Update Journal.md module 2.1 et 2.2

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...@@ -98,4 +98,44 @@ Solutions facile à mettre en oeuvre : ...@@ -98,4 +98,44 @@ Solutions facile à mettre en oeuvre :
- docu wiki - docu wiki
Solutions un peu plus complexes mais plus puissante : Solutions un peu plus complexes mais plus puissante :
- gitlab - gitlab
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## Module 2 - Le document computationel
Objs :
- tracabilité des calculs et résultats
- code + résultats dans un doc scientifique
- 3 outils possibles : Jupyter / RStudio / Emacs&Org-mode
**Rigeur** et **transparence** nécessaire pour permettre la reproductibilitée
### Difficultés
cause technique sur la difficulté de la reproductibilité :
- sources et données (non disponibles)
- choix (sur les données)
- ordinateur = sources d'erreurs
- tableur
- pile logicielle complexe (logiciel proprio)
- bug
- manque rigeur et organisation
- non backup
- non histo
- pas controle de qual
- dimension culturelle et saines
- (article : version simplifié du proto)
craintes :
- on montre nos faiblesses
- qqun peut trouver une erreur
- qqun peut en tirer avantage
- LEGITIMES : données sensibles / ressources limitées
solutions :
- format texte et non proprio
==> formats textes : markdown, orgmode, csv, hdf5, ...
- logiciel et langage libre
==> scilab, R, python
- stockage data
==> famadrop, gitlab, github
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