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```
...
...
@@ -142,15 +142,6 @@ Les pics d'incidence semblent avoir lieu au mois d'avril chaque année, alors qu
Étant donné que le pic de l'épidémie semble se situer au mois d'avril, à cheval entre deux années civiles, nous définissons la période de référence entre deux minima de l'incidence, du 1er septembre de l'année $N$ au 1er septembre de l'année $N+1$.
Nous mettons l'année $N+1$ comme étiquette sur cette année décalée, car le pic de l'épidémie est toujours au début de l'année $N+1$. Comme l'incidence de la varicelle est très faible en été, cette modification ne risque pas de fausser nos conclusions.
```{r}
pic_annuel = function(annee) {
debut = paste0(annee-1,"-08-01")
fin = paste0(annee,"-08-01")
semaines = data$date > debut & data$date <= fin
sum(data$inc[semaines], na.rm=TRUE)
}
```
```{r}
varicelle <- varicelle %>%
# extraire l'année "civile" pour chaque ligne
...
...
@@ -158,7 +149,7 @@ varicelle <- varicelle %>%
group_by(annee_civile) %>%
# si la date est avant le 1er septembre, année précédente, sinon année en cours
mutate(annee_ref = ifelse(iso_week < as.POSIXct(paste0(annee_civile, "-09-01"), format = "%Y-%m-%d"),
annee_civile - 1, annee_civile)) %>%
annee_civile, annee_civile + 1)) %>%
ungroup()
```
...
...
@@ -176,7 +167,6 @@ varicelle <- varicelle %>%
```
### Visualisation
On peut maintenant observer l'incidence par année de référence.
...
...
@@ -185,7 +175,8 @@ var_tableau <- varicelle %>%
group_by(annee_ref) %>%
summarise(inc_totale = sum(inc)) %>%
ungroup() %>%
mutate(inc_totale_format = cell_spec(inc_totale, format = "html",
