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...@@ -62,11 +62,11 @@ control your environment: ...@@ -62,11 +62,11 @@ control your environment:
- The easy (preserve the mess) ones: [[http://www.pgbovine.net/cde.html][CDE]] or [[https://vida-nyu.github.io/reprozip/][ReproZip]] - The easy (preserve the mess) ones: [[http://www.pgbovine.net/cde.html][CDE]] or [[https://vida-nyu.github.io/reprozip/][ReproZip]]
- The more demanding (encourage cleanliness) where you start with a - The more demanding (encourage cleanliness) where you start with a
clean environment and install only what's strictly necessary (and document it): clean environment and install only what's strictly necessary (and document it):
- The very well known [[https://www.docker.io/][Docker]] - The very well known [[https://www.docker.io/][Docker]];
- [[https://singularity.lbl.gov/][Singularity]] or [[https://spack.io/][Spack]], which are more targeted toward the specific - [[https://singularity.lbl.gov/][Singularity]] or [[https://spack.io/][Spack]], which are more targeted toward the specific
needs of high performance computing users needs of high performance computing users;
- [[https://www.gnu.org/software/guix/][Guix]], [[https://nixos.org/][Nix]] that are very clean (perfect?) solutions to this - [[https://www.gnu.org/software/guix/][Guix]], [[https://nixos.org/][Nix]] that are very clean (perfect?) solutions to this
dependency hell and which we recommend dependency hell and which we recommend.
It may be hard to understand the difference between these different It may be hard to understand the difference between these different
approaches and decide which one is better in your context. approaches and decide which one is better in your context.
...@@ -103,12 +103,8 @@ Bio-informatics: Current Status, Solutions and Research Opportunities ...@@ -103,12 +103,8 @@ Bio-informatics: Current Status, Solutions and Research Opportunities
We have mentioned these topics in our MOOC but we could by no way We have mentioned these topics in our MOOC but we could by no way
cover them properly. We only suggest here a few interesting talks cover them properly. We only suggest here a few interesting talks
about this. about this.
- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/10_statistics_and_replication_in_HCI/index.org][In this talk, Pierre Dragicevic provides a nice illustration of the - [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/10_statistics_and_replication_in_HCI/index.org][In this talk, Pierre Dragicevic provides a nice illustration of the consequences of statistical uncertainty and of how some concepts (e.g., p-values) are commonly badly understood.]]
consequences of statistical uncertainty and of how some concepts - [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/3_numerical_reproducibility/index.org][Nathalie Revol, Philippe Langlois and Stef Graillat present the main challenges encountered when trying to achieve numerical reproducibility and present recent research work on this topic.]]
(e.G. p-values) are commonly badly understood.]]
- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/3_numerical_reproducibility/index.org][Nathalie Revol, Philippe Langlois and Stef Graillat present the main
challenges encountered when trying to achieve numerical
reproducibility and present recent research work on this topic.]]
* Publication practices * Publication practices
You may want to have a look at the following two webinars: You may want to have a look at the following two webinars:
- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/8_artifact_evaluation/index.org][Enabling open and reproducible research at computer systems’ - [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/8_artifact_evaluation/index.org][Enabling open and reproducible research at computer systems’
......
...@@ -78,11 +78,11 @@ solutions permettent de contrôler votre environnement : ...@@ -78,11 +78,11 @@ solutions permettent de contrôler votre environnement :
- Les plus exigeants (encourageant la propreté) où vous commencez avec un - Les plus exigeants (encourageant la propreté) où vous commencez avec un
environnement propre et n’installez que ce qui est strictement environnement propre et n’installez que ce qui est strictement
nécessaire (et le documentez) : nécessaire (et le documentez) :
- Le très connu [[https://www.docker.io/][Docker]] - Le très connu [[https://www.docker.io/][Docker]];
- [[https://singularity.lbl.gov/][Singularity]] ou [[https://spack.io/][Spack]], qui sont plus ciblés sur les besoins - [[https://singularity.lbl.gov/][Singularity]] ou [[https://spack.io/][Spack]], qui sont plus ciblés sur les besoins
spécifiques des utilisateurs d'informatique de haute performance spécifiques des utilisateurs d'informatique de haute performance;
- [[https://www.gnu.org/software/guix/][Guix]], [[https://nixos.org/][Nix]] qui sont des solutions très propres (parfaites ?) à cet - [[https://www.gnu.org/software/guix/][Guix]], [[https://nixos.org/][Nix]] qui sont des solutions très propres (parfaites ?) à cet
enfer de dépendance et que nous recommandons enfer de dépendance et que nous recommandons.
Il peut être difficile de comprendre la différence entre ces Il peut être difficile de comprendre la différence entre ces
différentes approches et de décider laquelle est la meilleure dans différentes approches et de décider laquelle est la meilleure dans
...@@ -125,13 +125,8 @@ Jérôme Chopard)]]. ...@@ -125,13 +125,8 @@ Jérôme Chopard)]].
Nous avons mentionné ces sujets dans notre MOOC mais nous ne pourrions Nous avons mentionné ces sujets dans notre MOOC mais nous ne pourrions
en aucun cas les couvrir correctement. Nous ne suggérons ici que en aucun cas les couvrir correctement. Nous ne suggérons ici que
quelques présentations intéressantes à ce sujet. quelques présentations intéressantes à ce sujet.
- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/10_statistics_and_replication_in_HCI/index.org][Pierre Dragicevic donne une belle illustration des conséquences de - [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/10_statistics_and_replication_in_HCI/index.org][Pierre Dragicevic donne une belle illustration des conséquences de l'incertitude statistique et de la manière dont certains concepts par exemple les p-values) sont généralement mal compris]].
l’incertitude statistique et de la manière dont certains concepts - [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/3_numerical_reproducibility/index.org][Nathalie Revol, Philippe Langlois et Stef Graillat présentent les principaux problèmes rencontrés en essayant d'obtenir une reproductibilité numérique et présentent les travaux de recherche récents en la matière]].
(par exemple les p-values) sont généralement mal compris]].
- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/3_numerical_reproducibility/index.org][Nathalie Revol, Philippe Langlois et Stef Graillat présentent les
principaux problèmes rencontrés en essayant d'obtenir une
reproductibilité numérique et présentent les travaux de recherche
récents en la matière]].
* Pratiques de publication * Pratiques de publication
Vous souhaiterez peut-être consulter les webinaires suivants : Vous souhaiterez peut-être consulter les webinaires suivants :
...@@ -157,4 +152,4 @@ références que vous jugez intéressantes dans votre domaine. N'hésitez ...@@ -157,4 +152,4 @@ références que vous jugez intéressantes dans votre domaine. N'hésitez
donc pas à nous les fournir à l'aide du forum. Nous les intégrerons donc pas à nous les fournir à l'aide du forum. Nous les intégrerons
dans cette page. dans cette page.
- [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/9_experimental_testbeds/index.org][Une récente conférence de Lucas Nussbaum sur les bancs d’essais expérimentaux en informatique]]. - [[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/9_experimental_testbeds/index.org][Une récente conférence de Lucas Nussbaum sur les plates-formes expérimentales en informatique]].
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