- The easy (preserve the mess) ones: [[http://www.pgbovine.net/cde.html][CDE]] or [[https://vida-nyu.github.io/reprozip/][ReproZip]]
- The easy (preserve the mess) ones: [[http://www.pgbovine.net/cde.html][CDE]] or [[https://vida-nyu.github.io/reprozip/][ReproZip]]
- The more demanding (encourage cleanliness) where you start with a
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clean environment and install only what's strictly necessary (and document it):
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- The very well known [[https://www.docker.io/][Docker]]
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- [[https://singularity.lbl.gov/][Singularity]] or [[https://spack.io/][Spack]], which are more targeted toward the specific
- [[https://singularity.lbl.gov/][Singularity]] or [[https://spack.io/][Spack]], which are more targeted toward the specific
needs of high performance computing users
needs of high performance computing users;
- [[https://www.gnu.org/software/guix/][Guix]], [[https://nixos.org/][Nix]] that are very clean (perfect?) solutions to this
- [[https://www.gnu.org/software/guix/][Guix]], [[https://nixos.org/][Nix]] that are very clean (perfect?) solutions to this
dependency hell and which we recommend
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It may be hard to understand the difference between these different
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approaches and decide which one is better in your context.
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...
@@ -103,12 +103,8 @@ Bio-informatics: Current Status, Solutions and Research Opportunities
...
@@ -103,12 +103,8 @@ Bio-informatics: Current Status, Solutions and Research Opportunities
We have mentioned these topics in our MOOC but we could by no way
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cover them properly. We only suggest here a few interesting talks
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about this.
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- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/10_statistics_and_replication_in_HCI/index.org][In this talk, Pierre Dragicevic provides a nice illustration of the
- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/10_statistics_and_replication_in_HCI/index.org][In this talk, Pierre Dragicevic provides a nice illustration of the consequences of statistical uncertainty and of how some concepts (e.g., p-values) are commonly badly understood.]]
consequences of statistical uncertainty and of how some concepts
- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/3_numerical_reproducibility/index.org][Nathalie Revol, Philippe Langlois and Stef Graillat present the main challenges encountered when trying to achieve numerical reproducibility and present recent research work on this topic.]]
(e.G. p-values) are commonly badly understood.]]
- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/3_numerical_reproducibility/index.org][Nathalie Revol, Philippe Langlois and Stef Graillat present the main
challenges encountered when trying to achieve numerical
reproducibility and present recent research work on this topic.]]
* Publication practices
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You may want to have a look at the following two webinars:
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- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/8_artifact_evaluation/index.org][Enabling open and reproducible research at computer systems’
- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/8_artifact_evaluation/index.org][Enabling open and reproducible research at computer systems’
- Les plus exigeants (encourageant la propreté) où vous commencez avec un
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environnement propre et n’installez que ce qui est strictement
environnement propre et n’installez que ce qui est strictement
nécessaire (et le documentez) :
nécessaire (et le documentez) :
- Le très connu [[https://www.docker.io/][Docker]]
- Le très connu [[https://www.docker.io/][Docker]];
- [[https://singularity.lbl.gov/][Singularity]] ou [[https://spack.io/][Spack]], qui sont plus ciblés sur les besoins
- [[https://singularity.lbl.gov/][Singularity]] ou [[https://spack.io/][Spack]], qui sont plus ciblés sur les besoins
spécifiques des utilisateurs d'informatique de haute performance
spécifiques des utilisateurs d'informatique de haute performance;
- [[https://www.gnu.org/software/guix/][Guix]], [[https://nixos.org/][Nix]] qui sont des solutions très propres (parfaites ?) à cet
- [[https://www.gnu.org/software/guix/][Guix]], [[https://nixos.org/][Nix]] qui sont des solutions très propres (parfaites ?) à cet
enfer de dépendance et que nous recommandons
enfer de dépendance et que nous recommandons.
Il peut être difficile de comprendre la différence entre ces
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différentes approches et de décider laquelle est la meilleure dans
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...
@@ -125,13 +125,8 @@ Jérôme Chopard)]].
...
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Nous avons mentionné ces sujets dans notre MOOC mais nous ne pourrions
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en aucun cas les couvrir correctement. Nous ne suggérons ici que
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quelques présentations intéressantes à ce sujet.
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- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/10_statistics_and_replication_in_HCI/index.org][Pierre Dragicevic donne une belle illustration des conséquences de
- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/10_statistics_and_replication_in_HCI/index.org][Pierre Dragicevic donne une belle illustration des conséquences de l'incertitude statistique et de la manière dont certains concepts par exemple les p-values) sont généralement mal compris]].
l’incertitude statistique et de la manière dont certains concepts
- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/3_numerical_reproducibility/index.org][Nathalie Revol, Philippe Langlois et Stef Graillat présentent les principaux problèmes rencontrés en essayant d'obtenir une reproductibilité numérique et présentent les travaux de recherche récents en la matière]].
(par exemple les p-values) sont généralement mal compris]].
- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/3_numerical_reproducibility/index.org][Nathalie Revol, Philippe Langlois et Stef Graillat présentent les
principaux problèmes rencontrés en essayant d'obtenir une
reproductibilité numérique et présentent les travaux de recherche
récents en la matière]].
* Pratiques de publication
* Pratiques de publication
Vous souhaiterez peut-être consulter les webinaires suivants :
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...
@@ -157,4 +152,4 @@ références que vous jugez intéressantes dans votre domaine. N'hésitez
...
@@ -157,4 +152,4 @@ références que vous jugez intéressantes dans votre domaine. N'hésitez
donc pas à nous les fournir à l'aide du forum. Nous les intégrerons
donc pas à nous les fournir à l'aide du forum. Nous les intégrerons
dans cette page.
dans cette page.
- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/9_experimental_testbeds/index.org][Une récente conférence de Lucas Nussbaum sur les bancs d’essais expérimentaux en informatique]].
- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/9_experimental_testbeds/index.org][Une récente conférence de Lucas Nussbaum sur les plates-formes expérimentales en informatique]].