4. __Check _Create a git repository for this project_ __
A droite dans RStudio --> onglet Git.
Check les fichiers pour stagged (comme _git add_).
Commit.
Donner un titre au commit.
Créer nouveau fichier RMarkdown.
Commit.
_Knit_ en html.
Commit.
# Etiquetage et indexation
## DocFetcher
Installation de _DocFetcher_ sur internet [DocFetcher](http://docfetcher.sourceforge.net/fr/download.html)
- Ajouter des étiquettes en commentaires en Markdown. Le mot sera encadré par des ";" pour ne pas que DocFetcher confonde l'étiquette avec un vrai mot.
- Utilisation DocFetcher :
Dire à gauche quel dossier indexer (et préciser si .md et .org sont à considérer comme fichiers textes).
Puis rechercher un mot clé.
## ExifTool
Rajouter des étiquettes sur des images ou des fichiers PDF en ligne de commande :
_exiftool -comment: ";étiquette;" (adresse de l'image)
# Document computationnel avec RStudio
On peut insérer bout de code avec l'onglet _insert_
Pour du calcul avec variable qui dépend des bouts de codes précédents --> peut créer des incohérences. Solution : onglet _run_ --> _Run all chunks above_
On peut replier des zones ou des sections avec la petite flèche à gauche de cette zone ou de cette section.
Onglet _knit_ pour compiler en html.
Pour que le code ne soit pas exporter il faut changer les paramètres entre accolades à côté des apostrophes de début. Exemple _echo = FALSE_ ne renvoit pas le bloc en export.
C'est ici que la taille des graphiques peut être changé également.
Pour faire du LaTeX dans RStudio --> fichier --> nouveau ___RSweave___
On peut faire du python avec _insert_ --> _python_. Mais attention ! Pas de persistence entre les blocs de codes ! Une variable définie sera oubliée et ne pourra être rappelée. Besoin de faire un seul bloc python ?
<!-- ## R Markdown
This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.
When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:
```{r cars}
summary(cars)
```
## Including Plots
You can also embed plots, for example:
```{r pressure, echo=FALSE}
plot(pressure)
```
Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.
