note du module 2

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+# Module 2 : La vitrine et l'envers du décor : le document computationnel
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+## 0. Introduction
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+**Objectifs**
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+- Extension de la traçabilité aux calculs et à ses résultats
+- Intégration du code et des résultats dans un document du type rapport 
+technique / article scientifique
+- Présentation de 3 outils pour écrire un document computationnel:
+    - Jupyter, pour python
+    - RStudio, pour R
+    - Emacs/Org-mode, pour plusieurs langage
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+Ces envionnements:
+- Améliore la traçabilité des calculs
+- Permet de présenter facilement ses travaux aux collègues
+- Accéder à l'ensemble des calculs sous-jacents à une analyse
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+## 1. Exemple récents d'études assez discutées
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+**Exemple**
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+- Reinhart et Rogoff : si dette > 90% PIB -> croissance /2.
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+Erreurs de calculs, pratiques douteuses ... mais travaux ont eu de l'impact car
+les données n'étaient pas mise à disposition
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+- Geoffrey Chang
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+Un code avait mal était fait, code transmit par d'autre lavboratoire. Causant de
+mauvais calcul de structure proteique
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+-> manque de rigueur et de transparence
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+## 2. Pourquoi est-ce difficile ?
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+### Manque d'informations
+Il faut expliciter:
+- sources et données
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+données indisponibles = resultats difficile à vérifier
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+- choix
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+choix non expliqués = choix suspicieux
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+Le cahier de labo peut aider
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+### L'ordinateur, source d'erreurs
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+- point and click (on ne sait pas trop ce qui se passe, boite noire)
+- les tableurs
+    - nom de gène : MARCH1 -> 2016-03-01 ...
+- Pile logicielle complexe
+    - logiciel propriétaire
+- bug
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+### Le manque de rigueur et d'organisation
+- pas de backup
+- pas d'historique
+- pas de contrôle qualité
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+### Dimension cuturelle et sociale
+Article = version simplifié de la procédure
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+Données trop grosses pour être mise à disposition
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+Les traitements informatique ne sont expliqué que succintement
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+Beaucoup de travail pour tout partager et après tout pourquoi s'embéter si
+personne ne les demandent ?
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+### Tout rendre public ?
+- les faiblesses deviendraient évidentes ? oui mais c'est la réalité
+- Quelqu'un pourrait trouver une erreur ? Mais ca permet de les corriger
+- Quelqu'un pourrait en tirer avantage à ma place ? 
+    - les articles les plus cité sont des articles méthodologiques/logiciel
+    - montrer ce que l'on fait c'est probablement le meilleur moyen de mettre en
+    avant la propriété intellectuelle
+- Les données peuvent être sensible
+    - outil de cryptographie "facile d'accés"
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+### Les outils à éviter et alternatives
+- outils, formats, et services propriétaires
+    - open source pour 
+    - format texte
+    - stocker les données dans des services libres
+- Attention au outil intuitif
+    - plus difficile pour le suivi
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+### Changement de paradigme
+1. Manque d'information, problème d'accès aux données
+2. Erreurs de calcul
+3. Manque de rigueur scientifique et technique
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+**Expliquer augmente les chances de trouver les erreurs et de les élimineré**
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+Exigence de la part de la société civil de publication des différentes sources
+dans le but d'améliorer la recherche et gagner la confiance avec tout le monde 
+;p
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