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Learning Lab
mooc-rr-ressources
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0b07a331
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0b07a331
authored
Mar 26, 2019
by
Arnaud Legrand
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+1317
-10
README.org
module2/ressources/sequence6_examples/README.org
+11
-5
README_fr.org
module2/ressources/sequence6_examples/README_fr.org
+11
-5
td2_PS.ipynb
module2/ressources/sequence6_examples/td2_PS.ipynb
+1295
-0
No files found.
module2/ressources/sequence6_examples/README.org
View file @
0b07a331
...
@@ -18,17 +18,23 @@ org-files. These documents depend on many other external data files
...
@@ -18,17 +18,23 @@ org-files. These documents depend on many other external data files
and are not meant to lead to reproducible documents but it will give
and are not meant to lead to reproducible documents but it will give
you an idea of how it can be organized:
you an idea of how it can be organized:
1. [[file:journal.org][journal.org]]: an excerpt (I've only left a few code samples and links
1. [[file:td2_PS.ipynb][td2_PS.ipynb]]: this is a practical session (in French) on random
number generation for 1st year master students in computer
science. It uses the R language. In this teaching context, the main
advantage of using a jupyter notebook over other environments is
that students can use the University jupyterhub and thus do not
have to install anything on their laptop.
2. [[file:journal.org][journal.org]]: an excerpt (I've only left a few code samples and links
to some resources on R, Stats, ...) from my own journal. This is a
to some resources on R, Stats, ...) from my own journal. This is a
personal document where everything (meeting notes, hacking, random
personal document where everything (meeting notes, hacking, random
thoughts, ...) goes by default. Entries are created with the =C-c c=
thoughts, ...) goes by default. Entries are created with the =C-c c=
shortcut.
shortcut.
2
. [[file:labbook_single.org][labbook_single.org]]: this is an excerpt from the laboratory notebook
3
. [[file:labbook_single.org][labbook_single.org]]: this is an excerpt from the laboratory notebook
[[https://cornebize.net/][Tom Cornebize]] wrote during his Master thesis internship under my
[[https://cornebize.net/][Tom Cornebize]] wrote during his Master thesis internship under my
supervision. This a personal labbook. I consider this notebook to be
supervision. This a personal labbook. I consider this notebook to be
excellent and was the ideal level of details for us to communicate
excellent and was the ideal level of details for us to communicate
without any ambiguity and for him to move forward with confidence.
without any ambiguity and for him to move forward with confidence.
3
. [[file:paper.org][paper.org]]: this is an ongoing paper based on the previous labbook of
4
. [[file:paper.org][paper.org]]: this is an ongoing paper based on the previous labbook of
Tom Cornebize. As such it is not reproducible as there are hardcoded
Tom Cornebize. As such it is not reproducible as there are hardcoded
paths and uncleaned dependencies but writing it from the labbook was
paths and uncleaned dependencies but writing it from the labbook was
super easy as we just had to cut and paste the parts we
super easy as we just had to cut and paste the parts we
...
@@ -38,7 +44,7 @@ you an idea of how it can be organized:
...
@@ -38,7 +44,7 @@ you an idea of how it can be organized:
commands that are automatically executed when opening the file. It
commands that are automatically executed when opening the file. It
is an effective way to depend less on the =.emacs/init.el= which is
is an effective way to depend less on the =.emacs/init.el= which is
generally customized by everyone.
generally customized by everyone.
4
. [[file:labbook_several.org][labbook_several.org]]: this is a labbook for a specific project shared
5
. [[file:labbook_several.org][labbook_several.org]]: this is a labbook for a specific project shared
by several persons. As a consequence it starts with information
by several persons. As a consequence it starts with information
about installation, common scripts, has section with notes about all
about installation, common scripts, has section with notes about all
our meetings, a section with information about experiments and an
our meetings, a section with information about experiments and an
...
@@ -47,7 +53,7 @@ you an idea of how it can be organized:
...
@@ -47,7 +53,7 @@ you an idea of how it can be organized:
available in git so we did not bother. In such labbook, it is common
available in git so we did not bother. In such labbook, it is common
to find annotations indicating that such experiment was =:FLAWED:= as
to find annotations indicating that such experiment was =:FLAWED:= as
it had some issues.
it had some issues.
5
. [[file:technical_report.org][technical_report.org]]: this is a short technical document I wrote
6
. [[file:technical_report.org][technical_report.org]]: this is a short technical document I wrote
after a colleague sent me a PDF describing an experiment he was
after a colleague sent me a PDF describing an experiment he was
conducting and asked me about how reproducible I felt it was. It
conducting and asked me about how reproducible I felt it was. It
turned out I had to cut and paste the C code from the PDF, then
turned out I had to cut and paste the C code from the PDF, then
...
...
module2/ressources/sequence6_examples/README_fr.org
View file @
0b07a331
...
@@ -20,7 +20,13 @@ fichiers externes et ne sont pas prévu pour permettre de produire
...
@@ -20,7 +20,13 @@ fichiers externes et ne sont pas prévu pour permettre de produire
directement des documents reproductibles mais ils peuvent vous donner
directement des documents reproductibles mais ils peuvent vous donner
une idée de la façon dont ils peuvent être organisés:
une idée de la façon dont ils peuvent être organisés:
1. [[file:journal.org][journal.org]]: ceci est un extrait (je n'ai laissé que quelques
1. [[file:td2_PS.ipynb][td2_PS.ipynb]]: ceci est une feuille de TD (en français) sur la
génération de nombres aléatoires à destination d'étudiants de
première année de Master en informatique. Elle utilise le langage
R. Dans ce contexte d'enseignement, l'intérêt du notebook jupyter
est qu'ils peuvent utiliser le jupyterhub de l'université et n'ont
donc rien à installer sur leur machine.
