Continuité module 2

journal/Journal-de-bord_MOOC-RR_Marc-Oudart_2.Rmd

@@ -11,8 +11,10 @@ output:
 ```{r setup, include=FALSE}
 knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
 ```
-# Titre d'une section
-## Titre d'une sous-section
+# Module 1 : Cahier de notes, cahier de laboratoire
+
+Titre d'une section avec _dièse espace_  
+Titre d'une sous-section avec _double dièse espace_  
 Conversion en html, PDF ou docx par Pandoc  
 Pandoc installé par le site pandoc  
 Fichier texte en UTF-8 pour être lu sur tous les ordis et pérenne  
@@ -42,7 +44,7 @@ Enumération :
 
 Imbrication avec tabulation  
 
-# Utilisation Pandoc
+## Utilisation Pandoc
 
 Avec la console.  
 Se mettre dans le dossier avec cd.  
@@ -50,12 +52,12 @@ Conversion en pls formats : pandoc fichier.md -o fichier.extension (html, pdf, d
 
 Utiliser __Emacs__ ou __Vim__ pour passer d'un logiciel à l'autre  
 
-# TEI : texte encoding initiative --> format de balisage standard
+## TEI : texte encoding initiative --> format de balisage standard
 Plutôt pour les SHS  
 
-# Git
+## Git
 Git est un logiciel permettant la gestion des versions pérennes.  
-## Commandes 
+### Commandes 
 _git add_ --> indiquer les modifs que l'on souhaite conserver pour intégrer les parties de modifications logiques  
 _git commit_ --> faire un checkpoint (version)  
 _git diff_ --> pour voir la différence entre 2 versions  
@@ -91,7 +93,7 @@ Possibilité de déversement vers des archives telle que Zenodo.
 
 Interfaces graphiques : Jupyter, RStudio, Emacs org-mode  
 
-## Installation de git dans RStudio
+### Installation de git dans RStudio
 
 Installation de _Git_ sur le site web de [Git](https://git-scm.com/downloads).  
 Interface graphique par défaut de Git est Notepad++ mais possibilité d'utilisé autre logiciel (comme RStudio).  
@@ -118,8 +120,8 @@ Commit.
 _Knit_ en html.  
 Commit.  
 
-# Etiquetage et indexation
-## DocFetcher
+## Etiquetage et indexation
+### DocFetcher
 
 Installation de _DocFetcher_ sur internet   [DocFetcher](http://docfetcher.sourceforge.net/fr/download.html)  
 
@@ -128,11 +130,11 @@ Installation de _DocFetcher_ sur internet   [DocFetcher](http://docfetcher.sourc
 Dire à gauche quel dossier indexer (et préciser si .md et .org sont à considérer comme fichiers textes).  
 Puis rechercher un mot clé.  
 
-## ExifTool
+### ExifTool
 Rajouter des étiquettes sur des images ou des fichiers PDF en ligne de commande :
 _exiftool -comment: ";étiquette;" (adresse de l'image)  
 
-# Document computationnel avec RStudio
+# Module 2 : Document computationnel avec RStudio
 
 On peut insérer bout de code avec l'onglet _insert_  
 Pour du calcul avec variable qui dépend des bouts de codes précédents --> peut créer des incohérences. Solution : onglet _run_ --> _Run all chunks above_  
@@ -145,6 +147,21 @@ Pour faire du LaTeX dans RStudio --> fichier --> nouveau ___RSweave___
   
 On peut faire du python avec _insert_ --> _python_. Mais attention ! Pas de persistence entre les blocs de codes ! Une variable définie sera oubliée et ne pourra être rappelée. Besoin de faire un seul bloc python ?  
 
+## Travailler avec les autres  
+Le mieux est d'avoir son document computationnel + un document classique qui sera distribuer aux autres.  
+S'il y a besoin de modifs --> changement du document computationnel et changement du format classique.  
+Partage et publication avec Gitlab. Possibilité de rendre public son dossier mais attention ! Tout l'historique sera public ! Soit on construit son dossier dés le départ sans cette optique. Soit on fait le ménage en utilisant un site compagnon :  
+- archivage d'articles : HAL  
+- archivage de code et données : figshare, zenodo, dataverse ??
+
+## Comparaison des outils
+- Jupyter : pour un TD ou un tutoriel  
+- Emacs/Org-mode : Pour un journal, 1 seul auteur, chronologique. Prise de notes !  
+Mode d'étiquettage très simple où on peut retrouver facilement des mots clés.  
+Egalement pour un cahier de laboratoire avec classement par thèmes et étiquettages.  
+Enfin, pour un article reproductible.  
+- RStudio : possibilité de faire article et facile d'accès. Navigation limitée.  
+
 
 
 <!-- ## R Markdown