    - l'organiser et la rendre accessible
+    - la rendre disponible
+
+## Connaissances acquises
+
+- Régles de bases pour la reproductibilité de son travail:
+    - Privilégier les logiciels et formats libres
+    - Être le plus transparent possible dans la méthodologie et les données utilisées
+    - Justifier chaque choix méthodologique
+    - Utiliser des documents computationnels
+
+- Emacs/Orgmode:
+    - Langage de description orgmode
+    - TAB: ouvre/ferme les sections
+    - ctrl-c ctrl-c : execute bloc courant
+    - alt-x org-babel-execute-buffer: réexécute tout le document computationnel
+    - ctrl-c ctrl-e : exporte le document computationnel au format souhaité
+    - ctrl-c ctrl-q noexport: permet d'étiquetter les parties du document à ne pas exporter
+    - ctrl-c c j : ouvre une entrée dans ~/org/journal.org
+    - ctrl-x g : ouvre magit-status (permet ensuite, entre autres, de commiter et de push)  
+
+- Commandes spécifiques (décrites dans journal.org):
+    - <r TAB: ouvre bloc programmation R sortie textuelle
+    - <R TAB: ouvre bloc programmation R sortie image
+    - <p TAB: ouvre bloc programmation python
+    - <PP TAB: ouvre bloc programmation graphique python
+    - <B TAB: ouver bloc programmation shell

journal/Index.md

@@ -69,7 +69,7 @@
 - L.
     - a.
     - e.
-    - i.
+    - i. [01 (librisme)](https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/d1f4e76c9c909c6d6674862edb90d9f0/mooc-rr/blob/master/journal/Entry_01.md)
     - o.
     - u.
 - M.
@@ -88,7 +88,7 @@
     - a.
     - e.
     - i.
-    - o.
+    - o. [01 (orgmode)](https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/d1f4e76c9c909c6d6674862edb90d9f0/mooc-rr/blob/master/journal/Entry_01.md)
     - u.
 - P.
     - a.
@@ -115,7 +115,7 @@
     - o.
     - u.
 - T.
-    - a.
+    - a. [01 (transparence)](https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/d1f4e76c9c909c6d6674862edb90d9f0/mooc-rr/blob/master/journal/Entry_01.md)
     - e.
     - i.
     - o.

module2/exo5/exo5_R_fr.org

@@ -42,30 +42,31 @@ data
 
 #+RESULTS:
 #+begin_example
-        Date Count Temperature Pressure Malfunction
-1    4/12/81     6          66       50           0
-2   11/12/81     6          70       50           1
-3    3/22/82     6          69       50           0
-4   11/11/82     6          68       50           0
-5    4/04/83     6          67       50           0
-6    6/18/82     6          72       50           0
-7    8/30/83     6          73      100           0
-8   11/28/83     6          70      100           0
-9    2/03/84     6          57      200           1
-10   4/06/84     6          63      200           1
-11   8/30/84     6          70      200           1
-12  10/05/84     6          78      200           0
-13  11/08/84     6          67      200           0
-14   1/24/85     6          53      200           2
-15   4/12/85     6          67      200           0
-16   4/29/85     6          75      200           0
-17   6/17/85     6          70      200           0
-18 7/29/85     6          81      200           0
-19   8/27/85     6          76      200           0
-20  10/03/85     6          79      200           0
-21  10/30/85     6          75      200           2
-22  11/26/85     6          76      200           0
-23   1/12/86     6          58      200           1
+
+       Date Count Temperature Pressure Malfunction
+1   4/12/81     6          66       50           0
+2  11/12/81     6          70       50           1
+3   3/22/82     6          69       50           0
+4  11/11/82     6          68       50           0
+5   4/04/83     6          67       50           0
+6   6/18/82     6          72       50           0
+7   8/30/83     6          73      100           0
+8  11/28/83     6          70      100           0
+9   2/03/84     6          57      200           1
+10  4/06/84     6          63      200           1
+11  8/30/84     6          70      200           1
+12 10/05/84     6          78      200           0
+13 11/08/84     6          67      200           0
+14  1/24/85     6          53      200           2
+15  4/12/85     6          67      200           0
+16  4/29/85     6          75      200           0
+17  6/17/85     6          70      200           0
+18  7/29/85     6          81      200           0
+19  8/27/85     6          76      200           0
+20 10/03/85     6          79      200           0
+21 10/30/85     6          75      200           2
+22 11/26/85     6          76      200           0
+23  1/12/86     6          58      200           1
 #+end_example
 
 Le jeu de données nous indique la date de l'essai, le nombre de joints