2. [[file:journal.org][journal.org]]: ceci est un extrait (je n'ai laissé que quelques
exemples de programmes et de liens vers des ressources sur R, les
exemples de programmes et de liens vers des ressources sur R, les
statistiques, etc.) de mon propre journal. C'est un document
statistiques, etc.) de mon propre journal. C'est un document
personnel dans lequel tout ce que je peux faire (notes prises
personnel dans lequel tout ce que je peux faire (notes prises
...
@@ -28,14 +34,14 @@ une idée de la façon dont ils peuvent être organisés:
...
@@ -28,14 +34,14 @@ une idée de la façon dont ils peuvent être organisés:
variées, notes bibliographiques, ...) atterrit par défaut. Les
variées, notes bibliographiques, ...) atterrit par défaut. Les
entrées avec la date sont créées automatiquement à l'aide du
entrées avec la date sont créées automatiquement à l'aide du
raccourci =C-c c=.
raccourci =C-c c=.
2
. [[file:labbook_single.org][labbook_single.org]]: ceci est un extrait du cahier de laboratoire
3
. [[file:labbook_single.org][labbook_single.org]]: ceci est un extrait du cahier de laboratoire
tenu par [[https://cornebize.net/][Tom Cornebize]] pendant son stage de Master sous ma
tenu par [[https://cornebize.net/][Tom Cornebize]] pendant son stage de Master sous ma
direction. C'est un cahier de laboratoire personnel et que je
direction. C'est un cahier de laboratoire personnel et que je
considère comme excellent car il a le niveau de détail idéal pour
considère comme excellent car il a le niveau de détail idéal pour
nous permettre à la fois de communiquer sans aucune ambiguïté, pour
nous permettre à la fois de communiquer sans aucune ambiguïté, pour
moi, de bien suivre ses avancées, et pour lui, d'avancer dans ses
moi, de bien suivre ses avancées, et pour lui, d'avancer dans ses
travaux avec confiance.
travaux avec confiance.
3
. [[file:paper.org][paper.org]]: ceci est un article en cours basé sur le cahier de
4
. [[file:paper.org][paper.org]]: ceci est un article en cours basé sur le cahier de
laboratoire précédent. En l'état, il n'est pas reproductible car il
laboratoire précédent. En l'état, il n'est pas reproductible car il
y a plusieurs chemins absolus en dur et des dépendances logicielles
y a plusieurs chemins absolus en dur et des dépendances logicielles
non explicitées mais sa rédaction à partir du cahier de laboratoire
non explicitées mais sa rédaction à partir du cahier de laboratoire
...
@@ -50,7 +56,7 @@ une idée de la façon dont ils peuvent être organisés:
...
@@ -50,7 +56,7 @@ une idée de la façon dont ils peuvent être organisés:
qui sont exécutées par emacs à l'ouverture du fichier. C'est une
qui sont exécutées par emacs à l'ouverture du fichier. C'est une
façon simple mais efficace de dépendre le moins possible du
façon simple mais efficace de dépendre le moins possible du
=.emacs/init.el= que chacun personnalise à sa convenance.
=.emacs/init.el= que chacun personnalise à sa convenance.
4
. [[file:labbook_several.org][labbook_several.org]]: ceci est un petit exemple de cahier de
5
. [[file:labbook_several.org][labbook_several.org]]: ceci est un petit exemple de cahier de
laboratoire partagé par plusieurs personnes. Il commence donc par
laboratoire partagé par plusieurs personnes. Il commence donc par
des informations sur les dépendances logicielles à installer, les
des informations sur les dépendances logicielles à installer, les
scripts les plus utiles. On y trouve ensuite une section avec des
scripts les plus utiles. On y trouve ensuite une section avec des
...
@@ -70,7 +76,7 @@ une idée de la façon dont ils peuvent être organisés:
...
@@ -70,7 +76,7 @@ une idée de la façon dont ils peuvent être organisés:
nouvelle date) est en général alors ajoutée. L'annotation =:FLAWED:=
nouvelle date) est en général alors ajoutée. L'annotation =:FLAWED:=
nous permet de conserver l'ensemble des expériences tout en sachant
nous permet de conserver l'ensemble des expériences tout en sachant
d'un coup d'oeil lesquelles ne doivent pas être prises en compte.
d'un coup d'oeil lesquelles ne doivent pas être prises en compte.
5
. [[file:technical_report.org][technical_report.org]]: ceci est un petit document technique que j'ai
6
. [[file:technical_report.org][technical_report.org]]: ceci est un petit document technique que j'ai
écrit après qu'un collègue m'ai envoyé un document PDF décrivant
écrit après qu'un collègue m'ai envoyé un document PDF décrivant
une expérience qu'il avait réalisé et souhaitait mon avis sur si
une expérience qu'il avait réalisé et souhaitait mon avis sur si
c'était suffisant d'un point de vue reproductibilité. Il s'est
c'était suffisant d'un point de vue reproductibilité. Il s'est
...
...
module2/ressources/sequence6_examples/td2_PS.ipynb
0 → 100644
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