@@ -57,7 +57,7 @@ __si source originale non consultable, mentionner que c'est de seconde main__ :
# Interagir avec GitLab via RStudio
<!-- Interagir avec GitLab via RStudio -->
<!-- Interagir avec GitLab via RStudio --><!-- pratique -->
__Etape 1.__ SOUs Rstudio
Générer ma clef SSH (qui comprend une partie publique (nom.pu) et une partie privée (nom)
...
...
@@ -72,7 +72,7 @@ En haut à droite : Edit profile user
Dans le bandeau vertical gauche qui apparaît (l'agrandir si besoin via expand collapse), sélectionner key SSH, Copier - coller le code de la clef
## Faire le lien entre un projet sur GitLab et le même projet sous RStudio
## Faire le lien entre un projet sur GitLab et le même projet sous RStudio <!-- pratique -->
Sous GitLab :
Bouton clone
Copier l'adresse URL
...
...
@@ -81,5 +81,71 @@ Puis sous Rstudio :
File> New project > version Control > git (clone a project from a Git repository) >
--> copier l'URL du GITLab
A la question "indiquer votre SSK Key" : coller notre numéro de clef SSH
Puis à la question ci-desssous, qui demande si on fait confiance à forgemia, repondre yes (sinon, ça ne fonctionnera pas !!!)
Puis à la question ci-dessous, qui demande si on fait confiance à forgemia, repondre yes (sinon, ça ne fonctionnera pas !!!)
# Document computationnel
Pour améliorer la traçabilité d'un calcul
## Principe :
1 seul document, comprenant des explictaion, du code, des résultats
Session
Export vers un document final ((chaque bloc étant soit caché, soit affiché lors de l'export vers le document affiché final)
## Questions
Comment structurer le document computationnel quand le cheminement du raisonnement, au cours du projet, n'est pas linéaire (on teste plein de pistes différentes) ?
Autrement dit, comment utiliser RMD pour fair eun cahier de labo numérique, versionnable, av ec des étiquettes ?
## En pratique <!-- pratique -->
Sous Rstudio :
Insérer un bloc (= un bout de code = un __chunk__):
- Code> Insert Chunk (ou l eraccourci Ctrl + Alt + I
- Ou bien : ```{r}
Des icônes apparaissent à droite de la ligne de commande (notamment pour run le bloc)
Dans la marge, on peut replier des sections
Le bouton __knit__ permet de visualiser le format final du document :
- Format Word
- Format pdf : nécessaite d'avoir auparavant
○ téléchargé et installé l'application Miktex (https://miktex.org) mais il faut les droits administrateurs, et les mises à jour
○ ou alors le package __TinyTex sous R (--> install_tinytex() )__ (fonctionne bien)
- Format html
Spécifier les parties qu'on souhaite ou non faire appara^tre dans le doc final
```{r nomBloc, echo=FALSE} : n'apparaîtra pas
L'argument cache = TRUE permet de ne pas relancer les calculs (ne pas ré-exécuter de longs bouts de codes) à chaque fois qu'on recompile (vérifier : sauf si ce qui précède a été changé). Faire attention si on a changé le JDD mais pas son nom (le script ne le saura pas)
Possible de mettre des options globales pour tous les bouts de code (les chunks) : options par défaut
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
# Etiquettes et logiciels d'indexation pour s'y retrouver (tracker)
Rechercher un mot-clef, indexer (sommaire) un cahier de notes :
OK pour un document unique
Mais pour plusieurs documents ou fichiers ?
DocFetcher : trouver un mot dans une collection de fichiers
Encore faut-il que le mo ne soit pas trop fréquent (et DocFetcher
allows only case-insensitive search)
GitLab le permet aussi
Solution :
Mettre des Etiquettes et mots-clefs "singuliers" dans un fichier texte Markdown (ou dans les métadonnées de fichiers images ou pdf) :
On peut les insérer dans des commentaires
Puis rechercher ces mots-clefs avec DocFetcher
Ressemble aux tags qu'on peut mettre sur les courriels
Et sous Rstudio : Edit>Find> Find in file (permet par exemple de retrouver les scripts dans lesquels on a utilisé telle ou telle fonction peu fréquente)
Idem aussi dans NotePad++
Exiftool permet de rajouter un mot-clef (ou étiquettes), en tant que commentaire, dans les propriétés/métadonnées d'un fichier
Conseil :avec Exiftool, noter en commentaire l'URL où on a trouvé un fichier ou une photo
NB. On peut aussi le faire par un clic-droit> propriétés sous Windows
