Réalisation exercice 1 module 3 : copie des données à l'URL donnée

module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd

@@ -17,13 +17,17 @@ header-includes:
 
 ```{r setup, include=FALSE}
 knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+setwd("C:/Users/blond/Documents/Thèse/Formations/RechercheReproductible")
 ```
 
 ## Préparation des données
 
-Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/). Nous les récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet, qui commence en 1984 et se termine avec une semaine récente. L'URL est:
+Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/). Nous les récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous réalisons une copie du jeu de données complet, qui commence en 1984 et se termine avec une semaine récente. L'URL est:
 ```{r}
 data_url = "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv"
+data_file = "incidence-PAY-3.csv"
+download.file(data_url,data_file,method = "auto")
+
 ```
 
 Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json):
@@ -42,9 +46,9 @@ Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://
 | `geo_name`   | Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis)                                                       |
 
 La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skip=1`.
-### Téléchargement
+### Lecture
 ```{r}
-data = read.csv(data_url, skip=1)
+data = read.csv(data_file, skip=1)
 ```
 
 Regardons ce que nous avons obtenu: