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@@ -57,7 +57,7 @@ __si source originale non consultable, mentionner que c'est de seconde main__ :
 
 
 # Interagir avec GitLab via RStudio
-<!-- Interagir avec GitLab via RStudio --> 
+<!-- Interagir avec GitLab via RStudio -->  <!-- pratique -->
 __Etape 1.__ SOUs Rstudio 
 
 Générer ma clef SSH (qui comprend une partie publique (nom.pu) et une partie privée (nom)
@@ -72,7 +72,7 @@ En haut à droite : Edit profile user
 
 Dans le bandeau vertical gauche qui apparaît (l'agrandir si besoin via expand collapse), sélectionner key SSH, Copier - coller le code de la clef 
 
-## Faire le lien entre un projet sur GitLab et le même projet sous RStudio
+## Faire le lien entre un projet sur GitLab et le même projet sous RStudio     <!-- pratique -->
 Sous GitLab :
 Bouton clone
 Copier l'adresse URL
@@ -81,5 +81,71 @@ Puis sous Rstudio :
 File> New  project > version Control > git (clone a project from a Git repository) >
 --> copier l'URL du GITLab
 A la question "indiquer votre SSK Key" : coller notre numéro de clef SSH
-Puis à la question ci-desssous, qui demande si on fait confiance à forgemia, repondre yes (sinon, ça ne fonctionnera pas !!!)
+Puis à la question ci-dessous, qui demande si on fait confiance à forgemia, repondre yes (sinon, ça ne fonctionnera pas !!!)
 
+# Document computationnel
+Pour améliorer la traçabilité d'un calcul
+
+## Principe :
+1 seul document, comprenant des explictaion, du code, des résultats
+Session
+Export vers un document final ((chaque bloc étant soit caché, soit affiché lors de l'export vers le document affiché final)
+
+## Questions
+Comment structurer le document computationnel quand le cheminement du raisonnement, au cours du projet, n'est pas linéaire (on teste plein de pistes différentes) ?
+Autrement dit, comment utiliser RMD pour fair eun cahier de labo numérique, versionnable, av ec des étiquettes ?
+
+## En pratique   <!-- pratique -->
+Sous Rstudio :
+
+
+Insérer un bloc (= un bout de code = un __chunk__): 
+	- Code> Insert Chunk (ou l eraccourci Ctrl + Alt + I
+	- Ou bien : ```{r}
+
+Des icônes apparaissent à droite de la ligne de commande (notamment pour run le bloc)
+Dans la marge, on peut replier des sections
+
+Le bouton __knit__ permet de visualiser le format final du document :
+	- Format Word 
+	- Format pdf : nécessaite d'avoir auparavant 
+		○  téléchargé et installé l'application Miktex  (https://miktex.org) mais il faut les droits administrateurs, et les mises à jour
+		○ ou alors le package __TinyTex sous R (--> install_tinytex() )__   (fonctionne bien)
+	- Format html
+	
+Spécifier les parties qu'on souhaite ou non faire appara^tre dans le doc final
+ ```{r nomBloc, echo=FALSE} : n'apparaîtra pas
+
+L'argument cache = TRUE permet de ne pas relancer les calculs (ne pas ré-exécuter de longs bouts de codes) à chaque fois qu'on recompile (vérifier : sauf si ce qui précède a été changé). Faire attention si on a changé le JDD mais pas son nom (le script ne le saura pas)
+
+Possible de mettre des options globales pour tous les bouts de code (les chunks) : options par défaut
+```{r setup, include=FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+```
+
+# Etiquettes et logiciels d'indexation pour s'y retrouver (tracker)
+
+
+Rechercher un mot-clef, indexer (sommaire) un cahier de notes :
+OK pour un document unique
+Mais pour plusieurs documents ou fichiers ?
+DocFetcher : trouver un mot dans une collection de fichiers
+Encore faut-il que le mo ne soit pas trop fréquent (et DocFetcher 
+allows only case-insensitive search)
+GitLab le permet aussi
+
+Solution : 
+Mettre des Etiquettes et mots-clefs "singuliers" dans un fichier texte Markdown (ou dans les métadonnées de fichiers images ou pdf) :
+On peut les insérer dans des commentaires
+Puis rechercher ces mots-clefs avec DocFetcher
+
+Ressemble aux tags qu'on peut mettre sur les courriels
+Et sous Rstudio : Edit>Find> Find in file (permet par exemple de retrouver les scripts dans lesquels on a utilisé telle ou telle fonction peu fréquente)
+Idem aussi dans NotePad++
+
+Exiftool permet de rajouter un mot-clef (ou étiquettes), en tant que commentaire, dans les propriétés/métadonnées d'un fichier
+Conseil :avec Exiftool, noter en commentaire l'URL où on a trouvé un fichier ou une photo
+NB. On peut aussi le faire par un clic-droit> propriétés sous Windows
+
+Etiquettes sous MarkDaown :    <!-- pratique -->
+syntaxe de type \ <!-- Etiquette_Mot_Clef -->