Modification du fichier suivant le modèle. Création d'une boucle if pour...

Modification du fichier suivant le modèle. Création d'une boucle if pour récupérer les données URL et les enregistrer automatiquement dans un dossier local.

module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd

@@ -2,11 +2,11 @@
 title: "Analyse de l'incidence du syndrôme grippal"
 author: "Konrad Hinsen"
 output:
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     theme: journal
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-    toc: true
 documentclass: article
 classoption: a4paper
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@@ -26,6 +26,22 @@ Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du
 data_url = "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv"
 ```
 
+<!--  Une façon de récupérer les données c'est de les télécharger à la main et les enregistrer dans un fichier local.
+Nous avons téléchargé les données sur le site indiqué et fait une copie du fichier brut dans le dossier de travail local. Nous allons désormais travailler avec cette nouvelle version : -->
+
+<!-- ```{r récupération data} -->
+<!-- data_file="C:/Users/Hg/Documents/R/MOOC/RECHERCHE REPRODUCTIBLE/mooc-rr/module3/exo1/incidence-PAY-3.csv" -->
+<!-- ``` -->
+
+Pour nous protéger contre une éventuelle disparition ou modification du serveur du Réseau Sentinelles, nous faisons une copie locale de ce jeux de données que nous préservons avec notre analyse. Il est inutile et même risquée de télécharger les données à chaque exécution, car dans le cas d'une panne nous pourrions remplacer nos données par un fichier défectueux. Pour cette raison, nous téléchargeons les données seulement si la copie locale n'existe pas.
+
+```{r telecharger data local}
+data_file = "syndrome-grippal.csv"
+if (!file.exists(data_file)) {
+    download.file(data_url, data_file, method="auto")
+}
+```
+
 Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json):
 
 | Nom de colonne | Libellé de colonne                                                                                                                |
@@ -41,20 +57,17 @@ Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://
 | `geo_insee`  | Code de la zone géographique concernée (Code INSEE) http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/                            |
 | `geo_name`   | Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis)                                                       |
 
-Nous avons téléchargé les données sur le site indiqué et fait une copie du fichier brut dans le dossier de travail local. Nous allons désormais travailler avec cette nouvelle version :
 
-```{r récupération data}
-data_local="C:/Users/Hg/Documents/R/MOOC/RECHERCHE REPRODUCTIBLE/mooc-rr/module3/exo1/incidence-PAY-3.csv"
-```
 
 
+### Lecture des données téléchargées et enregistrées dans le dossier local
 
 La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skip=1`.
-### Téléchargement
-```{r}
-data = read.csv(data_local, skip=1)
+```{r lecture data }
+data = read.csv(data_file,skip=1)
 ```
 
+
 Regardons ce que nous avons obtenu:
 ```{r}
 head(data)